実験動物やヒトの移植における「同種」の意味についてのまとめ。
マウスの移植で同種移植と言った場合には、同じ系統のマウス間での移植のことを指すようです。
同種移植マウスモデル（syngeneic model）
同種移植と拒絶
術語のまとめ
患者自身の組織（自家移植片［autograft］；例，骨，骨髄，皮膚）
遺伝的に同一の（同系［一卵性双生児］）ドナーの組織（同系移植片［isograft］）
遺伝的に異なるドナーの組織（同種移植片［allograftまたはhomograft］）
他の種由来の組織片（異種移植片［xenograftまたはheterograft］）
（移植の概要 MSDマニュアルプロフェッショナル版）
非乳頭部十二指腸上皮性腫瘍 non-ampullary duodenal epithelial tumor
非乳頭部十二指腸上皮性腫瘍 の「型」
zeitgeber とは、ドイツ語で英語でいうとtime giverだそうです。time giver timeというとますますわからないですね。zeitgeberのzeitはtimeというよりも時間周期を与えるキュー（刺激）みたいに捉えたほうがしっくりきます。
“Zeitgeber” in German is “Time giver” in English and refers to the “agent of entrainment”. https://ruo.mbl.co.jp/bio/e/product/circadian/exuse/per1-2.html
下の説明が非常にわかりやすく、徹底的です。
A zeitgeber is any environmental cue that can be used by an organism to align its endogenous rhythm with the external day-night cycle. So far we have focused mainly on light as it is the most common zeitgeber, but there are other zeitgebers as well.
the experimental manipulations that chronobiologists impose lead to two new ways of talking about time. When an organism is free-running, we speak of circadian time (CT). When an organism is entrained to an artificially-imposed, environmental daily cycle, we speak of zeitgeber time (ZT).
https://ccb.ucsd.edu/the-bioclock-studio/education-resources/basics/part2.html
位相というのは高校物理の波の勉強で出てきましたが、周期的に変化するものが（0度=<x<360度）の中のどの位置にいるかというものだったと思います。y = sin x xは角度 とすれば、x=0のときは位相が0度で、周期のちょうど真ん中にいれば位相は180度と言った具合です。
時間生物学でも24時間周期で変動する遺伝子の発現量が波のように変化するので位相という概念が出てきますが、位相の表し方としては、遺伝子発現がピークのときの”時刻”（一周期を0~24時間とした場合）で表すようです。位相という概念は同一ですが、表現の仕方が独特です。
突然変異体などでは1周期が24時間からかけ離れたものも出現するので、0~24時間に当てはめて（ノーマライズして）位相を表示するというのもやや不自然に自分は思います。
上の論文では位相の単位として24時間でなくラジアン（360度は2πラジアン）で表示していて、こっちのほうがリーズナブルかなと個人的には思いました。
COPDとは肺や気管支に炎症が起こり、長期にわたり気道が細くなる病気です。従来、慢性気管支炎、肺気腫（はいきしゅ）などと呼ばれてきました。（呼吸器内科 / COPD(肺気腫) 神鋼記念病院）
「肺気腫」とは？ 酸素と炭酸ガスの交換を行っている「肺胞」の組織が壊れ、肺にたまった空気を押し出せなくなる病気です。肺胞と呼吸細気管支が拡張して破壊される疾患で、肺胞と肺胞との間の壁が壊れると、いくつもの肺胞が弾力性を失ったひとつの袋のようになります。こうした肺胞の集まり（気腫性嚢胞）がたくさんできた状態を肺気腫といいます。肺気腫になると肺胞が破壊され、その数が減り、肺がスカスカの状態になります。（医誠会病院 http://www.is-kokyuki.com/byoki/emphysema.html）
肺気腫は慢性閉塞性肺疾患の表現型の一種で、肺気腫が主体の慢性閉塞性肺疾患を気
腫型と呼ぶ。慢性閉塞性肺疾患としての肺気腫は、喫煙が主要原因 https://www.saitama-med.ac.jp/lecture/materials/96-H2507-2.pdf
気胸とは？肺から漏れた空気が胸腔(胸膜腔)に貯留すること
気腫性嚢胞とは、肺胞の炎症などで、肺胞壁が破壊されて、肺胞同士がくっついて膨張したもの。そのうち、ブラは、肺組織内で形成されたもので、ブレブは臓側胸膜の間または直下にできたもの （気胸 花子のまとめノート）
単に“肺炎”というと、一般的には感染症としての肺炎を指す。細菌性肺炎では、 細菌感染によって肺内に白血球の集積や肺の細血管からの滲出が起こるためにガス交換が障害されるが、適切な抗菌薬の使用によって、多くは1～2 週間で治癒する。https://www.saitama-med.ac.jp/lecture/materials/96-H2507-2.pdf
肺に慢性進行性の障害をきたす疾患は多数あり、その障害が不可逆的（元に戻らない）であると、徐々に健常肺が失われていくこととなる。慢性に進行する代表的な肺疾患が慢性閉塞性肺疾患と間質性肺炎で、両者は肺容積について対照的な変化を示す。慢性閉塞性肺疾患は、気流閉塞によって充分に息を吐くことが難しくなっていくため、肺が次第に膨張していく。間質性肺炎は多数の疾患の総称であるが、肺線維化という病態をきたすと肺胞がつぶれる（虚脱する）ため、肺が次第に縮小していく。https://www.saitama-med.ac.jp/lecture/materials/96-H2507-2.pdf
パーキンソン病は、体のどの部分から始まるのか？に関して、脳から始まる病型と体（特に腸）から始まる病型の２つに分かれるという仮説があるそうです。
- 腸管に端を発した病理が迷走神経を介して脳に到達するという「PDの腸管起源説」が注目を集めている。
- 上部消化管の粘膜損傷の既往は臨床的PD診断リスクの上昇と関連していることをJAMA Netw Open（2024; 7: e2431949）
- 粘膜損傷と臨床的PDリスクとの有意な関連：調整後HR 1.76、95%CI 1.11～2.51、P＝0.01
パーキンソン病の腸管起源説に新知見 上部消化管の粘膜損傷が発端か 2024年9月18日 16:26 MedicalTribune
Parkinson’s disease is characterized by the presence of abnormal, intraneuronal α-synuclein aggregates, which may propagate from cell-to-cell in a prion-like manner. However, it remains uncertain where the initial α-synuclein aggregates originate. We have hypothesized that Parkinson’s disease comprises two subtypes. A brain-first (top-down) type, where α-synuclein pathology initially arises in the brain with secondary spreading to the peripheral autonomic nervous system; and a body-first (bottom-up) type, where the pathology originates in the enteric or peripheral autonomic nervous system and then spreads to the brain. https://academic.oup.com/brain/article/143/10/3077/5896254
The hypothesis of body-first vs. brain-first subtype of PD has been proposed with REM-Sleep behavior disorder (RBD) defining the former. The body-first PD presumes an involvement of the brainstem in the pathogenic process with higher burden of autonomic dysfunction. https://content.iospress.com/articles/journal-of-parkinsons-disease/jpd223511
Brain-first and body-first Parkinson’s disease: are there subgroups of prodromal patients? VJNeurology チャンネル登録者数 4480人
How valid is the brain-first vs body-first model of Parkinson’s disease? VJNeurology チャンネル登録者数 4480人 Alberto Espay, MD, FAAN, University of Cincinnati, Cincinnati, OH
Brain-first and body-first仮説に関するレビュー論文
Brain-first and body-first仮説に関する原著論文
黒質は運動を司る領域で、黒質のドーパミン作動性ニューロンが変性すると運動障害が生じます。青斑核はREM睡眠に関連していて、青斑核が変性するとREM睡眠の異常が見られます。迷走神経背側核からは、副交感神経が伸びて内蔵を支配しています。
Braak’s Hypothesis: This theory suggests that Parkinson’s disease may start in the peripheral nervous system or the gut and then progress to the brain. According to this hypothesis, abnormal alpha-synuclein protein aggregates may initiate the disease process in the enteric nervous system and later spread to the brain through the vagus nerve. https://chat.openai.com/
It has been hypothesized that α-synuclein inclusions initially form in nerve terminals of the enteric nervous system, and then subsequently spread via autonomic connections to the dorsal motor nucleus of the vagus and intermediolateral cell columns of the sympathetic system (Braak et al., 2003a, b; Borghammer, 2018).
(引用元：Brain-first versus body-first Parkinson’s disease: a multimodal imaging case-control study Brain, Volume 143, Issue 10, October 2020, Pages 3077–3088, https://doi.org/10.1093/brain/awaa238）PDF
the idea that PD pathology may in fact originate in synapses of the peripheral nervous system (PNS) and invade the brain from the olfactory epithelium and via retrograde axonal transport through the vagus, termed the dual-hit hypothesis [4]. https://content.iospress.com/articles/journal-of-parkinsons-disease/jpd191721
The progressive, neurodegenerative process underlying idiopathic Parkinson’s disease is associated with the formation of proteinaceous inclusion bodies that involve a few susceptible neuronal types of the human nervous system. In the lower brain stem, the process begins in the dorsal motor nucleus of the vagus nerve and advances from there essentially upwards through susceptible regions of the medulla oblongata, pontine tegmentum, midbrain, and basal forebrain until it reaches the cerebral cortex. With time, multiple components of the autonomic, limbic, and motor systems become severely impaired. All of the vulnerable subcortical grays and cortical areas are closely interconnected. Incidental cases of idiopathic Parkinson’s disease may show involvement of both the enteric nervous system and the dorsal motor nucleus of the vagus nerve. This observation, combined with the working hypothesis that the stereotypic topographic expansion pattern of the lesions may resemble that of a falling row of dominos, prompts the question whether the disorder might originate outside of the central nervous system, caused by a yet unidentified pathogen that is capable of passing the mucosal barrier of the gastrointestinal tract and, via postganglionic enteric neurons, entering the central nervous system along unmyelinated praeganglionic fibers generated from the visceromotor projection cells of the vagus nerve.
J Neural Transm (Vienna) . 2003 May;110(5):517-36. doi: 10.1007/s00702-002-0808-2. Idiopathic Parkinson’s disease: possible routes by which vulnerable neuronal types may be subject to neuroinvasion by an unknown pathogen H Braak 1, U Rüb, W P Gai, K Del Tredici Affiliations expand PMID: 12721813 DOI: 10.1007/s00702-002-0808-2
Lewy bodies (LBs) are complex, intracellular inclusions that are common pathological features of many neurodegenerative diseases. They consist largely of aggregated forms of the protein alpha-Synuclein (α-Syn), which misfolds to give rise to beta-sheet rich amyloid fibrils. The aggregation of monomers into fibrils occurs readily in vitro and pre-formed fibrils (PFFs) generated from recombinant α-Syn monomers are the basis of many models of LB diseases. https://actaneurocomms.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40478-021-01288-2
Metaiodobenzylguanidine (MIBG) was first developed in USA, in Michigan University Medical Centre, in early 1970, for imaging the adrenal medulla and its disease.1 MIBG, a guanithidine analog, is taken up by an active mechanism into the neuroendocrine cells due to its similarities with nor-epinephrine. It came into clinical practice in 1981 for localization of pheochromocytoma (pheo).2 In course of time, MIBG demonstrated its ability to concentrate in tumors of the neural crest origin such as neuroblastoma (NBL),3 carcinoids and medullary carcinoma of the thyroid.4, 5 Due to good selective uptake and retention of MIBG by these tumors, its potential was explored for therapy of neuroendocrine tumors (NETs) as well. MIBG is labeled with 123-Iodine (123I) which is exclusively used for imaging and also with 131-Iodine (131I); which can be used both for imaging and therapy of NBL or other MIBG avid neural crest tumors. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6475939/
パーキンソン病の原因遺伝子としてパーキンが見つかっています。パーキンはE3ユビキチンリガーゼの一種です。
以下はconsensus.appによる回答：
パーキンソン病におけるパーキンの役割
パーキンソン病（PD）は、神経変性疾患であり、特にドーパミン作動性ニューロンの喪失が特徴です。パーキン（Parkin）は、E3ユビキチンリガーゼとして知られ、ミトコンドリアの品質管理やタンパク質の分解に関与しています。パーキンの機能不全がPDの発症にどのように影響するかについて、多くの研究が行われています。
パーキンの活性は、パーキンソン病の発症と進行において重要な役割を果たします。パーキンのE3リガーゼ活性の喪失は、遺伝性および散発性のPDの病因に寄与し、ドーパミン作動性ニューロンの生存に不可欠です。また、パーキンの過剰発現やその多機能性は、神経保護作用を持ち、PDの治療における潜在的なターゲットとなり得ます。
科研費の申請書に研究計画を書くわけですが、分野が違う審査委員が初めてその研究テーマに関する話を読んで、スッと理解できるかというとそれは難しいはずです。どうすればスムーズに理解してもらえるのか？一番良いのは、その研究計画で検証しようとしている作業仮説の図（いわゆるポンチ絵）を示すことです。
自分のは探索型研究なので仮説がない？いやいや、むやみに探索しても結果がでるはずがありません。探索型と言いつつ、必ず何かしらの仮説が頭にあって、探索研究をやろうとしているはずです。データ駆動型研究でも同様です。ビッグデータの解析をやみくもにできるはずがありません。解析する以上なにかしらの仮説があってのことのはずです。科研費の申請書は仮説駆動型で書きましょう。論文を書くときだって、仮説駆動型で論文をつくったほうがトップジャーナルに掲載されやすくなるのは自明のことです。
作業仮説が描けない人は、多くの場合、そもそも作業仮説が頭の中でまだ固まっていないからです。白い紙を用意して、自由に描いていきましょう。何回も描きなおすのは当然のことです。そうしているうちに、自分がやりたいことや、どのステップにエビデンスがあって、どのステップがまだ未知なのか、どういう可能性があり得るのか、いろいろと頭の中が整理されてきます。この作業をやったかやらないかで、科研費の採否が決まるといっても過言ではありません。頭を使い、知恵を絞り、文献を確かめる作業なのでしんどくて当たり前です。文章を書く前に、作業仮説の図を描きましょう。いったん図が出来上がれば、あとはその図を説明するようにして本文を書いていけばいいので、本文はさくさく書けます。
生化学の勉強をすると、小腸で吸収された栄養分（糖類、アミノ酸など）は小腸に張り巡らされた毛細血管の中に入って門脈に送られるという説明を受けます。門脈というのは、肝臓に入っていく静脈です。
右上腹部にあり，右側が大きくなっています。 https://pt-dodo.com/article/liver-essentials.html
門脈系は毛細血管を二回通過する特殊な形態をもっています。具体的に説明すると、心臓から出た動脈は各消化管の毛細血管を通過して静脈になります。この静脈は消化管で吸収された栄養を多く含んでおり、肝臓内の毛細血管で吸収されたのち、静脈になり心臓に灌流されます。https://goukaku-ptot.com/veins-flowing-into-the-portal-vein/
門脈は一本の太い静脈の血管でそれが肝臓の中にはいって枝分かれして細かくなっていき毛細血管となります。そして肝臓の毛細血管が再度集まってしだいに太い幹になりやがて一本の太い血管（下大静脈）になります。下のリンクの肝臓の血液供給の図をみるとわかりやすい。
門脈は、胃・小腸・大腸・脾臓からの栄養をそれぞれ、左胃静脈、上腸間膜静脈、下腸間膜静脈、脾静脈を通じて門脈に集めて肝臓に送り込んでいる （花子のまとめノート https://www.hanakonote.com/kaibouseiri/kanzou.html）
【基礎から勉強・解剖生理学】下大静脈（門脈・奇静脈）【理学療法士・作業療法士】【西島ゼミ】PTOT国試対策チャンネルチャンネル登録者数
肝臓は解剖学的には、前面から見ると肝鎌状靭帯により右葉と左葉の２つに分かれている。しかし実際臨床では実用性から、胆嚢底と肝背面の下大静脈を無結ぶ線（カントリー線）を堺に右葉と左葉に分けて考えられている。（花子のまとめノート https://www.hanakonote.com/kaibouseiri/kanzou.html）
肝はまず，右葉と左葉の２区域に区分される．両者は下大静脈と胆嚢窩を結ぶ仮想の線（cantlie線）によって分けられる．https://www.chiringi.or.jp/k_library/kaishi/kaishi2012_2/index.html
肉眼的には大きく左葉と右葉に分かれます。胆嚢窩と下大静脈を結ぶ線によりその左側を左葉、右側を右葉とします（下図：肝臓の部位）。それぞれは門脈の走向に従って前・後側、内・外側の4つの区域と尾状葉に分けられます（ヒーリーとシュロイの分類）。あるいは、S1-8の8つに分けることもあります（クイノーCouinaudの分類）。肝癌取扱い規約第5版補訂版では両者の分類が組み合わせて使われ、S1-8は亜区域と呼ばれます（下図：Couinaud区域分類）。肝に入る血管（門脈と肝動脈）、肝から胆汁を分泌する胆管の3つは結合織によって束ねられており、それをグリソン鞘と呼びます。https://www.palana.or.jp/ipath/manual/1-digestive/5_liver