以下、グーグル検索結果 AIによる概要です。
三毛猫 の多様な毛色は、メスに起こる「X染色体不活化」という現象が主な原因です。これにより、1匹の猫の体内で、異なる遺伝子を持つ細胞がモザイク状に存在するため、複数の毛色が発現します。
X染色体不活化の仕組み 遺伝子の違い:
ネコの毛色を決める遺伝子の一つに、黒色（o）と茶色（O）を発現させるものがあり、これはX染色体上にあります。
メス猫の遺伝子: メス猫は2本のX染色体（XX）を持つため、両親からそれぞれ異なる遺伝子（ 𝑂 𝑂 と 𝑜 𝑜 ）を受け継ぐことがあります。
ランダムな不活化: 胚発生の初期段階で、メス猫の各細胞では2本のX染色体のうちどちらか一方がランダムに不活化（機能停止）されます。 毛色の決定: 不活化されなかった方のX染色体にある遺伝子が毛色を決定します。
𝑂 を持つX染色体が不活化されなかった細胞は、茶色の毛色になります。
𝑜 を持つX染色体が不活化されなかった細胞は、黒色の毛色になります。
パッチ模様: この不活化は各細胞でランダムに起こるため、その後に細胞分裂を繰り返してできた細胞集団（クローン）が、茶色または黒色のパッチ模様となります。
白色の斑: 白色の部分は、メラニン色素の生成を阻害する別の遺伝子（常染色体にある 𝑊 𝑊 遺伝子）の影響によって生じます。
オスの三毛猫が希少な理由
オス猫はX染色体を1本しか持たない（XY）ため、基本的に三毛猫にはなりません。しかし、ごくまれに遺伝子異常で性染色体をXXYという組み合わせで持つオス猫が誕生することがあります。この場合、メスと同様にX染色体不活化が起こるため、三毛猫になる可能性がありますが、非常に珍しい現象です。
参考
- 三毛猫の毛色を決める遺伝子をついに発見～60 年間の謎だった三毛猫の毛色の仕組みを解明～ https://www.m.u-tokyo.ac.jp/news/PR/2025/release_20250516.pdf 今回の研究により、三毛猫などオレンジ色の毛を持つ猫には、X 染色体上の ARHGAP36 遺伝子領域に約 5,000 塩基の欠失があることが明らかになりました。オレンジ毛が生えた皮膚での遺伝子発現を調
べたところ、欠失によって ARHGAP36 の発現が上昇し、その結果としてメラニン合成遺伝子群が抑えられ、黒色のユーメラニンからオレンジ色のフェオメラニン(※2)へと合成の切り替えが起きることが示唆されました。さらに、遺伝子の発現を抑制する DNA メチル化の状態を調べたところ、ARHGAP36 はX 染色体の不活性化に伴って高度にメチル化されることが分かりました。こ本研究成果は、米国の雑誌「Current Biology」に 2025 年 5月16日（金）午前 0 時（日本時間）に掲載されました。 A deletion at the X-linked ARHGAP36 gene locus is associated with the orange coloration of tortoiseshell and calico cats Hidehiro Toh, Wan Kin Au Yeung, Motoko Unoki, Yuki Matsumoto, Yuka Miki, Yumiko Matsumura, Yoshihiro Baba, Takashi Sado, Yasukazu Nakamura, Miho Matsuda, Hiroyuki Sasaki. Current Biology (2025) DOI:10.1016/j.cub.2025.03.075