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The Cancer Genome Atlas (TCGA)データベースを利用した研究

The Cancer Genome Atlas (TCGA)とは

The Cancer Genome Atlas (TCGA) provides researchers with unprecedented amounts of molecular data along with clinical and histopathological information (http:// cancergenome.nih.gov/). This data set has not only led to increases in our understanding of cancer (Ciriello et al., 2013; Hoadley et al., 2014), but its scale has also allowed for previously impossible projects such as a comprehensive cataloguing of the human transcriptome (Han et al., 2014; Iyer et al., 2015).

(OncoLnc: linking TCGA survival data to mRNAs, miRNAs, and lncRNAs Jordan Anaya)

  1. https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga

ツール

  1. Comprehensive Review of Web Servers and Bioinformatics Tools for Cancer Prognosis Analysis　Front. Oncol., 05 February 2020 | https://doi.org/10.3389/fonc.2020.00068

R

  1. Working with TCGAbiolinks package

 

論文

乳がん

  1. CIBERSORT analysis of TCGA and METABRIC identifies subgroups with better outcomes in triple negative breast cancer Kelly E. Craven, Yesim Gökmen-Polar & Sunil S. Badve Scientific Reports volume 11, Article number: 4691 (2021) Published: 25 February 2021
  2. Genomic Characteristics of Triple-Negative Breast Cancer Nominate Molecular Subtypes That Predict Chemotherapy Response Jihyun Kim, Doyeong Yu, Youngmee Kwon, Keun Seok Lee, Sung Hoon Sim, Sun-Young Kong, Eun Sook Lee, In Hae Park and Charny Park DOI: 10.1158/1541-7786.Molecular Cancer Research. MCR-19-0453 Published February 2020
  3. Integrative analysis of breast cancer profiles in TCGA by TNBC subgrouping reveals novel microRNA-specific clusters, including miR-17-92a, distinguishing basal-like 1 and basal-like 2 TNBC subtypes Karel Kalecky, Rebecca Modisette, Samantha Pena, Young-Rae Cho & Joseph Taube BMC Cancer volume 20, Article number: 141 (2020)
  4. Genomic and Transcriptomic Landscape of Triple-Negative Breast Cancers: Subtypes and Treatment Strategies (2019)
  5. Translational Oncology Volume 11, Issue 2, April 2018, Pages 311-329 Translational Oncology A Comprehensive Immunologic Portrait of Triple-Negative Breast Cancer

胃がん

  1. Exploring TCGA database for identification of potential prognostic genes in stomach adenocarcinoma Lin Zhou, Wei Huang, He-Fen Yu, Ya-Juan Feng & Xu Teng Cancer Cell International volume 20, Article number: 264 (2020) Published: 23 June 2020

肝がん

  1. Identification of key genes and pathways by bioinformatics analysis with TCGA RNA sequencing data in hepatocellular carcinoma Authors: Qiandong Zhu Yunpeng Sun Qingqing Zhou Qikuan He Haixin Qian View Affiliations Published online on: September 27, 2018 https://doi.org/10.3892/mco.2018.1728

 

参考

  1. Identification of Key Genes and Pathways in Triple-Negative Breast Cancer by Integrated Bioinformatics Analysis. Volume 2018 |Article ID 2760918 | https://doi.org/10.1155/2018/2760918 これはマイクロアレイデータの解析

内分泌疾患とは

細胞が何か物質を作り細胞外へ放出することを分泌（ぶんぴつ）と呼びます。分泌されたものが体外へ出る場合には、外分泌（がいぶんぴつ）、体内へ放出される場合には内分泌（ないぶんぴつ）と呼びます。体外は、文字通り体の外または、消化管などです。胃や腸の中というのは外界とつながっているという意味では「体外」と考えます。体内というのはもう少し詳しく言うと血流の中へ放出するものです。血流はもちろん体内にあります。

  1. 5分でわかる！内分泌腺と外分泌腺　高校生物基礎　トライイット
  2. 分泌（ウィキペディア）

内分泌というのは具体的にはホルモンが血中に放出されることです。ホルモンを作り血中へ放出する臓器のことを内分泌臓器と呼びます。

  1. 内分泌代謝とは　日本内分泌学会

 

内分泌代謝疾患とは

内分泌臓器でのホルモン分泌の異常（増加又は低下）、 あるいは、そのホルモンが作用する臓器においてホルモン受容体やホルモン情報伝達の障害がありホルモン作用の異常が起こった状態を内分泌代謝疾患と呼びます。

  1. 内分泌代謝とは　日本内分泌学会

歯周病の発生機序、病態

歯周病とは

  1. 歯周病は歯周ポケット（歯と歯肉との間にある隙間）に細菌が定着することから始まる
  2. 歯周ポケットが深くなると嫌気性環境ができあがり、歯周病の原因菌（歯周病細菌）のすみ家が完成
  3. 歯周ポケットに定着した細菌は菌体外物質（バイオフィルム）を作り増殖し、成熟してプラーク（歯垢）という見える形になる
  4. 歯周ポケット内で増殖した細菌は、多量の代謝産物を産生し、口臭の原因となる。
  5. LPSは細菌の外膜に存在する物質で内毒素として働く（外毒素は最近が分泌する物質）。内毒素は微量であれば細菌進入の手がかりとして生体の免疫細胞を活性化するので有用。多量であれば、炎症を引き起こし、障害性に働く。

（https://www.cc.okayama-u.ac.jp/~perio/clinics/Perio_11.pdf）

歯周病はプラーク中の歯周病原細菌により誘導される慢性炎症性疾患で，歯と歯肉の付着の喪失と歯槽骨の吸収を特徴とする。（http://www.perio.jp/member/award/file/science/2010-1.pdf）

 

英語

歯周病：gum disease; periodontal disease; periodontitis

歯肉炎：gingivitis (gum inflammation)

 

 

サイトカインとは

サイトカインはいろいろな細胞から産生され、比較的産生細胞の周囲の細胞に作用します。…歯周組織局所で産生されるサイトカインには、炎症を起こす方向に作用する（炎症性サイトカイン）としてIL-1、IL-6、IL-8、TNF-αがあります。炎症を抑える方向に作用する（抗炎症性サイトカイン）としてIL-4、IL-10があります。サイトカインは歯周病の発症と進行、そして全身疾患に大きい影響を与えています。（https://www.cc.okayama-u.ac.jp/~perio/clinics/Perio_11.pdf）

 

サイトカインを産生する細胞

内毒素の増加に対してマクロファージが、PGE２、IL-1、IL-6、IL-8、TNF-αを産生し、他の生体防御細胞を活性化します。活性化されたTリンパ球やBリンパ球は増殖し、IL-1、IL-6を産生します。そして、Bリンパ球は抗体を産生します。（https://www.cc.okayama-u.ac.jp/~perio/clinics/Perio_11.pdf）

 

上皮細胞と炎症性サイトカイン

上皮細胞は, 一般的に細菌の侵入に対して最前線に位置し, 物理的なバリアーとして機能している｡ 上皮細胞は, 細菌の付着 (侵入) に応答して抗菌ペプチド産生などの自然免疫機能を有する一方で, インターロイキン(IL)-1,IL-8,TNF-αなどの炎症性サイトカインを産生し, 炎症の惹起に積極的な役割を果たしている｡（https://core.ac.uk/download/pdf/144566417.pdf）

 

上皮間葉転換(Epithelial-mesenchymal transition、EMT)

EMTは上皮-間葉移行、上皮間葉転換ともよばれます。

上皮-間葉移行(Epithelial-mesenchymal transition、EMT)は、上皮細胞が間葉系細胞様に形態変化する現象であり、初期胚発生における原腸陥入、神経提細胞の運動や器官形成過程、特に心臓や腎臓での重要性がよく知られている。EMTは細胞の運動性や細胞外基質の蓄積をもたらすことから、最近EMTが癌の浸潤や転移、また臓器線維化や慢性炎症に重要であることが徐々に明らかとなってきている。(https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-19659198/)

 

上皮間葉転換を引き起こすシグナル

EMTを誘導する主たるサイトカインとしてtransforming growth factor-β (TGF-β)が知られており（http://gakui.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/data/h22/126545/126545a.pdf）

 

 

歯周病の全身への影響

歯周病が増悪してくると、その影響は口腔内にとどまりません。口腔内で増殖した細菌は、気道を通じて直接気管や肺に移動します。また、歯周組織内に進入した細菌は、血行性に全身に移動します。歯周病の増悪によって量産されたサイトカインも、血行性に全身に移動します。これらの細菌やサイトカインは、他の疾患の増悪因子となります。肺炎、糖尿病、心疾患、低体重児出産といろいろなことに影響を及ぼします（https://www.cc.okayama-u.ac.jp/~perio/clinics/Perio_11.pdf）

ブルーライトカット眼鏡は不要？長時間PCやスマホを裸眼で見てもOKなのか？

とても気になるニュースがありました。

  1. ブルーライトカット眼鏡「子どもの使用は慎重に」　日本眼科学会などが声明を発表 2021/4/15(木) 10:36 弁護士ドットコムニュース YAHOO!JAPAN
  2. 小児のブルーライトカット眼鏡装用に対する慎重意見 令和3年4月14日 日本眼科学会 日本眼科医会 日本近視学会 日本弱視斜視学会 日本小児眼科学会 日本視能訓練士協会

PCモニタから発せられるブルーライトが目に悪いという証拠はない、むしろブルーカット眼鏡を装着することにより青い光を浴びないことのほうが良くないかもという内容です。

自分はPCに3時間も向かっていると目がちらちらして明らかに眼に良くないことがわかります。失明の恐怖を感じるくらいの疲労感です。再現性が非常に高いので、少なくとも自分の場合はPCの画面が目に非常に悪いと断言できます。対処法として、ブルーカットシートをPCモニタに貼ったり、青色をカットするモードにPCの色調を変えたり、青色カット眼鏡を装着したりしています。そうするととりあえず朝から晩までPCに向かって作業していても視野がちらちらする現象はかなり減りました。それでもあまりに長時間続けて作業するとやはり「やばい」と感じる状態になります。PCから離れて数時間目を休ませるとなおるので、不可逆的に網膜がやられたというわけではなさそうです。

自分がこれほどはっきりとブルーライトの悪影響を感じているので、こどものときからずっとＰＣやスマホの画面を見続けていたら、早い段階で目をやられるのではないかと危惧します。科学的な証拠がないから大丈夫というのは、論理的にもおかしな話です。まだ科学的に誰も証明できていないだけの可能性があります。それに科学論文はしょせん多数の人を対象にして「平均」を報告しているだけなので、個人差に関する情報は消えてしまいます。あたなは大丈夫でも私はダメなのよという状況は伝わりません。

ブルーライトは危険ではないというメッセージを学会が発信してしまっていいのかなあと思います。

 

ブルーライト問題なしという論調の研究ニュース

  1. ブルーライトカット眼鏡「子どもの使用は慎重に」　日本眼科学会などが声明を発表 2021/4/15(木) 10:36 弁護士ドットコムニュース YAHOO!JAPAN
  2. ブルーライトは目に悪い？　夜のスマホの影響は… 鈴木彩子、田中誠士、合田禄 2018年10月30日 6時00分 朝日新聞DIGITAL　発端となったのは目の細胞に悪影響を与えるとする論文。７月、英科学誌サイエンティフィック・リポーツに掲載された。
  3. ブルーライトは目に悪くない？　科学誌発端、世界で論争 田中誠士、合田禄 2018年10月6日 11時47分 朝日新聞デジタル
  4. 米国眼科学会｢ブルーライトは失明させない。PC用メガネも推奨しない｣2018.10.01 LifeHacker
  5. Ratnayake, K., Payton, J.L., Lakmal, O.H. et al. Blue light excited retinal intercepts cellular signaling. Sci Rep 8, 10207 (2018). https://doi.org/10.1038/s41598-018-28254-8 Published 05 July 2018

質量分析とは　医師・生物学研究者でも質量分析が理解できそうな本

質量分析がわかる本

生命科学研究者のために書かれた質量分析のハードルを下げてくれる本として、『実験医学別冊　最強のステップUPシリーズ 見つける、量る、可視化する！質量分析実験ガイド ライフサイエンス・医学研究で役立つ機器選択、サンプル調製、分析プロトコールのポイント 』（杉浦悠毅，末松　誠／編 2013年03月29日　239ページ ISBN 978-4-7581-0186-8）があります。この本は生物学研究者や医学研究者が持っている質量分析への苦手意識、畏怖の感情を理解してそのレべルまで降りてきて寄り添ってくれる書き方。質量分析の改正本としては、この本がおそらく一番わかりやすいかな。

 

『実験医学別冊　実験ハンドブックシリーズ 生命科学のための機器分析実験ハンドブック 分光分析，顕微解析，磁気共鳴分析，質量分析，イメージング解析などのあらゆる分析機器のプロトコールを完全網羅』（ 西村善文／編 2007年07月24日 306ページ ISBN 978-4-7581-0169-1）こちらの本は、質量分析に特化したわけではなく、一つの章が割かれているだけです。こまかいプロトコールが掲載されていますが、実験目的でプロトコールは変わってくるでしょうから、どれだけ役立つのかわかりません。しかし、どんなふうに実験して測定まで持っていくのかの雰囲気がつかめそうです。

 

参考

 

  1. 質量分析法：様々なイオン化法
  2. 分析機器の正しい使い方　質量分析　吉野 健一
  3. 質量分析とは
  4. 質量分析の原理と應用　佐々木, 申二　1953

臨床研修を行う病院の選び方

どんな業界でもキャリア形成において、どこに身を置いて仕事をするかの選択が重要になります。どこへ行くか、どこを選ぶか。基礎研究者の場合、どこの大学院のどの先生についてトレーニングを受けるかで、研究者としての基盤が形成されます。臨床の医師の場合には、研修先の病院選びがクリティカルになることでしょう。

初期研修の制度の変遷

  1. マンガでわかる！研修病院選びの基礎知識 2020年11月25日　マイナビ レジデント

 

ブランドハイパー病院

ハイパー・ブランド病院とは

ハイパー病院とはつまり忙しい病院のことである。研修医は総じて忙しいものであるが、ハイパー病院に勤務となると帰宅できないことも多いし、年間に５日間くらいしか休日がないところもある。例えば東京にある聖路加国際病院、千葉にある亀田総合病院、神奈川にある湘南鎌倉病院、沖縄にある沖縄中部病院などが有名である。…　研修医先の病院も学歴のひとつみたいなものです。（2019.05.27ハイパー病院＆ハイポ病院　医学生のひとり言）

 

 

研修病院の選び方

自分の未来像で選ぶ

  1. 初期研修1年目Ｈ．Ｔ（H30年神戸大学卒業）　北播磨総合医療センター　臨床研修センター
  2. 臨床研修病院の選び方　日本大学医学部　研修を２年間と考えるのではなく、５年～１０年間をひとつの区切りとして考え病院を決定することが望ましい２年後、自分はどうするのかをしっかりと考えて病院を選ぶことが大切です。研修する病院を決める際には、専門研修内容まで調べて、自分が望んでいる専門研修環境がその病院にあるのかを見極めるようにしまよう。

 

患者に選ばれている病院を選ぶ

  1. 研修病院の選び方　総合南東北病院　患者数の年次推移を見ればその病院の地域認知度・信頼度が一目瞭然

先輩のアドバイスで選ぶ

  1. 病院の選び方『このポイント』で見る　全国から集まってきた先輩の声。実際に経験したからこそわかる「リアルなアドバイス」MEC　FOUND

 

その他の選び方

  1. 初期研修病院サーチ－全1,026病院のマッチング情報検索サイト－　MEC FOUND

 

参考

 

  1. 研修病院選び方ご法度 m3.com

循内、消内、脳外、‥

臨床の先生は所属を、循環器内科の先生なら循内のように略すことが多いです。各科に略称があります。ツイートだと略称が飛び交っているので使用例を拾ってみます。

 

 

 

 

循内（循環器内科）

 

消内（消化器内科）

  1. 狭心症・心筋梗塞の話「胸が痛いとは限らない」　みさとファミリークリニック　胸痛以外の症状で我々が良く経験する例として、心窩部痛（シンカブツウ：みぞおちの痛み）が挙げられます。この症状が厄介なのは、患者様の訴えとしては、「胃が痛い」という表現になることです。…　ACSの症状は、上半身のどこに症状が出ても不思議ではないことになります。
  2. 下痢、嘔吐・・・で心電図？

 

脳外（脳神経外科）

 

産婦（産婦人科）

AMEDとは　

 

AMEDと厚生労働省との棲み分け・違い

国立研究開発法人日本医療研究開発機構（以下、AMEDという）　平成27年度4月1日に設立され、平成27年度以降、厚生労働省、文部科学省及び経済産業省が執行する医療分野の研究開発予算は、AMEDに集約され、AMEDから研究者に配分されるようになりました。 このため、厚生労働科学研究事業のうち、医療分野の研究開発に係るものについては、AMEDが公募を行うことになりました。 一方、食品衛生、労働安全衛生、科学物質対策、危機管理等の国民の安全確保のために必要な研究や、厚生労働省の施策の科学的知見に基づく推進のため必要な研究については、引き続き厚生労働省が実施することになりました。（兵庫医療大学）

福島 雅典『疾病制圧への道』上・下

福島 雅典 著『疾病制圧への道』（上・下）は、日本においていかにしてレギュラトリーサイエンス（RS)を実現したかという証言録のような趣の本です。報告書や提言など折に触れて書かれた文書から成っています。文章に力とエネルギーが漲っていて、読むとかなり強い刺激を受けます。

『疾病制圧への道』の構成要素となっている文書や、そこで紹介されている文書の中にはインターネット上で公開されているものもあるので、そういったものをまとめて紹介します。

 

提言

 

ファンディング・エージェンシーたる日本医療研究開発機構が適切にデザインされた科学研究費の公募要領と申請様式，レギュラトリーサイエンスに則した厳格な審査，そして厳格なプロジェクト・マネジメントを適用するならば，わが国は世界最強のイノベーション創出国家となるであろう．（健康・医療イノベーション・マネジメント教本 p154）

 

参考

 

  1. 健康・医療イノベーション・マネジメント教本　Clin Eval 42（2）2014（154ページPDF)