Dに出てくる単語：ZT(zeitgiber time）、位相(phase)

ZT(zeitgeber time）とは

zeitgeber とは、ドイツ語で英語でいうとtime giverだそうです。time giver timeというとますますわからないですね。zeitgeberのzeitはtimeというよりも時間周期を与えるキュー（刺激）みたいに捉えたほうがしっくりきます。

 “Zeitgeber” in German is “Time giver” in English and refers to the “agent of entrainment”.　https://ruo.mbl.co.jp/bio/e/product/circadian/exuse/per1-2.html

下の説明が非常にわかりやすく、徹底的です。

A zeitgeber is any environmental cue that can be used by an organism to align its endogenous rhythm with the external day-night cycle. So far we have focused mainly on light as it is the most common zeitgeber, but there are other zeitgebers as well.

the experimental manipulations that chronobiologists impose lead to two new ways of talking about time. When an organism is free-running, we speak of circadian time (CT). When an organism is entrained to an artificially-imposed, environmental daily cycle, we speak of zeitgeber time (ZT).

https://ccb.ucsd.edu/the-bioclock-studio/education-resources/basics/part2.html

時間生物学における位相(phase)とは

位相というのは高校物理の波の勉強で出てきましたが、周期的に変化するものが（0度=<x<360度）の中のどの位置にいるかというものだったと思います。y = sin x　xは角度　とすれば、x=0のときは位相が0度で、周期のちょうど真ん中にいれば位相は180度と言った具合です。

時間生物学でも24時間周期で変動する遺伝子の発現量が波のように変化するので位相という概念が出てきますが、位相の表し方としては、遺伝子発現がピークのときの”時刻”（一周期を0~24時間とした場合）で表すようです。位相という概念は同一ですが、表現の仕方が独特です。

  1. the peak of mRNA abundance (phase)　　　Peak times (phase) and amplitudes are summarized in circle plots.　　the peak times (also referred to as phases) of pre-mRNA accumulation for cycling genes　https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1715225115　この論文では位相（遺伝子発現のピーク）をZT(zeitgeber time）で表示しています。
  2. phase (the maximum peak of expression of a certain gene) https://stackoverflow.com/questions/30463959/circadian-phase-plot-in-r

突然変異体などでは1周期が24時間からかけ離れたものも出現するので、0~24時間に当てはめて（ノーマライズして）位相を表示するというのもやや不自然に自分は思います。

  1. Phase Θ and amplitude A before (gray dot) and after (black circle) pulse. この論文では位相をラジアンで表示しています。

上の論文では位相の単位として24時間でなくラジアン（360度は2πラジアン）で表示していて、こっちのほうがリーズナブルかなと個人的には思いました。

位相を表示するレーダープロット(Radar plot）とは

  1. Radar plots representing the phase analysis of genes whose expression is circadian　この論文では位相が0~24時間で表示されています。図の説明文では明示されていませんが、本文ではZTが使われているので、この図もＺＴ表示と思われます。
  2. https://www.nature.com/articles/ncomms11662 個々の個体の位相の平均（ベクター表示）