マクマリー生化学反応機構ではPyMOLを勧めていたので、試してみます。
- Protein Data Bank （PDB) https://www.rcsb.org/ に行く。
- 興味のある酵素を検索して、どれにするか決め、PDBフォーマットを指定してダウンロード。
- https://pymol.org/2/ でPyMOLをダウロード ウインドウズPCの場合は、.exeファイルをダウンロード後に実行する。
- PyMOLでさきほどダウンロードしたタンパク質のファイルを開く。すると、美しいリボン表示のタンパク質が現れました。
- 上部のメニューでDisplay、Sequenceにチェックをいれると、アミノ酸配列が表示されました。アミノ酸をクリックすると、そのアミノ酸に対応する部位がタンパク質の立体表示の中に示されます。
- アミノ酸配列の最後に基質も表示されています。フマラーゼ(4APB)の場合は ….LDVLAMAKAEQ FUM CA 0000000000000000000 といった具合。これは目立たないので、気付きにくいですね。
- 3EXFというファイルの酵素の場合は、…IFAIKKTLNI K O のように表示がありました。KとOは何か酵素のアミノ酸ではないものみたいです。それと、最後ではなく途中ですが、 … WIKFKSVS MG TPP OLQVTV… のような表示もありました。MGは何でしょう。TPPはチアミンピロリン酸（TPP)だろうと思います。
- あれこれいじっていたら、リボン表示でなく、つぶつぶ（空間充填？）にもできましたが、戻し方とかがわからなくなりました。あてずっぽでマスターするには、やれることが多過ぎます。本の例の通りにフマラーゼで試したほうがよいみたいです。
