ChemSketchでデンプンやグリコーゲンの構造式(グルコシド結合)を描く方法

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デンプンやグリコーゲンの構成要素は、α-グルコースです。ChemSketchで、メニューのTemplatesから、Sugars:alfa-D-Pyrのタブを選び、α-D-Glucopyranose(グルコースのこと)を選びます。

グルコースが何故ピラノースとも呼ばれるのかというと、六員環でその一角が酸素である分子pyranと同じ構造を持つからだそうです。α-D-Glucopyranoseを複数配置して、1位と4位の水酸基を結ぶと(酸素原子にカーソルを置き、もう一方の酸素までドラッグ)、自動的に「脱水」されて結合が生じます。ただ、これだと、生化学の教科書によくあるような、結合の線が折れた形にはなりません。\O/みたいな結合になります。O」のような線にする方法はあるのでしょうか。

ACD/ChemSketch Version 4.5 for Microsoft Windows User’s Guide

を見たら、角型の線を引いた構造式がありました。どうやって作成したのかと思って読んだら、ちょっと泥臭いことが書いてあります。一度、炭素でつないで 角のある線をひかせておき、あとからその炭素を選択して(クリックしてその原子のみをアクティブにし、右クリックでObject Propertiesを選んで、Propertiesを表示させ、Atomパネルで、AtomのCを選んで、Value をC

から、Emptyに変更します。これで、その角には原子は存在しないことになります。ただし、やはり角は許されないのか、丸い角の線になりました。下は、α-D-グルコース  2分子が、1,4グルコシド結合してできた二炭糖である、マルトース(麦芽糖)。

原子の置き換え(もしくは除去)は後からできるので、一時的に何の原子でつないでも構いません。自分が欲しい結合の線が得られればいいだけです。1,6-グリコシド結合も作って、デンプン(もしくはグリコーゲン)ぽくしてみます。

角の丸みに一貫性がないのが気になります。とりあえず、やり方がわかったので今はこれで良しとしておきます。

 

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