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論文シェアとは?論文シェアを解釈する際の注意点

研究力分析において出版された論文数のグラフを良く見かけますが、よくよくみると論文の数という生データではなくて、「論文シェア」のグラフであることが多いことに気づきました。生データだと基本的に増加傾向にあるため、相対的な変化が見にくくなるからだと思います。

ここでの論文数シェアとは、日本の国公私立大学の全論文数(分数カウント法)に占めるシェアを意味する。第1グループの上位4大学の論文数シェアは4.5%以上を占めている。(【論文数シェア(2009~2013年の論文数, 自然科学系)を用いた大学のグループ分類】 科学技術指標2019科学研究のベンチマーキング2019 2019年8月22日文部科学省科学技術・学術政策研究所)

 

論文シェアによる分析の解釈の注意点

「世界の論文投稿状況…主要国の動向(1)…各国の論文数と論文シェアの推移」が、「日本および世界の論文投稿状況の分析」(東京大学評価支援室インスティテューショナル・リサーチ担当船守美穂2012年3月6日 PDF)に示されていました。「論文数の推移(1981‐2010)」を見ると、中国の激増ぶりが凄いのですが、「論文数の世界シェアの推移(1981‐2010)」としてみると、アメリカの下落傾向が顕著に見えます。

中国が増加しているのだから、その分、シェアは他の国はすべて落ちるわけで、シェアの下落が実際を正しく反映しているともいえません。特に、注意が必要かなと思ったのは、粗悪な学術誌が新しく発刊され続けている現実をどう考えるかです。新興勢力の論文数増加が仮に粗悪な学術誌へ掲載された論文数でほとんど説明される場合には、「シェア」での表現はあまり意味を持たなくなります。

出版される論文数の年ごとの増加

PubMedで所属を〇〇大学として年を指定して検索すると、その年1年間の発表論文数がわかります。これを各年度ごとにやって、例えば過去10年間の推移をみてみると、3倍くらいにも増加していました。これは一体どういうことでしょうか。例えば、

(“Kyoto University”[Affiliation]) AND ((“2011/01/01″[Date – Publication] : “2011/12/31″[Date – Publication])) のような検索クエリで検索した結果、

    • 2010年1894報
  • 2011年2133報(前年比1.126倍の増加)
  • 2012年2194報(前年比1.028倍の増加)
  • 2013年2279報(前年比1.039倍の増加)
  • 2014年3090報(前年比1.036倍の増加)
  • 2015年3684報(前年比1.192倍の増加)
  • 2016年4024報(前年比1.042倍の増加)
  • 2017年4192報(前年比1.042倍の増加)
  • 2018年4300報(前年比1.026倍の増加)
  • 2019年4295報(前年比0.999倍の減少)
  • 2020年4880報(前年比1.136倍の増加、10年前比2.577倍の増加)

となり、10年で2.6倍にも増えていました。

グラフに描いてみると、増加の特徴が直観的につかめて面白いと思いました。2010年から2013年までは単調に増えています。2013年から2019年にかけては、成長が年々鈍化しているのがわかります。そして、2020年にハッとまた目覚めたかのように伸びています。2013年や2019年に、京大では一体何が起きていたのでしょうか?何か研究力増強のためのテコ入れがあったのかもしれません。

 

細かなパターンはさておいて、こんなに論文数は年を追うごとに増えていくものなのでしょうか。

 

論文数増加を説明するファクター

 

図表4-1-1は、全世界の論文量の変化である。1980年代前半に比べ現在は、世界で発表される論文量は約3.5倍になっており、世界で行われる研究活動は一貫して量的拡大傾向にある。なお、この間において、分析に用いたデータベースに収録されるジャーナルは順次変更されると共に、ジャーナルの数も拡大してきている。論文数の拡大にはこの要因の寄与も含まれている。(科学技術・学術政策研究所)

 

科学技術・学術政策研究所が分析した上のデータの解釈を見ると、確かに増加傾向みたいです。学術誌の数が増加したため、論文の数も必然的に増加しているという理解でいいようです。

一つの学術誌に関しては掲載できる論文数はあまり変わっていないとしたら、全体の論文数増加は、新たに生まれ続ける学術誌の数でしか説明できません。

 

しかし、雑誌の数の増加はいいとして、一人の研究者が書く論文数が増えたのでしょうか?それとも研究者の数が増えたから論文数が増えているのでしょうか?これは恐らく両方あるだろうと思います。いまどき、論文の数もキャリア形成の際に重要になるため、データを小出しにして論文数を稼いだり、メインの論文が出たあとで、中途半端に余ったデータで小さな論文を出すということがあります。そういう受け皿になる雑誌が増えたおかげで、論文数が増えているということも言えるでしょう。

 

Global scientific output doubles every nine years (07 May 2014 | 16:46 GMT blog.nature.com)にも解説がありました。

 

 

Over the past 10 years, the number of PubMed-indexed papers published each year in PMC-OAS has grown, with the most recent years showing an exponential growth (Fig. 7).(Journal of Biomedical Semantics volume 6, Article number: 38 (2015))

上の論文数の推移をみると、確かに3倍くらいは軽く増えていました。別の文献を見ると、論文出版数の増加を言う際にWeb of Scienceなどを引用するのは間違いである。なぜなら毎年3%くらい収載する雑誌の数が増えているからと指摘しています。収載する雑誌が増えても、過去にさかのぼって論文を検索してくれるのであれば問題ないのではないでしょうか。

It’s clearly wrong to cite the growth of academic databases, such as Thomson Reuters Web of Science, which has increased its coverage by around 3% per year (barring occasions when the database incorporates a flood of new journals). That dramatically undercounts the true expansion: no database captures everything.

PubMedの歴史を説明した論文がありました。ここでPubMedで論文数が増えている要因を分析しています。

The increase in the number of searches was accompanied by a continuous increase in the number of records (i.e. the articles, abstracts and books included in the database) added in PubMed, as did those of other databases (Larsen & von Ins, 2010). A more dramatic increase in their numbers has occurred since 2004, when the number of records was approximately 15
million. By the first half of 2014 approximately 9.9 million more records have been added in Pubmed (a 66% increase from 2004), as evident from PubMed identification number (PMID) (http://www.nlm.nih.gov/bsd/licensee/baselinestats.html). This increase could be attributed to the increase in the number of researchers or an increase in their productivity. An analysis of several databases showed that despite the increase in literature, the productivity of scientists decreased, as shown by the number of papers per unique author (Larsen & von Ins, 2010). An analysis of PubMed records for the period 1978–2001 concluded that the growth of medical literature should be attributed to clinical research, while a shift away
from basic science was observed (Druss & Marcus, 2005). Simultaneously, an increase in new journal titles (the term used in PubMed for journals) was observed (3173 more titles in 2013 – new or due to title changes – compared to 2003)
(http://www.nlm.nih.gov/bsd/licensee/baselinestats.html), which might denote an increased demand for articles or a limited space in the available journals for the generated research. (An analysis of factors contributing to PubMed’s growth K.Z. Vardakas et al. / Journal of Informetrics 9 (2015) 592–617 有料)

 

 

相反する分析

上の話と若干食い違って見えるデータが、論文公表実態調査報告 2019 年度 (公開版)(大学図書館コンソーシアム連合 (JUSTICE) 2020 年 2 月 28 日)の中に にありました。これによれば、

国内研究者が Reprint Author となった公表論文数は 7 万件前後であり, 2012 年から 2017 年の 6 年間でほぼ横ばいである。

とのこと。データはWeb of Scienceで、ここではreprint Author(コレスポンディングオーサー)論文に限定しているので、条件が異なるのですが、それにしても大きな食い違いです。

 

PubMEDとWeb of Scienceとの食い違い

PubMEDとWeb of Scienceとでは収載している雑誌が多少異なるはずですが、それとは別に、検索条件でどんな文書を含めたかでも結果が変わってきます。文書の種類を何も限定せずにPubMED検索してしまうと、RetractionのNoticeや、ただの短いCommentなども拾ってしまうようです。PubMEDとWeb of Scienceとで条件を揃えて検索することがそもそもかなり難しいようですね。

 

近年爆発的に増加しているオープンアクセスジャーナルをどれくらい収載しているかの差かもしれないと思って、MDPI社の発行するジャーナルの数を調べてみました。MDPIの説明によれば、全部で304個のジャーナルを発行しているそうです。そのうちPUBMEDに収載されているのが76個。Web of Science収録が161個です。ですから、PUBMED検索結果のほうが多いことは、これでは説明がつきません。

 

文献データベースに関する論文やウェブ記事

 

  1. Comparison of PubMed, Scopus, Web of Science, and Google Scholar: Strengths and weaknesses March 2008The FASEB Journal 22(2):338-42 DOI: 10.1096/fj.07-9492LSF Full text at researchgate.com
  2. A behind-the-scenes guide for life scientists Michigan State University Q&A

病態機序とは【医学用語・語彙】

病態機序とは

病態機序(びょうたいきじょ):病気ができあがっていく仕組み。(難病情報センター

機序とは、メカニズムのことです。言葉が短いのでスペースが限られる科研費の課題名や紙面などでは多用されます。

科研費の研究課題名での使用例

病態機序という言葉の使い方を知るために、KAKENデータベースから「病態機序」をタイトルに含むものを抽出してみました。

  1. ASK1シグナルを介した脳室周囲白質軟化症の病態機序の解明と治療的可能性の検討
  2. 材料学的及び生物学的因子によるインプラント周囲炎の病態機序の解明と治療法の模索
  3. 赤血球の酸素運搬能に着目した胎盤機能不全の分子病態機序の解明
  4. 新規ヒト膜性腎症モデルの確立と病態機序解明-治療法開発をめざして-
  5. 細胞内輸送障害と樹状突起形成異常が引き起こすSTXBP1脳症の病態機序の解明
  6. 我が国で発見された遺伝性ニューロパチーの新規原因遺伝子から探る病態機序の解明
  7. エオジン好性核内封入体病(NIID)の臨床・病理連関と病態機序
  8. 中條-西村症候群との比較による、封入体筋炎の病態機序の解析
  9. ストリオソーム神経細胞選択的な遺伝子操作マウスを用いた神経変性疾患の病態機序解明
  10. アミロイドーシスにおける共通する分子の機能解析に基づく病態機序の解明
  11. 化学療法による食嗜好の変化の病態機序解明と予測ツール開発
  12. バイオ3Dプリンターを用いた脳アミロイド血管症モデルの病態機序の解明
  13. 転写因子p63を介する外胚葉異形成症の病態機序解明とその調節因子の探索
  14. 疾患iPS分化神経細胞を用いたシナプス機能解析による統合失調症の病態機序解明
  15. 軸索発達促進因子25型コラーゲンの分子基盤と先天性脳神経支配異常症の病態機序
  16. 脳内免疫システムの破綻がもたらす脳発達障害の病態機序の解明
  17. 胎盤機能不全の分子病態機序の解明と新規治療法の開発に向けて
  18. 破壊性関節炎・付着部炎モデルマウスを用いた病態機序の解明と治療標的の探索
  19. 重篤な精神神経症状を呈するミクログリア病(HDLS)の病態機序解明と治療法の探索
  20. T型カルシウムチャネル異常が引き起こす神経細胞死の病態機序解明
  21. 遺伝性痙性対麻痺の新規原因遺伝子の同定と病態機序の解明
  22. マイクロバイオータの表現型可塑性に着目した歯性病巣感染症の病態機序解明
  23. 自然免疫を介した自己免疫疾患病態機序の解明~シェーグレン症候群の新たな病因論~
  24. てんかん原性病巣の病態機序と制御:外科標本のイメージングプラクティス
  25. 細胞内におけるリポ蛋白質代謝過程に基づいたアミロイドーシス病態機序の解明
  26. 糸球体上皮細胞障害へのsemaphorin3aの病態機序の解明
  27. STXBP1関連てんかん性脳症の軸索輸送障害に着目した新たな病態機序の解明
  28. 視神経脊髄炎関連疾患の病態機序へのエクソソームの関与
  29. ALS発症に関与する新たなシナプス蛋白質の病態機序解明研究
  30. 大動脈解離におけるインテグリンを介した病態機序の解明と新規治療の基盤構築
  31. 単糖代謝阻害剤を標的とした嚢胞性腎疾患群の病態機序解明と薬効の検証
  32. 肝星細胞分泌因子に着目した、肥満関連肝がんの病態機序の解明と、新たな治療法の開発
  33. シナプス伝達異常がもたらす攻撃性亢進の脳責任領域の探索と病態機序の解明
  34. 抗ミトコンドリア抗体陽性筋炎の臓器合併症の臨床調査および病態機序解析
  35. Hippo経路関連分子YAP1の制御破綻に基づく動脈硬化の病態機序の解明
  36. 自然免疫を介した自己免疫疾患病態機序の解明~シェーグレン症候群の新たな病因論~
  37. 活性酸素種によるリンパ管の血圧緩衝機能障害:高血圧症の新規病態機序
  38. 疾患特異的iPS細胞を用いたGorlin症候群の病態機序の解明
  39. 病態機序に基づいた副腎白質ジストロフィーの表現型修飾因子の探索研究
  40. 微小血管狭心症の病態機序における内皮由来過分極因子の重要性の解明
  41. Wntシグナルと(プロ)レニン受容体の制御による糸球体病態機序解明と治療戦略
  42. 壊死性ミオパチーに関連する自己抗体の病態機序の解明と臨床応用に向けて
  43. バイオ3D プリンターを用いた脳アミロイド血管症モデルの作成と病態機序の解明
  44. TDP-43選択的スプライシングによる ALS病態機序とバイオマーカー利用の検討
  45. 新規腎病理概念IgM形質細胞尿細管間質性腎炎の疾患概念の確立と病態機序の解明
  46. 腸内細菌叢の構造異常をターゲットとした肺高血圧症の病態機序解明
  47. カニクイザルを用いた遺伝性網膜疾患モデルの作製:病態機序の解明と治療法の開発
  48. 有棘赤血球舞踏病とマイトファジー 分子レベルの病態機序解明と神経変性予防法の開発
  49. ICAM-1の動態に着目した糖尿病関連歯周炎の病態機序の解明と診断システムの確立
  50. 疾患特異的iPS細胞を用いたGorlin症候群の病態機序の解明
  51. NGSを用いたOA関連遺伝子の網羅的解析と、5-hmc変動が解き明かす病態機序
  52. Ⅱ型肺胞上皮細胞における脂質代謝の変化と肺線維症、肺気腫の病態機序の解明
  53. クラススイッチ導入モノクローナル抗体を用いた水疱性類天疱瘡の病態機序の解明
  54. 重症患者における血中オレキシン活性がICU譫妄発症の病態機序に与える影響
  55. 敗血症関連脳症の病態機序の解明および治療薬の検討
  56. 希少難治性筋疾患におけるオートファジーを介した蛋白分解機構と病態機序の解明
  57. マクロファージ表面マーカーを指標とした間質性肺炎の新規診断法の開発と病態機序解明
  58. 特発性正常圧水頭症における遂行機能障害-新しい検査法の開発と病態機序の解明-
  59. ドキソルビシン心筋症の新規病態機序解明と治療法開発
  60. アデノシンシグナルを介した妊娠高血圧腎症の病態機序の解明と臨床への応用を目指して
  61. 大動脈解離の病態機序解明と治療法開発を目的とした基礎・臨床研究
  62. プレシジョン医療実践のための病態機序解明とコンパニオン診断薬開発
  63. 口腔疾患特異的iPS細胞作製による病態機序の解明
  64. 過酸化水素シグナルに着目した、脂肪性肝疾患の新規病態機序・治療法の解明
  65. チタンアレルギーの病態機序および生体反応に関わる免疫学的研究
  66. タンパク質-RNA相互作用が及ぼす神経変性疾患の病態機序の解明
  67. CDKL5遺伝子変異によるてんかん性脳症のシナプス分子病態機序と治療法の解明
  68. T細胞の異常から捉えた神経変性疾患の病態機序解明と新規治療法開発
  69. 日本における抗PLA2R抗体関連膜性腎症の実態と病態機序の解明
  70. 肝線維化を誘導する特異的因子の発見・機能解析および病態機序の解明
  71. 変形性関節症における新しい病態機序-Transthyretin性アミロイド沈着-
  72. アデノシンシグナル経路を介した妊娠高血圧腎症の病態機序の解明と治療的可能性の検討
  73. ミトコンドリアCa2+制御機構とその破綻による心血管病態機序
  74. モデルショウジョウバエを用いたALS病態機序の解明と新規治療法への応用
  75. 自然リンパ球を標的とした好酸球性食道炎の病態機序の解明
  76. 分子イメージング手法を用いた2型糖尿病の病態機序の解明
  77. 脳アミロイドアンギオパチー関連炎症の病態機序の解明とバイオマーカーの確立
  78. 辺縁系脳炎型橋本脳症の臨床像と病態機序の解明
  79. タンパク質架橋化酵素を標的とした肝線維化の病態機序の解明および制御法の開発
  80. 難治性機能的脳疾患の病態機序としての視床-皮質律動異常の検証と治療への応用
  81. 半月体形成性腎炎における(プロ)レニン受容体を介した病態機序の解明と新規治療法
  82. 自己抗体を介する炎症性筋疾患の臨床像・筋病理の解析と病態機序の解明
  83. GFAP遺伝子異常症であるアレキサンダー病の臨床および病態機序に関する研究
  84. 慢性腎臓病の病態機序におけるメガリンの役割と尿中メガリン測定の臨床的意義
  85. SLC41輸送体群によるMg2+制御機構とその破綻に基づく病態機序
  86. COQ2変異に基づく多系統萎縮症の病態機序解明とサロゲートマーカーの開発
  87. 疾患動物モデルを用いた抗MuSK抗体陽性重症筋無力症の治療薬探索と病態機序の解明
  88. TDP-43・FUSによる翻訳・シナプス機能調節異常とALS・FTLD病態機序
  89. デングウイルス感染における重症化機序及びチクングンヤウイルスの病態機序解明
  90. C9FTD/ALSと孤発性ALSを繋ぐ病態機序の解明
  91. 皮質異形成の病態機序:体細胞変異仮説の検証
  92. 筋原性血管応答におけるイオン輸送分子の局在・活性制御とその異常が導く病態機序
  93. 犬と猫の糸球体腎症における病態機序の解明と新規診断・治療マーカーの探索
  94. 脳小血管病の解明と治療方法の確立:CARASILの病態機序からのアプローチ
  95. マイクロバイオーム解析とメタボローム解析による神経性食欲不振症の病態機序解明
  96. TDP43の自己調節機能に注目したALSの病態機序の解明
  97. 小脳失調型橋本脳症の臨床像と病態機序の解明
  98. プリオン病の病態機序におけるアストロサイトの役割に関する研究
  99. microRNAを標的とした関節リウマチの新規治療法開発と新病態機序解明への挑戦
  100. 神経発達障害原因遺伝子CDKL5の分子機能・病態機序の多元的アプローチによる解明
  101. 難治性ニューロパチーの軸索‐髄鞘間相互作用からみた病態機序の解明
  102. 新規HTRA1点変異ヘテロ接合体における脳小血管病の病態機序の解明
  103. クロウ-深瀬症候群の病態機序解明と再発予防に対する神経治療法開発
  104. 肥満関連液性因子ANGPTL2を介した、脂肪肝炎・肝臓癌の病態機序の解明
  105. 熱帯地域における手腕系振動障害に係る病態機序の解明
  106. スプライシング異常によるPOLDIP3の機能喪失に着目したALS病態機序の解明
  107. 脳内酸化ストレス反応を介した統合失調症の病態機序の解明
  108. 好酸球性副鼻腔炎の病態機序解明に対する真菌を用いたアプローチ
  109. 福山型先天性筋ジストロフィーの病態機序に基づいた治療法の確立
  110. TDP43の病態機序に基づいたALSの血中バイオマーカーの単離
  111. 重症くも膜下出血における神経原性肺水腫の病態機序と中枢性発症機構の解明
  112. 大動脈解離の分子病態機序の解明と新規治療法の開発
  113. 孤発性筋萎縮性側索硬化症の病態機序の解明
  114. TDP-43によるmicroRNA制御機構に着目したALS病態機序の解明
  115. 脳小血管障害の病態機序の解明:CARASILの病態機序からのアプローチ
  116. TDP43の生理機能に注目したALSの病態機序の解明
  117. 天然変性タンパク質の機能解析によるALSの病態機序の解明
  118. デスモグレイン3-GFP遺伝子組み換えマウスを用いた天疱瘡病態機序の検討
  119. 培養細胞モデルを用いたシヌクレイノパチー病態機序の解明
  120. パーキンソン病の幻視の発現病態機序の解明
  121. TDP-43の機能喪失に着目したALS病態機序の解明
  122. 周産期型低ホスファターゼ症の分子病態機序解析
  123. 妊娠高血圧症候群の病態機序へのスフィンゴシン1リン酸の関与の解明と治療への応用
  124. 神経筋疾患における筋組織内のアクアポリン発現性変化の病態機序に関する検討
  125. 上皮細胞カルシウム輸送体ファミリーの生理機能とその病態機序の解析
  126. 根尖性歯周疾患の病態機序-自然および獲得免疫応答と樹状細胞の成熟化-
  127. 変異グルコセレブロシダーゼによるパーキンソン病発症の病態機序の解明
  128. 筋萎縮性側索硬化症とTDP-43:その病理像の全貌と分子病態機序の解明
  129. 緑内障における外側膝状体の病態機序解明とその治療法の確立
  130. 血管内皮細胞成長因子の異常とニトロ化ストレス誘発糖尿病性血管障害の病態機序の解明
  131. 顔面肩甲上腕型筋ジストロフィーにおけるエピジェネティック変化と病態機序の解明
  132. 遺伝性脊髄小脳変性症における病態機序の解明と新規生化学的指標の同定
  133. モデルマウスを用いたタウオパチーの病態機序解明の総合的基盤研究
  134. カテコラミン産生調節細胞モデルを用いたシヌクレイノパチー病態機序の解析
  135. アンジオポエチン様因子ファミリー分子の、脂肪肝・脂肪性肝炎病態機序への関与の解明
  136. Na,Ca膜輸送分子複合体の機能制御とその病態機序の解析
  137. ゲノム解析を基盤とした神経疾患の病因・病態機序の解明
  138. 肥満および糖尿病モデルマウスを用いた血栓傾向の病態機序の解明と治療法の基礎的検討
  139. 神経調節性失神の病態機序解明と新しいトレーニング治療法の確立
  140. ブドウ球菌プロテアーゼ病理作用解析を基盤とした感染症病態機序の研究
  141. 遺伝性脳白質変性症の遺伝子解析および病態機序の解明
  142. 低ホスファターゼ症の分子病態機序の解明
  143. パールカンの神経筋接合部における機能解明―パールカン欠損病の病態機序解明をめざして
  144. 多発性筋炎の病態機序の解明(chemokineの側面から)
  145. 根尖性歯周疾患の病態機序の解明-樹状細胞の動態と免疫機能分子発現の解析-
  146. アプラタキシン欠損症の臨床遺伝学的検討および病態機序の解明
  147. カニクイザルにみられる遺伝性および加齢性黄斑変性の病態機序の解明
  148. 眼内新生血管における性差とその病態機序及び治療におけるエストロゲンの役割
  149. 心筋リモデリング特異因子の同定とその病態機序の解明
  150. 非アルツハイマー型変性痴呆の病態機序に関する研究-細胞骨格蛋白異常の観点から-
  151. Tilt Training:神経調節性失神の新しい治療法の開発と病態機序解明
  152. 筋強直性ジストロフィーの病態機序に関する研究
  153. ミトコンドリア血管症の病態機序の解明と遺伝子導入による機能修復
  154. 家族性痙性対麻痺の病態機序の解明
  155. 難治てんかんの分子病態機序の解明
  156. 脊髄小脳変性症の分子病態機序ならびに臨床病態の解明
  157. 遺伝子発現を基盤とする病態機序の解明法の開発
  158. 眼内炎症・眼内新生血管における性差とその病態機序・治療におけるエストロゲンの役割
  159. 筋萎縮性側索硬化症の分子病態機序に関する研究
  160. 筋萎縮性側索硬化症の分子病態機序の解明
  161. 赤血球膜蛋白P4.2の正常と病態における遺伝子発現制御と病態機序の研究
  162. 食道胃静脈瘤破裂の成因に関する静脈瘤血液ガス分析による病態機序の検討
  163. 心不全病態機序における低圧系調節システムの役割に関する実験的ならびに臨床的研究
  164. 術後一過性心筋梗塞様心電図の病態機序
  165. 脳血管攣縮の病態機序, その nucleotide cyclases 代謝
  166. 脳血管攣縮の病態機序

糖尿病と糖分の摂取に関連する論文リスト

砂糖を取り過ぎると糖尿病になりやすいの?という疑問を感じたので、論文をあれこれ調べていたら、PLOS ONEのこんな論文を見つけました。

The relationship of sugar to population-level diabetes prevalence: an econometric analysis of repeated cross-sectional data. Basu S1, Yoffe P, Hills N, Lustig RH PLOS ONE  February 27, 2013 https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0057873

ちょっと古い論文なので、その後、この論文を引用した論文も調べてみました。

    1. Cho, N. H.; Shaw, J. E.; Karuranga, S.; Huang, Y.; Fernandes, J. D. da Rocha; Ohlrogge, A. W.; Malanda, B. IDF Diabetes Atlas: Global estimates of diabetes prevalence for 2017 and projections for 2045. APR 2018. DIABETES RESEARCH AND CLINICAL PRACTICE 138()271-281. 10.1016/j.diabres.2018.02.023
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telemedicine, telehealth テレメディシン、テレヘルスとは?その将来性

テレメディシン(telemedicine)は、患者と医師が離れた場所にいて、通信手段を用いて診察を行うことです。テレヘルス(telehealth)もテレメディシンと同じ意味で使われますが、もう少し広義です。

テレヘルスの過去、現在、未来

Is Telemedicine The Future Of Health Care? 2020/05/17 CNBC

P1,P1A,P2,P2A,P3,P3A,BSL1,BSL2,BSL3バイオセーフティレベルの種類

バイオセーフティレベルの2種類の呼称

  1. バイオセーフティマニュアル (OIST) バイオロジカルセーフティレベルは、2種類ある。一つは、遺伝子組換え実験に適用する実験分類で、哺乳綱及び鳥綱への病原性に基づきクラス1~クラス4が設定されている。核酸供与体及び宿主の実験分類とその他の条件を考慮して、
    Protection Levelと呼ばれる P1 ~ P 4までの拡散防止措置レベルが決定される。もう一つは、ヒトへのリスクを基準として、病原体等に適用するもので Biosafety Levelと呼ばれ、BSL1 ~ BSL4まで4レベルがある。2つのバイオロジカルセーフティレベルの危険性及び必要とする設備等は、ほぼ同等であるが、対象となる生物種は若干異なるので注意が必要である。
  2. セルプロセッシング施設および バイオセーフティ施設への取り組み (Vol.89 No.05 430-431 2007.05 医薬品産業における日立グループのソリューション )(WHO)の指導によりBSL1,BSL2,BSL3,BSL4に呼称変更 されている。

P1AのAの意味

  1. 遺伝子組換え実験に必要な拡散防止措置 (大阪大学)動物使用実験を行う場合は、逃亡防止(2重ドアやネズミ返し等)を設置し、レベル表示の後ろに「animal」の「A」を付す(例:P1A)。

参考

  1. 遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律等に関する説明資料 平成18年10月文部科学省研究振興局ライフサイエンス課生命倫理・安全対策室
  2. 遺伝子組換え実験を始める前に-これだけは知っておきたい基本情報-平成19年7月3日ライフサイエンス課生命倫理・安全対策室

ユビキチン化の構造的な多様性とそれらの多彩な生理作用

ユビキチン化は、タンパク質分解の仕組みだと覚えていたのですが、話はそう単純ではなくて蛋白質分解以外の役割も新たに見つかってきて、だいぶややこしい話になっています。

ユビキチン化の生理作用の多様性の発見

ユビキチンによるタンパク質の翻訳後修飾は、プロテアソーム依存的な分解だけでなく、シグナル伝達DNA修復タンパク質の輸送、さらにはオートファジー・リソソーム系による分解など広汎な生命機能を制御することが明らかになってきた。(ユビキチンに関する研究 蛋白質代謝プロジェクト

ユビキチン化を司る酵素E1,E2,E3の多様性

ユビキチン修飾系は、E1ユビキチン活性化酵素)、E2ユビキチン結合酵素)、E3ユビキチンリガーゼ)の3種の酵素活性を介して、標的タンパク質Lys残基側鎖に8.6kDaの低分子量球状タンパク質であるユビキチンをイソペプチド結合的に付加する翻訳後修飾系です。ヒトには2種のE1、約50 種のE2、約600種のE3が存在し、E3がユビキチン化すべき標的タンパク質を時空間特異的に識別するという最も重要な役割を担っています。(大阪市立大学 研究内容

E1,E2,E3の役割の説明がわかりやすい図。一番大事なのはE3で、E3が基質特異性を発揮すると同時にE2に結合しているユビキチン(Ub)を標的タンパク質に転移します。


(図の転載元:老年医学の展望 ユ ビキチ ンシグナ リングとその生物学的意義

E3ユビキチンリガーゼの例:パーキン

ユビキチン化された標的タンパク質は、通常は分解されるわけですから、E3の役割は、ゴミとなったものに「ゴミ」とタグ付けするようなものでしょう。もしE3が突然変異などにより機能しなくなってしまうと、そのE3の役割分担になっていた標的がゴミ化したときにゴミとして捨てることができなくなり、そのゴミが細胞内に蓄積してしまって障害を生じることになります。

E3は標的特異性があることから、標的の数だけE3にも種類があります。パーキンソン病の原因遺伝子であるパーキンparkinと言うタンパク質は、E3ユビキチンリガーゼの一種で、その標的なミトコンドリアのタンパク質です。パーキンに変異があって機能しなくなると、ミトコンドリアタンパク質のゴミとなったものが溜まってしまい、ミトコンドリアが機能できなくなってしまいます。

ユビキチン鎖の構造の多様性と生理作用の多様性との対応関係

生化学 第85巻 第6号,pp.405―413,2013 ポリユビキチン鎖を標的とした NF-κB の新たな調節機構 に、ユビキチン鎖の多様性とその生理作用がわかりやすくまとまっていました。

新学術領域研究ユビキチンネオバイオロジー(H24~H28年度)という新学術領域研究があったくらいに、ユビキチンの構造と機能の多様性は奥が深いです。このサイトにある、図1.ユビキチン修飾の構造多様性と機能 (2017年現在)もわかりやすい。

ユビキチン研究のためのツール

  1. 各種ポリユビキチン鎖 フナコシ

参考

  1. 分岐型ユビキチン鎖とアセチル化ユビキチン Journal of Japanese Biochemical Society 92(1): 57-63 (2020) doi:10.14952/SEIKAGAKU.2020.920057

ガドリニウム(Gd)造影剤の種類

造影剤とは

造影剤は、X線検査やMRIなど様々な画像診断において濃淡を強調するために用いられる物質のことです。

  1. 造影剤の使い分けと安全管理 2015年 病薬アワー

ヨードは、ヨウ素(iodine)の別名。原子番号53の元素。期待がすみれ色であることから、すみれを意味するギリシャ語にちなんで名づけられた。

  1. ヨウ素 ウィキペディア

MRIで用いられる造影剤

キレートの構造から、線状型(直鎖型)と環状型とに分類される。直鎖型は安定性が低く、最近は使われなくなってきているそうです。

線状型

  1. ガドジアミド 水和物 商品名:オムニスキャン(第一三共)
  2. ガドペンテト 酸メグルミン 商品名:マグネビスト(バイエル薬品)
  3. ガドキセト酸ナトリ ウム

環状型

  1. ガドテリドール
  2. ガドテル酸 メグルミン
  3. ガドブト ロール

 

  1. PMDA 調査結果報告書 平成 29 年 11 月 6 日 独立行政法人医薬品医療機器総合機構
  2. MRI用造影剤(Gd造影剤) 九州大学歯学部
  3. 医薬品インタビューフォーム マグネビスト静注

 

ガドリニウム(Gd)造影剤を取り巻く状況

もともと毒性があるガドリニウムは速やかに体外へ排出されるようにキレート構造を付与されているが、2013年にGdの脳での沈着が報告されたことから、安全性への懸念が生じている。

  1. ガドリニウム造影剤の脳沈着のリスクと今後の動向 Innervision (32 6) 2017
  2. ガドリニウム造影剤安全性情報UP TO DATE 第53 回日本小児放射線学会学術集会“Pediatric radiology is fun!”より  日本小児放射線学会雑誌 2017 年 33 巻 2 号 p. 91-96

呼吸器外科 気管狭窄症 気管狭窄症(tracheal stenosis)の手術の例

 

気道ステント留置術

気道ステント留置術の原理の説明。

S&G Biotech-EGIS Airway Stent

  1. Airway stents Erik Folch, Colleen Keyes Annals of aCardiothoracic Surgery レビュー論文

ダイナミックYステントの留置の実際

実際の手技の解説。

Chapter 109 final Tracheal Bi bronchial Y Stent  2015/01/31  AirwayOnDemand from Dr. Will Rosenblatt

Dynamic™ (Y) Stent Case Study – Dr. David Duhamel 2014/10/30   BostonScientificEndo
https://www.youtube.com/watch?v=LxEMrzWLXV4

  1. NOVATECH® GSS™ Tracheobronchial silicone stents

 

気道狭窄の切除と再建の手術の様子の動画。
Tracheal stenosis—resection and reconstruction

気管狭窄症の手術の難しさ

気道狭窄は我々小児外科医が扱う疾患の中でも、治療の難易度が非常に高いもののひとつです.手術もそうですが,術後に厳密な呼吸・循環管理が必要なことから,十分な経験を持った小児外科,心臓血管外科,麻酔科,循環器,集中治療のチームがあって初めて行うことができます.(静岡県立こども病院

咽頭(いんとう pharynx)と喉頭(こうとう larynx)の解剖学

咽頭(いんとう)とは

咽頭は、鼻腔、口腔から続く部分で、喉頭や食道につながります。(のどの仕組み

喉頭(こうとう)とは

咽頭と喉頭とは字が似ていて混同しそうですが、喉頭(こうとう)はのどぼとけの部分であり、声帯が存在している器官の名称。つまり喉頭は、声を出す器官というわけですね。

喉頭は、いわゆる「のどぼとけ」のところにある器官で、気管と咽頭(いんとう)をつないでいます(図1)。喉頭では、鼻や口から取り込まれた空気は気管へ、飲食物は食道へと振り分けられます。喉頭には左右一対の声帯(せいたい)があり、(がん情報サービス)