器質性疾患と機能性疾患

医学独特の用語として、「器質性」という言葉と「機能性」という言葉があります。何も難しいことはなくて、器質性というのは構造的な異常に基づくもの、機能性というのは構造は保たれているがその機能に異常が生じているものです。

器質的疾患とは、臓器そのものに炎症や癌などがあり、その結果として様々な症状が出現する病気や病態のことをいいます。臓器そのものに異常があり、症状が出ている疾患のため、検査を行えば必ず症状の原因となる異常が見つかります。一方、機能性疾患とは、臓器には何も異常は無いにもかかわらず自覚症状だけがある病態をいいます。臓器そのものには異常が無いため、色々な検査を行ってみても症状の原因となるような異常は何も見つかりません。（機能性疾患と器質的疾患について　福岡天神内視鏡クリニック）

リサーチマインド　研究という職業について

Nobel Prize Winner, Gregg Semenza on the discovery of HIF-1 2016/09/11 Johns Hopkins Medicine

It’s a dream job, because we’re able to follow our interests and our ideas, and be creative, design experiments to test hypotheses. And ultimately, if we’re really lucky, to apply what we’ve learned to clinical problems. And so yeah, it’s a lot of fun to do research. And I always say that we’re very lucky, because we have a job that  we really, most people who do research really enjoy doing it and never wanna retire.  They just wanna keep working in the lab,  because it’s something that brings such enjoyment and fulfillment.（02:38～03:10）

肺と肺がん

播種とは

播種とは、種をまかれたように小さな腫瘍がばらまかれたような広がり方をしてしまった状態です。胸の中や腹部に播種した状態を、腹膜播種、胸膜播種と呼びます。（腹膜・胸膜播種に対する治療　神奈川県率こども医療センター　小児がんセンター）

胸膜播種　pleural dissemination

胸膜 pleura

  1. Pleural Space: Part 1 of 3 [HD] 2012/09/15 FSUMedMedia YOUTUBE 3:20

論文の読み方：臨床系医学研究論文・基礎系医学研究論文の特徴と読む際のヒント

論文の読み方

論文をどう読むか（データをさっと見るだけにするか、1文1文を精読していくか）は、目的に応じて変えるのがよいと思います。

まずTitle（論文タイトル）が魅力的かどうか味わい、次に著者が最も主張したいことが凝縮されているAbstract（要約）を繰り返し読む。その後、データを順に眺めていく。そのときFigure（図）の下についているFigure Legend（図の説明）を読みながらデータを眺めればデータの意味が分かるようになっている。簡単に「論文を読む」ならここでおしまい。（論文を読もう　大阪大学大学院医学系研究科呼吸器・免疫内科学）

論文の読み方に関する書籍

  1. 医学論文から学ぶ 臨床医のための疫学・統計 磯 博康, 祖父江 友孝, 服部 聡, 北村 哲久 2023/11/2朝倉書店 多数の論文が実際に取り上げられていて、どう読むかが解説されています。各診療科を網羅しており、かなり実際的な本だと思いました。実際に課題として取り上げられた論文を読んで自分なりにまとめて、この本の解説と比較すれば著者らのレベルに一歩ずつ近づいていけるのではないかと思いました。
  2. 医薬品に関する臨床系論文の読み方 ランダム化比較試験からリアルワールドデータ研究まで 岩上 将夫, 浜田 将太, 康永 秀生 2022/9/1 新興医学出版社
  3. 医学論文の読み方2.0　論文を批判的に吟味し臨床適用するためのLetterの書き方 片岡 裕貴 , 稲垣 雄士 , 辻本 康 (編著) / 中外医学社 2022年1月　https://www.m2plus.com/content/10473　論文に対するコメントを“Letter”として投稿することで，ただ論文を読んで終わる「読み方1.0」から，読んだ論文を解釈し文章にすることで理解する「読み方2.0」へ進化させることができます．その具体的な方法について，成功例や失敗例など実際の事例を紹介しながら詳しく解説します．
  4. 必ず読めるようになる医学英語論文 究極の検索術×読解術 康永 秀生 2021/4/30 金原出版　論文は斜め読みで済ませていてはいつまでたっても読めるようにならない、精読せよとか、予測して読めなど、論文を読むことに対する態度から説いていて、気持ちが引き締まります。
  5. 僕らはまだ、臨床研究論文の本当の読み方を知らない。〜論文をどう読んでどう考えるか 後藤 匡啓, 長谷川 耕平 2021/4/22  羊土社　タイトルからしてくだけていますが、中身もざっくばらんに本音が語られています。論文のタイトル、要旨、イントロ、結果、メソッド、考察に分けて読み方の解説がありますが、メソッドの解説が半分以上を占めていました。やはり、研究デザインや統計解析のことを知らない限り論文は読めたことにならないので、このような比重になるのかなと思います。
  6. 視野を広げるエビデンスの読み方―医学論文を読んで活用するための10講義―  青島 周一 2020/5/22 中外医学社 医学論文の実践的かつ効率的な読み方，そして論文結果を多面的に考察するために必要な視点（論文紹介サイトより）目の前の患者さんにどう役立てるかという態度で臨床論文を読むというのが、著者の姿勢で、研修会のやりとりがベースになっていて、臨場感あふれる内容です。読んでいると頭が活性化される感覚があります。
  7. ゼロからはじめる 臨床研究論文の読み方―研究デザインと医学統計の必須ポイントがよくわかる 浦島 充佳 2020/2/8   東京図書
  8. 論文を正しく読むのはけっこう難しい: 診療に活かせる解釈のキホンとピットフォール 2018/3/26 植田真一郎医学書院　週刊医学界新聞連載のまとめ
  9. すぐに役立つ! 医学英語論文読み方のコツ 大井 静雄 2010/11/15 メジカルビュー社
  10. 医療専門職のための研究論文の読み方－批判的吟味がわかるポケットガイド　(Ｉ・Ｋ・クロンビー著／津富　宏訳)　2007/9/25
  11. 医学英語論文の読み方 バウワース 2005/12/1 朝倉書店 アマゾンレビュー：”中身は医科学系論文に頻出の科学統計テキスト”

論文の読み方に関する論文

  1. Art of reading a journal article: Methodically and effectively RV Subramanyam　J Oral Maxillofac Pathol. 2013 Jan-Apr; 17(1): 65–70. doi: 10.4103/0973-029X.110733 PMCID: PMC3687192 PMID: 23798833

論文を紹介した書籍

  1. 医師として知らなければ恥ずかしい50の臨床研究 小児編 2018/4/11 メディカルサイエンス
  2. 医師として知らなければ恥ずかしい50の臨床研究 神経編 2017/4/13 メディカルサイエンス　書評（PDF)　 EBMをしっかりと理解し使いこなすための論文解読法、教えます common diseaseを中心に米国の神経学者の査読を経た、回診や症例検討で頻繁に登場する研究を中心に厳選。
  3. 医師として知らなければ恥ずかしい50の臨床研究 内科医編 2016/4/13 メディカルサイエンス
  4. 本当にあった医学論文3 倉原 優 2016/4/7 中外医学社
  5. 医師として知らなければ恥ずかしい50の臨床研究 2015/11/30 谷口俊文 訳　メディカルサイエンスインターナショナル エビデンスの理解を助ける水先案内本。　書評（PDF　「経験に基づく医療」から「科学的根拠に基づく医療」， 臨床医学は20 世紀末から21 世紀にかけて大きなパラ ダイム・シフトを迎えている．1990 年代から始 まる「科学的根拠の時代」に公表された珠玉の50編)
  6. 本当にあった医学論文2  倉原優　2015/4/15 中外医学社
  7. 本当にあった医学論文 倉原 優 ‎ 2014/11/26 中外医学社

ピロシーケンシング（パイロシーケンシング）とは

塩基配列決定法は日進月歩です。自分はdodeoxy法でDNAシーケンシングをやった経験はありますが、次世代シーケンサーは本からの知識しかありません。

ピロシーケンシング(pyrosequencing)とは

Pyrosequencing is a method of DNA sequencing that differs from Sanger sequencing, in that it relies on the detection of pyrophosphate release and the generation of light on nucleotide incorporation, rather than chain termination with dideoxynucleotides. (sciencedirect.com)

Next-Generation Sequencing: Pyrosequencing 2020/04/17 Basic Biochem

腸内細菌叢の解析方法とデータプレゼン方法

最近は腸内細菌叢の違いで、様々な病態が説明できるのではないかと錯覚しそうなくらいに、腸内細菌叢の違いに結び付けた研究が盛んです。

腸内細菌叢の解析

  1. 腸内細菌叢解析のいろは　井上 亮京都府立大学大学院 生命環境科学研究科　Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria
  2. 16SリボソームRNA遺伝子アンプリコンの次世代シーケンシング doi: 10.3791/51709　10分25秒動画　JOVE
  3. 種多様性（ウィキペディア）アルファ多様性、べーた多様性など

定量的PCR（ｑPCR)を用いた細菌叢の解析

  1. 定量的ＰＣＲ法による腸内細菌叢の解析法の確立とマウスを用いたMACs（Microbiota-accessible carbohydrates）の評価　人間生活文化研究 Int J Hum Cult Stud.No. 272017　Bacteroides属，Lactbacillus属，Bifidobacterium属，Eubacterium属，Prevotella属，Atopobium cluster，Clostridium coccoidesグループ及びClostridium leptumサブグループのそれぞれのプライマーを添加したSYBER Green溶液（10.5㎕）を加えて増幅させた．
  2. rRNAを標的とした定量的RT-PCR法によるヒト腸内細菌叢の解析法の開発　松田一乗　ヤクルト研究所研究報告集 第31号 ， 01–14（2013）　分子生物学的手法による腸内細菌叢の解析で標的とされる16S rRNA遺伝子はすべての細菌に共通する遺伝子であるが，本遺伝子内にはほとんどの細菌で塩基配列が一致する保存領域と，細菌の菌属・グループ・菌種によって配列の異なる九つの可変領域が存在する。この可変領域における塩基配列の類似性を利用して菌種・菌属特異的な検出を行うことができる。
  3. 定量的RT-PCR法によるヒト常在細菌叢の解析　倉川尚　2015年

アルファ多様性

  1. α多様性の測定と確率文字列の理論　統計数理（2012）第60巻第2号263–278

シャノン・ウィナーの多様度指数など

  1. 生物多様性の評価について
  2. Shannon Index 最もよく使われている指標の 1 つで、サンプル全体に対する種の割合に基づいて計算される。種の数が多く、それぞれの種が均等に存在すると、指標は高くなる。また、対数をとることにより希少な種に重みがつけられている。
  3. Rによる群集組成の解析

腸内細菌叢の解析の受託サービス

  1. DNAチップ研究所　16S rRNA解析（細菌叢解析）　サンプル内にどのような種類の細菌がどれだけいるのかについて、次世代シークエンサーを用いた手法により解析します。 サンプルからDNAを抽出して、リボソーム16Sサブユニット領域をPCRで増幅した後、次世代シークエンサーを用いて高速かつ大量にDNA配列を読み取ります。 16S rRNA配列データベースに対する相同性解析により、菌種の帰属を行います。
  2. タカラ　クロンテック　セラルティス　16S rRNA PCRサンプルの解析（細菌叢解析）16S rRNA領域を増幅したPCR産物等を対象に、次世代シーケンサーを用いて大量に配列解析を行います。得られた配列を用いて16S rRNAデータベースに対する相同性検索および系統分類解析
  3. ユーロフィン　次世代シーケンス　16S メタゲノム解析　メタゲノム解析として、細菌叢内の16S-rRNAの系統的シーケンスを行います。ゲノムDNAをサンプルとしてお預かりし、プライマー合成、 アダプターPCR、ライブラリプーリング、MiSeqシーケンシングまでのフルサポート解析　ご指定の領域をPCRにて増幅します。（弊社オリジナルのプライマーを用います）その後、アダプターを付加し、ライブラリーを調製します。調製したライブラリーをMiSeqを用いて、ペアエンド法でシーケンシングします。取得した配列を用いて、細菌叢のプロファイリングを行います。
  4. コスモ・バイオ  腸内環境改善研究受託サービス　コスモ・バイオでは腸内細菌の16S rRNA遺伝子による「メタゲノム解析」を用いて解析いたします。解析オプションとしてメタゲノム解析データ成型解析によるα多様性、β多様性解析、Unifrac Distance解析をサービスメニューとして用意しております。さらに、コスモ・バイオでは糞便中の腸内環境解析メニューとして、腸管バリア機能の指標といえるムチンとIgA含量の測定を行っています。

腸内細菌叢その他の研究事例

  1. フコキサンチンによるマウス大腸がん予防へ寄与する腸内細菌の解明
  2. メタボ患者の⻭周病は運動で改善する〜運動療法が口腔内環境に及ぼす効果を実証〜2021年4月10日報道関係者各位国立大学法人筑波大学

細菌叢解析のためのプライマー

  1. リアルタイムPCR解析サービスのご案内　当社は、腸内(72種類)、口腔内(16種類)、皮膚・その他(6種類)、水環境(7種類)、窒素循環(11種類)、アーキア(9種類)、微生物腐食(8種類)、その他環境(13種類)、食品分野等(22種類) で使用可能なプライマーを常時取り揃えています。