NanoString社のnCounterという測定法技術を初めて耳にしたので、内容をまとめておきます。最初の報告の論文は2008年ネイチャーバイオテクノロジー誌でした。

Direct multiplexed measurement of gene expression with color-coded probe pairs. 17 February 2008;Nature Biotechnology volume 26, pages317–325.

これは検出したい遺伝子のｍRNAの配列に相補的なDNAを蛍光標識しておき検出するものです。その際、蛍光プローブは一種類ではなく7種類並べたものを使うので、原理上、蛍光色の数の7乗種類の標的配列を認識できることになります。3^7=2187、4^7=16384、5^7=78125ですから、かなりの数の遺伝子の発現を同時に検出できるということになります。しかしマイクロアレイが数十万～数百万までできるようですから、それにはかないません。感度はナノストリングのｎカウンターの方がいいみたいです。論文を見るとｎCounterを使った研究では数十個の遺伝子発現を調べたものが多いようです。

1. マイクロアレイとは？DNAマイクロアレイについて　Agilent Technologies　October, 2008

ナノストリング　ウェブリソース

1. https://www.bioxpedia.com/nanostring-ncounter-technology/

左室駆出率の保たれた心不全（Heart failure with preserved ejection fraction; HFpEF）という言葉をしばしば目にするのですが、それが何なのかは文字通りとしても、なぜそれが大事なのか、なぜみなそれに興味を持っているのかが今一つピンと来ていませんでした。

心臓には、血液を循環させるための二つの機能があります。全身へ血液を送り出すための「収縮機能」と、全身から戻ってきた血液を取り込むための「拡張機能」です。以前は、左心室の収縮力が低下し（左室駆出率が50％未満）、左心室が拡大した「収縮機能不全」が心不全の主な原因と考えられていました。しかし、最近の研究から、高齢者の心不全の半数は、収縮力が保たれているにもかかわらず、左心室が硬くて広がりにくいために、心不全症状を呈する「拡張機能不全」というタイプの心不全であることが分かってきました。…　拡張能を正確に評価することが難しいため、「収縮機能が保たれた心不全」(heart failure with preserved ejection function: HFpEF)と呼ばれています。（高齢者の心不全　日本心臓財団）

拡張不全と言えばよいのですが，日常診療では拡張機能を正確に評価することは，必ずしも簡単ではありません．そのため，便宜上このような病態を「収縮機能の保たれた心不全」“Heart Failure with Pre-served Ejection Fraction”，略名 “HFpEF”と呼んでいます．

なるほど、「左室駆出率の保たれた」の言わんとするところは、収縮とは逆の機能すなわち拡張が出来ない、つまり、血液を取り込むほうがうまくいかないということだったんですね。（左室駆出率の保持された心不全の病態　吉川 勉（榊原記念病院）　心臓財団虚血性心疾患セミナー（2015年9月29日放送分））

“If an old man’s heart relaxes slowly, his capacity for physical exertion is thus limited, even though the systolic contractions were still like those of youth.”（老人の心臓がゆっくりと拡張するなら，たとえ収縮能が若い人と同じであっても運動能力は制限されるであろう．）1923 年の Physiological Review に載っている Henderson の言葉である．90 年以上前に高齢化社会における拡張不全の出現を予言していたのである．（拡張不全とはどのような心不全のことをいうのでしょうか?　拡張不全の疫学）

参考

1. 駆出率（EF)の保たれた心不全（総説) NEJM, Nov.10,2016 西伊豆早朝カンファランスH28.12西伊豆健育会病院仲田和正
2. 心不全の種類

心不全とは

心不全は病名ではなく、心筋梗塞や心臓弁膜症、心筋炎などの心臓のさまざまな病気や高血圧などが原因となり、引き起こされる状態のこと。（心不全 Doctors File)

「不全」の国語の辞書的な意味は、「活動や機能が完全でないこと」です（goo辞書）。医学用語として使われているときも、病気の名前ではなく、状態のことのようです。腎不全なら、腎臓の機能が低下した状態です（参照：腎不全　Doctors File）。

心不全を引き起こす病気の一つに心筋梗塞があります。「梗塞」という言葉も、心筋梗塞や脳梗塞で使われていますが、そもそもの意味は、「①ふさがって通じないこと。②動脈がふさがれて、その先の組織に壊死 (えし) を生じた状態。」(goo辞書)。なるほど、心臓を取り巻く血管が詰まって、血液が心臓の筋肉にいきわたらなくなり心臓の筋肉が死んでしまった状態が「心筋梗塞」なわけですね。goo辞書の説明がわかりやすかったです。

心不全の原因には心筋症や弁膜症など、さまざまな病気がありますが、とくに多いのが心筋梗塞なのです。心筋梗塞のために壊死した心筋部分が大きいと、心筋が充分にポンプの役割を果たせずに、身体の要求に見合うだけの十分な血液を送り出せないため心不全状態となるわけです。（心筋梗塞、虚血性心不全とは　日本心臓財団）

この説明で「心不全」と「心筋梗塞」との違いがはっきりとわかりました。心筋梗塞は心不全の原因の一つというわけです。

がんは早期に発見すれば治療が容易で完治することが多いため、がん撲滅のためには早期診断が可能なバイオマーカーの開発が期待されています。また、がんの薬剤への応答性は個人によって大きく異なるため、テイラーメード医療の必要性も広く認識されています。このような事情から、がんの早期診断、確定診断、病勢、予後予測、テイラーメード医療に役立つバイオマーカーの開発に、世界中の研究者がしのぎを削っています。こうした新規バイオマーカー（候補）に関する論文は膨大な数に上り、把握するのがなかなか大変です。

臨床の現場で実用的かどうかは、患者に負担をかけない侵襲性の低い（尿、唾液、血液など）検体が使えるかどうか、コストがかからないか、迅速か、誰がやっても同じ結果が容易に得られるかなどが重要になってきます。

がんのバイオマーカーであるということは、発がんやがんの成長、転移などのメカニズムに直接関与する可能性があるので、新規がんバイオマーカーを見つけるということは、とりもなおさずがんのメカニズムに迫る可能性が強まることにもなり、その意義は大きなものがあります。

がんマーカー

AFP (Liver Cancer), BCR-ABL (Chronic Myeloid Leukemia), BRCA1 / BRCA2 (Breast/Ovarian Cancer), BRAF V600E (Melanoma/Colorectal Cancer), CA-125 (Ovarian Cancer), CA19.9 (Pancreatic Cancer), CEA (Colorectal Cancer), EGFR (Non-small-cell lung carcinoma), HER-2 (Breast Cancer), KIT (Gastrointestinal stromal tumor), PSA (Prostate Specific Antigen) (Prostate Cancer), S100 (Melanoma)　（Cancer biomarker　Wikipedia）

1. Goossens et al., Cancer biomarker discovery and validation. Transl Cancer Res. 2015 Jun; 4(3): 256–269. there has been a large gap between multiple initial reports of biomarkers, often with diagnostic performance that cannot be reproduced in later studies
2. Henry and Hayes. Cancer biomarkers Molecular Oncology 06 February 2012
3. Cancer Biomarker Discovery SinoBiological
4. Strategies for discovering novel cancer biomarkers through utilization of emerging technologies. Clinical Practice http://sites.utoronto.ca/acdclab/pubs/PM/18695711.pdf  The introduction of technologies such as mass spectrometry and protein and DNA arrays, combined with our understanding of the human genome, has enabled simultaneous examination of thousands of proteins and genes in single experiments, which has led to renewed interest in discovering novel biomarkers for cancer.中略 Cancer biomarkers can be DNA, mRNA, proteins, metabolites, or processes such as apoptosis, angiogenesis or proliferation.

がんマーカーとしての変異遺伝子

発がんは多くの場合、遺伝子の変異の蓄積を伴います。

K-Ras変異とがん

epidermal growth factor receptorの変異とがん

c-Kitの変異とがん

Braf の変異とがん

1. Andre et al.,  Biomarker Discovery, Development, and Implementation in France: A Report from the French National Cancer Institute and Cooperative Groups. March 2012 Clinical Cancer Research March 2012 Volume 18, Issue 6

がんマーカーとしての細胞外小胞の利用

Kosaka et al., Exploiting the message from cancer: the diagnostic value of extracellular vesicles for clinical applications.　Experimental & Molecular Medicine 15 March 2019; volume 51, pages1–9. https://www.nature.com/articles/s12276-019-0219-1 細胞外小胞の種類を説明した図がわかりやすい

乳がん

1. Comment on ‘BAG-1 as a biomarker in early breast cancer prognosis: a systematic review with meta-analyses’ 15 March 2018 British Journal of Cancer volume 118, pages　1152–1153
2. Circulating Microparticles in Breast Cancer Patients: A Comparative Analysis with Established Biomarkers. ANTICANCER RESEARCH 28: 1107-1112 (2008)

TNBC

1. Sukumar et al.,  Triple-negative breast cancer: promising prognostic biomarkers currently in development. Expert Review of Anticancer Therapy 24 Feb 2021
2. Biomarkers in Triple-Negative Breast Cancer: State-of-the-Art and Future Perspectives. Int J Mol Sci. 2020 Jul; 21(13): 4579. MDPIジャーナルに掲載されたレビュー論文　Lehmann et al. proposed a division of TNBCs into seven molecular subtypes: immunomodulatory (IM), mesenchymal (M), mesenchymal stem-like (MSL), luminal androgen receptor (LAR), unstable (UNS) subtype, and two basal-like subtypes (BL1 and BL2) [3]. Then, a subclassification refinement was performed, to define only four groups BL1 (immune-activated), BL2 (immune-suppressed), M (including most of the MSL), and LAR [4]. These classifications can, in theory, be used as prognostic and predictive tool for better patient selection and personalized treatments. 中略 However, sound clinical applications of this molecular classification are yet to appear [8].　個別化医療のためのTNBC
   のタイプ分けの努力とその限界
3. Bao et al.　Exploring specific prognostic biomarkers in triple-negative breast cancer.  Fan Cell Death & Disease 24 October 2019; volume 10, Article number: 807
4. Potential clinically useful prognostic biomarkers in triple-negative breast cancer: preliminary results of a retrospective analysis. Breast Cancer (Dove Med Press). 2018 Nov 23; 10: 177–194.
5. Lafont et al., CD73: a new biomarker in triple-negative breast cancer. Translational Cancer Research Vol 7, Supplement 5 (June 2018)

大腸がんのマーカー蛋白質

Zheng et al., A circulating extracellular vesicles-based novel screening tool for colorectal cancer revealed by shotgun and data-independent acquisition mass spectrometry.　Journal of Extracellular Vesicles 14 April 2020; Volume 9, Issue 1

Zhong et al. Serum extracellular vesicles contain SPARC and LRG1 as biomarkers of colon cancer and differ by tumour primary location. EBioMedicine 2019 Nov 18; 50:211-223.

Lee et al. Discovery of a diagnostic biomarker for colon cancer through proteomic profiling of small extracellular vesicles. BMC Cancer. 2018 Nov 1; 18: 1058.

Quantitative mass spectrometry analysis reveals a panel of nine proteins as diagnostic markers for colon adenocarcinomas. Oncotarget. 2018 Mar 2; 9(17): 13530–13544.

Shiromizu et al., Quantitation of putative colorectal cancer biomarker candidates in serum extracellular vesicles by targeted proteomics.　Scientific Reports 06 October 2017 ; volume 7, Article number: 12782.　 annexins A3, A4, and A11

1. 英語表記の日本語訳における注意点 colorectal cancer「結腸直腸癌」ではなく、「大腸癌」と訳すべきである。日本の大腸癌診療において「結腸直腸癌」という語は一般的に用いられていない
2. 大腸がん(結腸がん・直腸がん)　ColoRectal Cancer：CRC まつおか内視鏡内科　富山県富山市　大腸がんの発生には大腸腺腫(ポリープ)が徐々に大きくなりがん化するものと、正常粘膜から突然がん化するものの2種類あります。多くは前者

大腸がん予後予測バイオマーカー

バイマーカーという言葉は非常に広い意味で使われており、単なる遺伝子発現だけでなく、画像診断であったりもします。

1. AIによる大腸がん転帰の予測マーカーを開発／Lancet　ケアネット2020/02/17　ノルウェー・オスロ大学病院のOle-Johan Skrede氏らは、ディープラーニング（深層学習）を用いて、従来の病理組織画像から大腸がんの転帰を予測するバイオマーカー（DoMore-v1-CRC）を開発し、その臨床的有用性を確認した。
2. The Lymphocyte-to-Monocyte Ratio is a Superior Predictor of Overall Survival in Comparison to Established Biomarkers of Resectable Colorectal Cancer. Ann Surg. 2017 Mar; 265(3): 539–546.

AUCという言葉は医療系あるいは機械学習の世界では頻出で、何の説明もなくAUCはいくらいくらでしたといった使われ方をします。初めてこの世界に来た人にしてみれば、「？」です。AUCとは何かを調べるとROCが出てきて、それ何？と思って調べると、TPFやFPFが出てきて、最初から理解するしかありません。

AUC：ROC曲線のグラフの下の部分の面積(‘Area Under the Curve）の略語

ROC：ROC曲線とは、Receiver Operating Characteristic curveのこと。検査や診断において、陽性か陰性かを判別するカットオフ（選別点）を動かした場合の、偽陽性率（=FPF）を横軸に、真陽性率（=TPF）を縦軸にとって、線で結んだグラフ。

偽陽性率＝1-特異度

陽性率＝感度

特異度

まだ何のこっちゃ？ですが、ROCを理解するための重要の前提は、「検査や診断は白か黒かにハッキリ分けられることは普通はない」という事実です。つまりあるマーカーの値で病気か病気でないかを判断しましょうと言ったときに、「病気か病気でないかを判別するカットオフ値をどう設定するか」という恣意的な操作が入っているのです。とある「簡易うつ病診断テスト」で質問項目20個に答えてもらった場合に、各項目1点として、15点を超えた人をうつ病と判断するのか、12点を超えた場合にうつ病とみなすのか、というわけです。12点だった人の場合でも実はうつ病の人と、実はうつ病ではない人が混じっているわけです。この場合、うつ病かどうかの診断が別の方法で確定できるという前提で話しています。つまりもともとうつっぽい性格なんだけど全然うつ病ではない人がいたときに、その人は、「擬陽性」（うつでないのにうつと判断されてしまう）になるというわけです。

別の例で説明すると、がん患者の集団とがんでない人の集団があったとして、あるがんマーカーの値を調べたとします。仮にがんマーカーの値が０から100までの値をとれるとします。がん患者の集団はおおよそ80くらいの値に集中していて、がんではない人のマーカーの値は20くらいに集中していたとします。がんマーカーの値が50の場合に、がんの人もいればがんでない人もいて入り混じった状態です。このような状況だと、このがんマーカーでがんかどうかを判別することは、「ある程度」の正確さでしかできず、カットオフの値をどう設定するかで、がん（の疑い）かどうかの判断が変わってくるということになります。そこで、カットオフの値を動かしたときに、偽陽性率（=FPF）を横軸に、真陽性率（=TPF）（感度とも呼ばれる）を縦軸にとってグラフが書けるということになります。このグラフがROC曲線と呼ばれ、その下側の面積がAUCと呼ばれます。

pythonで試してみます。健常者4000人のがんマーカー値の平均が40、標準偏差12、また、がん患者1000人のがんマーカー値の平均値が70、標準偏差12だったとします（pythonで、そうなるように乱数を発生させた）。すると、マーカー値の分布をプロットして、ROC曲線を描いてみると、

となりました。AUCは96%みたいです。今度は試しに、健常者4000人のがんマーカー値の平均が45、標準偏差12、また、がん患者1000人のがんマーカー値の平均値が45、標準偏差12だったとします。すると、描画したら

となり、AUCは50%でした。これはつまり、このがんマーカーは健常者とがん患者とを全く区別できていないという、極端な条件です。

こんどは、健常者40人、がんマーカー値の平均値40、標準偏差20、がん患者の人数を5人、平均値を60、標準編偏差20としてみます。すると、

で、AUCを計算する70.5%になりました。

今度は、健常者400人、平均40、標準偏差20、がん患者50人、平均60、標準偏差10にしてみます。

これのAUDは80.7%。上のヒストグラムから明らかなように、今の場合がん患者の分布はほとんど健常者の分布の内部にあります。するとROC曲線をみてわかるように、偽陰性率を上げないと感度も上がらないわけですね。いいマーカーは直線関係よりもできるだけ上に膨らんで欲しいのですが、今の場合は直線的に上昇しているだけで、あまり良いマーカーでないことがわかります。

最後に、健常者45人、がんマーカー平均値40、標準偏差10、がん患者5人、がんマーカー平均値70、標準偏差10でランダムに分布を得ました。

今の場合、偶然ですが、健常者とがん患者の重なりはゼロです。すると偽陽性率0のカットオフがあるので、感度は100%になります。AUCは100%。例数が少ない場合に実験データからROC曲線やAUCを求めると、こういうことも起こるようです。

参考図書

1. 森本 剛『医学論文のための 研究デザインと統計解析』（中山書店2017年）146ページ　診断特性　Topic マーカー研究と診断特性pp144-157 この本は臨床研究実践のための教科書としては最強の部類に入ります。

AUCとは

ROC曲線は、診断法がどれぐらい有用なのかを知るときに使われ、曲線下の面積（AUC）によって定量化されます。（医療統計コラム File 2. ROC曲線は、こんなふうに描かれます　ｊｍｐ）

ROC曲線とは

• 与えられた値から，真（TRUE）か偽（FALSE）かを判断したい
• 与えられた値をどこで切っても，TとFは完全には分離できません
• 区切る値（閾値，カットオフポイント）をいろいろ変えて，横軸にfalse positiveの割合，縦軸にtrue positiveの割合をとってプロットしたものが，ROC曲線
• ROCはReceiver Operating Characteristicの略で，第2次大戦のときに米国のレーダーの研究から生まれた概念

（ROC曲線　edu.mie-u.ac.jp）

1. ROC curve analysis　 MedCalc

血中薬物濃度-時間曲線下面積(AUC)とは？

AUCは体循環血液中に入った薬物量に比例します。（薬物血中濃度－時間曲線下面積（AUC）　治験ナビ）

Area Under the Curve One of the most important pharmacokinetic parameters is the area under the drug concentration versus time curve within the dosing interval (AUC) because AUC relates dose to exposure. Because the dosing interval is typically once daily or every 24 h on safety studies, the reported AUC is typically AUC0–24 h. AUC is the quantitative measure of the apparent amount of compound at the site from which samples were collected and concentrations measured, which in most cases is the systemic circulation. When sampling occurs from the systemic circulation, it is often an indication of systemic exposure. The simplest method for calculating AUC is the linear trapezoidal rule (Gibaldi and Perrier 1982). (sciencedirect.com)

参考ウェブサイト

1. 機械学習の評価指標 – ROC曲線とAUC　TECH BLOG by GMO

2019年度 第108回 看護師国家試験 午後問題77

臓器と産生されるホルモンの組合せで正しいのはどれか。

1. 膵　臓 ― グルカゴン
2. 副　腎 ― プロラクチン
3. 腎　臓 ― アルドステロン
4. 脳下垂体 ― インクレチン
5. 視床下部 ― テストステロン

インクレチンとは何でしょうか？

インクレチン

2種のインクレチン（GIPおよびGLP-1）に作用するGIP／GLP-1受容体作動薬tirzepatideは新規糖尿病治療薬として開発が進められている週1回皮下注製剤である。（デュアル・インクレチンの作用を臨床で証明 横浜市立大学大学院分子内分泌・糖尿病内科学教授 寺内康夫 2021年07月06日 15:50　MedicalTribune）

インクレチンとは？　インクレチンの概念の定義

インクレチン(incretin)は、インスリン（insulin）の分泌(secretion)を促すホルモンのことです。個々の物質を指すというよりも、「膵臓のランゲルハンス島β細胞からのインスリン分泌を促す、消化菅から出るホルモン」という概念です。

1. The Origin and Understanding of the Incretin Concept. Front Endocrinol (Lausanne). 2018; 9: 387. Published online 2018 Jul 16. doi: 10.3389/fendo.2018.00387 PMCID: PMC6054964 PMID: 30061863 In gastrointestinal endocrinology, the concept of incretin is today highly topical and generally applied to two distinct gut hormones with technical acronymous names: GIP (originally “gastric inhibitory polypeptide,” later renamed “glucose-dependent insulinotropic polypeptide”) and GLP-1 [“glucagon-like peptide 1,” now in its truncated (7–36) form]. 　‥　it was the Belgian physiologist Jean La Barre who coined the word “incrétine” in 1932.
   1. La Barre J. Sur les possibilités d’un traitement du diabète par l’incrétine. Bull Acad Royal Med Belg. (1932) 12:620–34.

この概念に当てはまる物質として、GIPやGLP-1が同定されました。

The two main candidate molecules that fulfill criteria for an incretin are the intestinal peptides glucagon-like peptide-1 (GLP-1) and gastric inhibitory peptide (GIP, also known as: glucose-dependent insulinotropic polypeptide). (incretin Wikipedia)

インクレチン（incretin）は、「膵臓のランゲルハンス島β細胞を刺激して、血糖値依存的にインスリン分泌を促進する消化管ホルモン」として定義され、具体的にはグルコース依存性インスリン分泌刺激ポリペプチド（glucose-dependent insulinotropic polypeptide：GIP）とグルカゴン様ペプチド-1 （glucagon-like peptide-1：GLP-1）の２つを指す。GIP は上部消化管に存在する腸内分泌細胞 （enteroendocrine cells）の一種である K 細胞が含有し、GLP-1 は下部消化管の腸内分泌細胞である L 細胞が含有する。（用語集　腸内細菌学会）

1. GLP-1ダイエット、製薬4社が注意喚起 2023年06月02日 MedicalTribune 昨日（6月1日）、製薬会社4社がGLP-1受容体作動薬およびGIP／GLP-1受容体作動薬の適応外使用に対し警告する声明を合同で発表した。昨今、2型糖尿病に対してのみ製造販売が承認されているGLP-1受容体作動薬およびGIP／GLP-1受容体作動薬について、美容やダイエット目的での適応外使用を推奨するかのような広告が散見され、問題となっていた。
2. Incretin Hormones and Type 2 Diabetes—Mechanistic Insights and Therapeutic Approaches　Biology (Basel). 2020 Dec; 9(12): 473. Published online 2020 Dec 16. doi: 10.3390/biology9120473 PMCID: PMC7766765 PMID: 33339298

Glucagon like peptide-1 (GLP-1)とグルカゴンとの相同性

名前のとおり結構相同性が高いようです。

• HAEGTFTSDVSSYLEGQAAKEFIAWLVKGR (GLP-1)
• HSQGTFTSDYSKYLDSRRAQDFVQWLMNT (Glucagon)

1. Amino acid sequence alignment of GLP-1 and its family peptides. 　https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3500760/

上部消化管と下部消化管

消化菅（腸）といえば、小腸（十二指腸、空腸、回腸）と大腸（盲腸、虫垂、結腸、直腸）という分け方が自分は馴染みですが、上部消化菅（食道、胃、十二指腸）と下部消化菅（空腸、回腸、大腸）という分け方もあるようです。

1. <連載> 腸のことを理解しよう 大腸と小腸の働きは違う？腸のメカニズムを知ろう 腸のことを理解しよう（２）Reライフ.net 朝日新聞
2. 健康用語の基礎知識　ヤクルト中央研究所　上部消化管とは、口から肛門まで一本につながっている消化管の中で、口から十二指腸までの部分を指します。

消化器の解剖学用語（英語）

上部消化管 　upper gastrointestinal tract
食道 esophagus
胃 stomach
十二指腸 duodenum

下部消化管 lower gastrointestinal tract
回腸 ileum
空腸 jejunum
大腸 large intestine

盲腸　cecum
結腸　colon
直腸　rectum

肛門管 anal canal

小腸small intestine

1. 消化器系の解剖学的MeSH用語
2. 消化器病学用語集　下部消化管 ＞ 治療

Incretin-Related Therapies: Glycemic Control and Beyond 2013/10/23 ClevelandClinicCME

http://www2.tba.t-com.ne.jp/nakada/takashi/bayes/idea.html#mrbayes
https://www.jstage.jst.go.jp/article/kagakutoseibutsu1962/44/3/44_3_185/_pdf/-char/ja
https://www.jst.go.jp/nbdc/bird/jinzai/literacy/streaming/h21_4_3b.pdf
https://www.researchgate.net/publication/319965471_A_biologist’s_guide_to_Bayesian_phylogenetic_analysis　

【ベイズ推定】GMR（Gaussian Mixture Regression）入門 -GMMによるクラスタリングから回帰分析まで-

https://www.sciencemag.org/site/feature/data/1050262.pdf
https://www.pnas.org/content/116/11/5027　
http://cse.naro.affrc.go.jp/minaka/cladist/tamagawa2011-3.pdf　
ttps://www.unisys.co.jp/tec_info/tr115/11503.pdf
https://learning-with-machine.hatenablog.com/entry/2020/03/09/083000　
https://qiita.com/isuya/items/59ab13854326e2451492

https://docs.microsoft.com/ja-jp/archive/msdn-magazine/2013/march/data-clustering-data-clustering-using-naive-bayes-inference
http://www.jfssa.jp/taikai/2013/table/pdf_01/251-300/10277.pdf　
https://ultrabem-branch3.com/informatics/bioinformatics/tree_basic　
https://togotv.dbcls.jp/20191207.html　
https://www.youtube.com/watch?v=thy1fdwQCNQ　

抗菌薬関連下痢症とは

• 抗菌薬投与に伴う下痢症の多くは腸管内常在細菌叢の急激な減少に伴う下痢（浸透圧性，水分吸収障害）と考えられており、これらは抗菌薬の中止によって速やかに改善するので問題となりません
• 発熱を伴う腸炎へと進展し特別な治療を必要とする例があります。特に、C.difficile（以下ﾃﾞｨﾌｨｼﾙ菌）が関与している症例では重篤化し易い

（I.C.T.Monthly)

抗菌薬関連下痢症を発症させやすい抗菌薬

抗菌薬関連下痢症はセファロスポリン系(特に第,世代), クリンダマイシン, 広域ペニシリン系, テトラサイクリン系などの抗菌薬投与によって菌交代症として発症します｡ その代表的な起炎菌にはClostridium difficile (C. difficile), MRSA, Klebsiella oxytocaなどが挙げられます｡(鹿児島市医報 第51巻第2号 (通巻600号)2012(平成24年))

1. 薬剤別にみた抗菌薬関連下痢症の発症リスク 環境感染誌Vol.23no.3,2008 ペニシリン系 ampicillin(ABPC), ampicillin/cloxacillin(ABPC/MCIPC), piperacillin(PIPC), ampicillin/sulbactam(ABPC/SBT)，セフェム系第1世代 cefazolin(CEZ)，セフェム系第2世代 cefmetazole(CMZ), cefotiam(CTM), flomoxef(FMOX)，セフェム系第3世代 cefo-perazone/sulbactam(CPZ/SBT), ceftazidime(CAZ), ceftriaxone(CTRX)，セフェム系第4世代 cefozopran(CZOP), cefpirome(CPR)，モノバクタム系 aztreonam(AZT)，アミノグリコシド系 streptomycin(SM), gen-tamicin(GM), amikacin(AMK), isepamicin(ISP), dibekacin(DKB)，カルバペネム系 panipenem/beta-mipron(PAPM/BP), meropenem(MEPM)，ホスホマイシン系 fosfomycin(FOM)，テトラサイクリン系 minocycline(MINO)，リンコマイシン系 clindamycin(CLDM)，マクロライド系 erythromycin(EM)，ニューキノロン系 ciprofloxacin(CPFX), pazufloxacin(PZFX)，抗MRSA薬arbekacin(ABK), vancomycin(VCM)

クロストリジウム・ディフィシル（ Clostridium difficile ）腸炎

多くの抗菌薬は腸内に存在する細菌の種類と量のバランスを変化させます。こうして、クロストリジウム・ディフィシル Clostridium difficileなどの病気を引き起こす特定の細菌が異常に増殖し、普段から腸内に生息している無害な細菌を閉め出してしまいます。クロストリジウム・ディフィシル Clostridium difficileは、抗菌薬の使用後に発生する腸炎の最も一般的な原因です。(クロストリジウム・ディフィシル（ CLOSTRIDIUM DIFFICILE ）腸炎 MSDマニュアル家庭版)

発熱や感染症で抗菌薬を処方される事がありますが、長期にわたり飲み続けると消化管に住んでいる「賢い菌」の住む環境が悪くなり、代わりに毒素を出す「悪い菌」（クロストリジウムディフィシレ）が増え、腸炎や下痢を起こし、その下痢便から排出された病原菌が病院などで拡がる事が問題になっております。（注目の抗菌薬関連下痢症（クロストリジウムディフィシル）について　Infection control nurseの部屋）

Clostridioides（Clostridium）difficile感染症の診療

1. 非重症の抗菌薬関連下痢症にはメトロニダゾール　2018/11/29　日経メディカル　2018年10月、日本で初めてとなる『Clostridioides（Clostridium）difficile感染症診療ガイドライン』が発行された。
2. Clostridium difficile（（クロストリジウム・ディフィシルクロストリジウム・ディフィシル））関連下痢症関連下痢症・腸炎・腸炎の概要と治療　スライド

DNA 等温増幅 （Isothermal Amplification）

1. 代表的な DNA 等温増幅法　NEB
2. 遺伝子検査(核酸増幅法)のなかま

NEAR法

1. ID NOW™ 新型コロナウイルス2019テストでは、13分以内に結果が得られ、初診時にすぐに診断をすることが容易になります。 簡便に使用できるID NOW™ システムは、様々な医療現場において、患者に近い場所での検査（ポイントオブケアテスト）として使用できるように設計されています。Abbot
2. 等温核酸増幅法（NEAR法）による検査について　阿部内科医院　アボット社のID NOW™️を導入しました。 等温核酸増幅法（NEAR法）による検査で、陽性の場合最短5分、陰性の場合でも13分で結果が分かるようになります。
3. 新型コロナウイルス検査が13分ほどでできるようになりました。　東戸塚メディカルクリニック　厚生労働省保健局の審査で令和２年10月20日から保険適用の承認が得られており、保険診療での利用が可能です。
4. 新型コロナウイルス感染症診断薬の承認について（アボット ダイアグノスティクス メディカル株式会社申請品目）令和２年10 月 20 日医薬・生活衛生局医療機器審査管理課 【申 請 日】：令和２年９月10 日（製造販売承認申請）【承 認 日】：令和２年10 月 20 日　　本品は、等温核酸増幅検査法を測定原理とし、生体試料中の SARS-CoV-2 RNAを検出するキットである。対応する検査装置「ID NOWインスツルメント」を用いて検査を行う。 ‥　本品の分析性能に関して、SARS-CoV-2について、臨床検体を使用した検討はきわめて限定的である。　‥　現時点で本邦においてSARS-CoV-2に対する体外診断用医薬品は限られており、医療機関等での検査能力の迅速な拡充が求められていることを踏まえると、製造販売後に実臨床での臨床性能の検証を求める承認条件を付すこと等を前提に承認は可能と判断した。

SmartAmp法

1. 新型コロナウイルスの迅速核酸検出法の開発 2020年2月27日 神奈川県衛生研究所 理化学研究所 理化学研究所はSmartAmp法、Eprimer法を用いたウイルス検出のためのプロトコルを作成しました。

新規等温核酸増幅法TRIAmp

1. 新規等温核酸増幅法TRIAmp　Tandem Repeat mediated Isothermal Amplification