論文をどうやって整理するかは、人それぞれ。とくに決まりもないし、学校で習うことでもないので研究者はみな自己流でやっているようです。すると、一度覚えたやり方を変えることなく何十年もその方法で管理していて、実はもっと便利な方法があっても気付かないままということも起こります。

年、頁、タイトルなどの文献情報の記録、論文PDF（本文）の保管、論文執筆時の引用という３つのタスクをどう解決するか、そのためにはどの文献ソフトが一番使いやすいのでしょうか。

ちなみに自分はEndnoteを長年使ってきました。論文はマイクロソフトのワードで書き、Endnoteライブラリーから引用したい文献を選んでワードの文書内に挿入します。当然ですが、その論文のワードファイルと、引用に用いたEndNoteライブラリーはセットにしておく必要があります。えんｄNoteライブラリーのファイルが破損して使えなくなってしまうと論文執筆中の場合、大打撃です。

本文PDFをどうやって整理するかも悩ましい問題です。EndnoteにはPDFを管理する機能もありますが、それを利用するとEndnoteを使ってでしかそのPDFにアクセスできないということになります。なぜならEndnoteはそのファイル名を人間が理解できない機械的なものにしてしまうためです。

自分はPDFファイルに自分で（他のソフトを使わずに）探したり開いたりしたいので、「文献」フォルダに全ての論文PDFを入れてありますどう整理するかはいろいろあり得ますが、雑誌ごとにフォルダを用意して「nature」フォルダ、「Journal of Cell Biology」フォルダなどにその雑誌に掲載された論文のPDFをいれてあります。その際、ファイル名は年号_筆頭著者_最終著者_論文タイトルにしています。最終著者をみれば、どのラボの仕事かがわかります。論文タイトルが長いとファイル名もかなり長くなるので、その場合は途中までで止めるか、内容が一番わかる部分だけにすることもあります。論文タイトルにコロンが使われているときには、コロンを別の記号に代替したり、コロンの前の部分もしくは後ろの部分だけをファイル名に使ったりしています。

「えーっと、あの論文」と思い起こすときには大抵、どの雑誌に掲載されたどこのラボから出た論文という覚え方をしているので、自分が論文PDFを引っ張り出したいときには、このやり方でだいたい上手くいっています。もちろんEndNoteで管理していても、欲しいPDFを引っ張り出すことは簡単なはずですが、やはりEndNoteに依存していることが気持ち悪いのでやっていません。EndNoteは効果なので、自分の研究費が途切れてしまったときにEndNoteが使えなくなる恐れがあり、その時には全ての論文が未整理の状態となるのが恐ろしいからです。

EndNoteライブラリーは、研究テーマごとにつくる？1つに全てを入れる？

ライブラリーは、以前は研究テーマごとにつくっていたことがありましたが、そうすると研究テーマがオーバーラップした場合にどちらに入れるのかという問題が生じるので、自分はライブラリーのファイルは一つだけにして、それにありとあらゆるジャンルの論文を放り込んでいます。自分の研究の専門分野の論文であろうが、ちょっと気になった専門外の論文であろうが、同じライブラリーに入れています。じつのところ、研究が進展したら、無関係だと思っていた研究テーマが重なりを生じる可能性だってありますので、分けるのは得策ではなかろうというわけです。

ではどうやって、論文を分類するかというと、EndNoteのGroupという機能を使っています。Groupによる分類のいいところは、複数のGroupに帰属させることも可能な点です。多分できたはず。

まあ生成AIがいろいろ出てきて、文献の整理もその波に洗われて、EndNoteよりもはるかに作業が効率的になるツールが出てくる（すでに出てきている？）と思います。自分が長年やってきたやり方が一番楽なので、乗り換えるためには、新しい方法が相当楽でないといけないのですが、どうなることでしょうか。