Dに出てくる単語:ZT(zeitgiber time)、位相(phase)


ZT(zeitgeber time)とは

zeitgeber とは、ドイツ語で英語でいうとtime giverだそうです。time giver timeというとますますわからないですね。zeitgeberのzeitはtimeというよりも時間周期を与えるキュー(刺激)みたいに捉えたほうがしっくりきます。

 “Zeitgeber” in German is “Time giver” in English and refers to the “agent of entrainment”. https://ruo.mbl.co.jp/bio/e/product/circadian/exuse/per1-2.html


A zeitgeber is any environmental cue that can be used by an organism to align its endogenous rhythm with the external day-night cycle. So far we have focused mainly on light as it is the most common zeitgeber, but there are other zeitgebers as well.

the experimental manipulations that chronobiologists impose lead to two new ways of talking about time. When an organism is free-running, we speak of circadian time (CT). When an organism is entrained to an artificially-imposed, environmental daily cycle, we speak of zeitgeber time (ZT).

Part II


位相というのは高校物理の波の勉強で出てきましたが、周期的に変化するものが(0度=<x<360度)の中のどの位置にいるかというものだったと思います。y = sin x xは角度 とすれば、x=0のときは位相が0度で、周期のちょうど真ん中にいれば位相は180度と言った具合です。


  1. the peak of mRNA abundance (phase)   Peak times (phase) and amplitudes are summarized in circle plots.  the peak times (also referred to as phases) of pre-mRNA accumulation for cycling genes https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1715225115 この論文では位相(遺伝子発現のピーク)をZT(zeitgeber time)で表示しています。
  2. phase (the maximum peak of expression of a certain gene) https://stackoverflow.com/questions/30463959/circadian-phase-plot-in-r


  1. Phase Θ and amplitude A before (gray dot) and after (black circle) pulse. この論文では位相をラジアンで表示しています。


位相を表示するレーダープロット(Radar plot)とは

  1. Radar plots representing the phase analysis of genes whose expression is circadian この論文では位相が0~24時間で表示されています。図の説明文では明示されていませんが、本文ではZTが使われているので、この図もZT表示と思われます。
  2. https://www.nature.com/articles/ncomms11662 個々の個体の位相の平均(ベクター表示)