当初のすい臓がんという診断が、原発不明がんに変更されたというニュースがありました。

• 森永卓郎氏　最初に公表の「膵臓がん」が変更となった経緯説明　「判断っていうのが大きく変わった」検査 [ 2024年6月8日 19:28 ]　スポニチ

原発不明がんというのは、転移先のがんが見つかったが、もともと発症したがんがどの臓器だったのかがわからないがんということのようです。

原発不明がんとは、十分に検査をしたにも関わらず原発巣が不明で転移巣だけが判明している悪性腫瘍のことを指します。

最近では、がん遺伝子パネル検査や、MSI検査などを行い、がんの分子学的な特徴により治療法を考慮していくことがあります。

東病院　https://www.ncc.go.jp/jp/ncce/clinic/medical_oncology/020/02050/index.html

• 原発不明がん　九州大学病院　がんセンター

歯医者の評判をいろいろ見ていたときに、黒い歯石を虫歯と間違えられたというコメントを見たことがあります。黒い歯石と虫歯の区別はどれくらい難しいのでしょうか。

歯石の種類

歯石には二種類あります　歯の表についている白い歯石（歯肉縁上歯石）　歯茎の溝に隠れている黒い「隠れ歯石」（歯肉縁下歯石）https://www.oda-dc.com/column/black_white_tartar/

黒い歯石

歯石は、溜まった歯垢が石灰化して石のようになったものです。通常は黄白色をしていますが、歯と歯茎の境目、歯茎の中にできる歯石は黒くなることがあります。これは歯周病になっている歯茎から出血し、歯石がその血液を取り込むことで黒く変色しているものです。黒い歯石は、嚥下歯石（えんかしせき）と呼ばれ、歯周病の原因となるものです。https://www.yukiko-dental.com/blog/entry-118.html#h02

医学的に、歯茎よりも上に付着した歯石は「歯肉縁上歯石」、歯茎より下に付着した歯石は「歯肉縁下歯石」と呼びます。この内、歯肉縁上歯石は誰にでも付着する可能性のあるもので、歯の表面についた歯垢（プラーク）が唾液のミネラルによって石灰化したものです。対して、歯肉縁下歯石は、歯周病に罹患していて歯茎が下がり、歯周ポケットが深くなった時に付着します。歯周病菌の1つであるP.G菌が黒い色素を出すこと、歯茎の炎症で出血した際の血液の鉄分によって黒く着色するといわれています。https://ken-dc.com/blog/1105

黒い歯石と虫歯の区別

普段歯茎の下に隠れている歯肉縁下歯石ですが、歯茎が引き締まると歯茎のラインが下がり、黒い歯石が顔を出してまるで虫歯のように見えてしまうことがあります。ですが、もちろん、歯科医師、歯科衛生士には虫歯と歯石の違いはわかります。https://www.oda-dc.com/column/black_white_tartar/

黒い歯石への対処

黒い歯石がついている場合、それは歯周ポケットができているということを意味しますので、歯周病がある程度進行していることの表れでもあります。‥　歯石とりの処置を受けることをおすすめします。https://www.komagome-station-dental.com/column/dental_calculus/

対面セミナーをZOOMでも配信するにはどうすればいいのでしょうか？会場のマイクで話して会場のスピーカーから出た音を、ZOOM用のPCの内蔵マイクで拾えばいいのでしょうか？それとも会場のマイクの音声を直接PCに入力するのでしょうか？

その場にある機材を使った妥協案

大学や使う教室によって備え付けられている（もしくは備えつけられていない）機材に違いがあるので、なんともいえませんが、手持ちのマイクをつかって講師が講義して、音声がスピーカーから鳴らされて、演者のPCのパワーポイント資料をスクリーンに投影するということは共通にできるのではないでしょうか。

まずスライド投影とZOOMのホストを1台のPCでやるか、2台で分担するかという選択肢があると思います。一人で講義したりセミナーしたりする分には、1台でもいいかと思います。しかし、演者とZOOMホストを分けた場合は、ZOOMホストはZOOM参加者の反応（質問のために手を挙げているとか）に集中できて、演者は自分の発表に集中できるというメリットがあります。

２台のPCを使う場合（ZOOMホストPCと演者スライド投影用PC)

発表者ツールを使ってもスクリーン、ZOOMともスライドショーが上手くいく方法

パワーポイントには発表者ツールと言う便利なものがありますが、これを立ち上げていると、スライドショーが上手くいかないということを経験しました。結果を先にいうと、その原因は発表者PCで「画面を複製」を選んでいたからで、「画面を拡張」にしておいて、ZOOMで「共有」する対象をえらぶときに、「拡張された画面」（画面１，画面２のうち使われていなさそうなほう）を共有してやります。そうすれば発表者の手元のPCでは発表者ツールが動いていますが、スクリーン上にはスライドショーとして投影されており、さらにZOOM上でもスライドショーが共有されます。

ZOOMの画面を会場のスクリーンに投影する場合

会場のスクリーンに何を投影するかに関しては、ZOOMホストPCの画面（演者が共有したスライドショー）を投影するという選択肢もあり得ます。演者は物理的には会場内の機器とは何にも接続せずに単にZOOMで参加するだけです。こちらをためしてみると、共有されたZOOM画面全体が会場のスクリーンに映し出されてしまい、その中で小さくスライドショーが見えるようになってしまいました。これでは会場の聴衆にしてみれば全然フルスクリーンの大きさじゃないので見えにくくて実用上不可です。というわけで、こっちの組み合わせはボツでした。

ZOOMのウェブ参加者の声を会場のスピーカーに出す方法

演者PCからHDMIで出力して会場のアンプに入力してやると、ZOOM上で話をしている（遠隔地にいる）人の声は会場で拾えませんでした（会場のスピーカーを通して音を出せませんでした）。ウェブ参加者の質疑応答の声を拾うためには、ホストＰＣからＨＤＭＩ出力して会場のアンプに入力してある必要があります。でなければ、ＺＯＯＭホストＰＣに直接ポータブルな外部スピーカー（会場内に響き渡る程度の出力パワーのあるもの）を付けておくしかないのでしょうか。

いろいろと、こちらを立てればあちらが立たずで、四苦八苦します。下で紹介するように、入出力装置を自分で用意するという方法もあるようです。特にこれは設備が何もない部屋でハイブリッド会議やセミナーを開催する場合に有効でしょう。大学のウェブ配信対応済み教室（もしくは配信を目的としていなくてもアンプがあるところ）なら、そこにある装置を元に考えたほうが楽です。

別の方法など

下の２つのウェブページにわかりやすい説明がありました。２台のPC(ホストPCと講演者PC）を使う場合、HDMIキャプチャーユニットというものがあると便利みたいです。

HDMIキャプチャーユニット（TreasLin USB3.0 HDMI ビデオキャプチャーボード） キャプチャーユニットは多くの製品が販売されていますが，ハイブリッド方式の学会で使用可能なのはHDMIパススルー機能つきのものだけです．講演者の発表用パソコンからの映像はzoomホストPCと会場プロジェクターの両方に出力されるため，対面と遠隔の双方の出席者が同じ映像を視聴することができます．

学会のハイブリッド方式での開催方法 小椋賢治 小椋賢治 2021年10月24日 19:10　　https://note.com/kenji_ogura/n/nb512eecbbca7#CaB5e

• zoomのホストPCはできるだけ高性能の機種を有線LANで接続し，ホスト機能のみ （注1） zoomホストPCと説明用PCを兼用した場合，画面共有時に，(1) オンライン受講生の管理が煩雑，(2) なにが画面共有されているかわかりにくい
• 教員による説明方法がパワーポイントの場合は，zoomホストPCとは別に説明用PCを用意
• 教室内の教員と受講生の音声はマイクを使ってzoomホストPCに入力  *教室PAに音声出力端子（LINE OUT）が装備されている場合は，その音声出力をオーディオインターフェースに入力することができる
• 教室マイクと教室スピーカーはオーディオインターフェースを経由してホストPCに接続
• オンライン側受講生の音声はzoomホストPCとオーディオインターフェースを経由して教室スピーカーに出力  （注4）教室PAの音声入出力端子の有無により，教室マイク・スピーカーの使用形態が変わります

ハイフレックス型授業の概念設計と実践 小椋賢治 小椋賢治 2021年8月16日 16:16

1. 大きな会場でのハイブリッドセミナーに必要な機材と接続方法 2022.10.28 https://zoomy.info/equipment_for_hybrid_seminar/  ライン出力とパソコンのマイク端子を接続。 Zoom参加者の声をスピーカーから会場参加者に聞かせたい場合は、スピーカーのライン入力とパソコンのヘッドホン出力を接続します。Zoomの方では、マイクとスピーカーの設定を内蔵マイクやWEBカメラのマイクになっていないことを確認してください。これで、ワイヤレスマイクで話した声が、Zoom参加者に聞こえ、Zoom参加者の声はスピーカーを通して、会場の参加者に聞こえるようになります。
2. ハイブリッドセミナーにはオーディオミキサーが必須です 23 OsamuNAKANISHI OsamuNAKANISHI 2022年2月1日 22:35　https://note.com/o_nakanishi/n/na73414f04f38#0d100898-5045-48e3-b048-44ad6a6d8c76
3. Q&A（よくある質問）　Q　Zoomで機器を接続するときの設定方法　https://www.sanwa.co.jp/support/faq/kaito?qa_id=5127　A　Zoomでは基本的に、電源がONになっているカメラやスピーカーなどの外部機器が優先して接続されます。パソコン内蔵のカメラやスピーカーを使用する場合や、ミーティング中に複数の機器を切り替えて使用したい場合は、以下の手順から切り替えることができます。
4. 2020-09-11瀬田学舎7-002講義室で「対面授業時におけるオンライン配信の基本的な授業運営モデル」の個人的再現　https://hig3r.hatenadiary.com/entry/2020/09/11/083315

PCとオーディオインターフェースとの接続方法

大学の講義室でPCを使って講義をするときに、なにやら四角い黒い装置があってそこのHDMI端子と自分のHDMI端子をつないだりしていました。音声の入出力も同じ装置にあったのかもしれません。講義のときはワイヤレスマイクを使ったので、音声のことを気にしたことがありませんでした。いまどき、どこの大学でもこういったオーディオ・ビジュアルのインターフェースは教室の前にあるのではないでしょうか。とはいっても自分はHDMIケーブルですら挿し忘れてPCの画面がスクリーンにでなくて右往左往したことがあるくらいに機器音痴なので、こういう接続は苦手です。

1. Zoomの音響接続は大丈夫？| Zoomの接続を解説 2020年12月26日2023年3月25日　https://donsmil.com/zoom-audio-equipment-connection/#

ハウリングをなくす方法

会議でみながノートPCを持ち寄って同じ会場でZOOMで会議をしていたとき（遠隔地からもメンバーがZOOMで会議参加）、ハウリングが起きて対処方法がわからず困ったことがあります。

Zoomにおいて、1台のパソコンだけを使っていれば、ハウリングを起こす可能性はまずありません。複数のものが同時にあり、同時に音を入出力しているからハウリングが起こってしまうのです。https://fleeeet.com/2022/08/16/howling_zoom/

• 最も簡単な方法は、スピーカから出る音がマイクに戻らないようにすることです。同じ部屋にある全ての端末でヘッドセット（ヘッドフォン、イヤホン）を利用することで簡単に解決することができます。
• オーディオに接続する端末を１台に限定する　１つの部屋の中に、同じオンラインミーティングに接続する端末が複数ある場合、その中でマイクとスピーカを利用する端末をどれか１台に決め、それ以外の端末では、マイクとスピーカをOFFにします。マイクをOFFにする機能（ミュート）だけだと、部屋の中で誰かが話す際に、他の端末のスピーカからの音がマイクに戻ってきてエコーが発生するため、必ずスピーカもOFFにすることが重要です。（スピーカをOFFにする操作がない場合は、音量を0にします。）

https://kyoto-u.github.io/online-edu/zoom-audio-echo

セミナーの場合は、セミナー講師が話すだけなので、現地でZOOMにつないでいるPCは１台だけにすることが可能です。ただし司会者、セミナー講師、他のゲストスピーカーなどがそれぞれ自分のPCを持ち込むとなるとややこしいでしょう。

マイナスワンの設定方法

1. 【超簡単】大会場にある音響ミキサーでマイナスワンを作る方法｜ミキサー3個を解説2021年7月12日2023年7月21日　https://donsmil.com/mainasu-wan-precedent/

ZOOM参加者の音声を会場のスピーカーで流すには？

ヤマハYVC-1000

1. https://sound-solution.yamaha.com/solution/hybrid_webinar

すべてがわかる　アンケートデータの分析

改訂新版　すべてがわかる　アンケートデータの分析　菅民郎　現代数学社　2020年20月20日　改訂新版第1刷

数量化2類、数量化3類などの実査的な適用も紹介されていて、かなり詳しい。堅い本です。数学科出身で統計分析の会社「アイスタット」の設立者による著作。数学的に堅い印象だと思って出版社を見たら、現代数学社によるもので納得。

アンケート調査の計画と解析

内田治　アンケート調査の計画と解析　日科技連　2022年2月22日

読みやすい本です。アンケート調査の企画段階から分析までのポイントが手っ取り早く概観できます。

やってみようテキストマイニング

牛澤賢二　やってみようてきすとマイニング　自由回答アンケートの分析に挑戦！　朝倉書店　2018年8月25日

ExcelとKH Coder（無料ソフト）を使ったテキスト分析のための教科書。具体的、実践的な内容が解説されています。

1. 一卵性の双子は「遺伝的に同じ」と限らない　研究で判明 ナショナル ジオグラフィック ナショナル ジオグラフィック 2023年8月28日 5:00　https://www.nikkei.com/article/DGXZQOUC163UD0W3A810C2000000/
2. なんで一卵性双生児でも違う部分があるの？→加納純子｜素朴な疑問vs東大広報室掲載日：2022年11月10日　https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/features/z1304_00206.html　一卵性双生児であっても、受精卵から分かれた直後からDNAの折り畳まれ方に違いが出てくることもあります。その原因は様々ですが、折り畳まれ方を決める遺伝子の配列の変化などが挙げられます。また女性の場合、性を決定するX染色体（染色体とは、DNAにタンパク質などが結合してできた構造体のこと）を二本持ちますが、そのうち一本がランダムに凝縮してかたくなり、タンパク質が合成されにくくなります。どの細胞でどちらのX染色体がかたくなるかで運命が分かれるのです。このようなことが個人個人の違いを生む一因になっているといえます。
3. HOME 最新記事 ワールド 「一卵性双生児の遺伝情報は同一ではない」ことが明ら… 最新記事遺伝子 「一卵性双生児の遺伝情報は同一ではない」ことが明らかになってきた 2021年3月15日（月）18時50分 松岡由希子　https://www.newsweekjapan.jp/stories/world/2021/03/post-95833.php　2021年1月7日、遺伝学専門学術雑誌「ネイチャージェネティックス」で「初期発生段階で発現した平均5.2個の突然変異により、一卵性双生児は異なる遺伝情報を持つ」との研究論文を発表した。なかでも、約10.2％にあたる39組で100個以上の突然変異があった。その一方で、遺伝情報が同一であったのは38組で、全体の約9.9％にとどまっている。また、一卵性双生児の約15％では、初期発生段階で発現した突然変異が一方の双子に顕著に多くみられ、他方にはみられなかった。
4. 一卵性双生児をDNA鑑定で識別することは出来る？　https://jamba.or.jp/to_family/futago-knowledge/stats_and_facts_general2/

細胞内の呼吸（栄養素の酸化反応）において、酸素分子は電子伝達系において使われます。解糖系やクエン酸回路では酸素分子は使われません。「解糖系ではどうして酸素分子が使われないの？」という疑問は、素朴なものですが奥深いと思います。この質問に対する答えには、いろいろな角度からの回答があるでしょう。

解糖系が進化の過程で現れたときにはまだ地球上に酸素がなかったから

46億年前に地球ができたとき、大気中に酸素は存在していませんでした。３８億年前に最初の生命が誕生し、それがその後バクテリア（細菌）とアーキア（archaea　古細菌）とに分かれました。２７億年前に、光合成をする藍藻（シアノバクテリア）が繁殖し、二酸化炭素と水から有機物と酸素が作られました。生物がエネルギー代謝において酸素分子を利用するようになったのは、それ以降だというわけです。それ以前は、酸素を必要としない解糖系でエネルギーを産生していました。

人類が現れるずっと前、原始地球においては、酸素を使ってエネルギーを取り出す方法はまだ、編み出されていませんでした。地球上にはもともと酸素はありませんでしたし、あったとしても、その頃の生物にとって、酸素は毒（酸化）でしかなかったからです。その当時、生物たちはすでに、酸素を使わずにエネルギーを取り出す方法を獲得していました。後に「解糖系」とよばれる方法（嫌気呼吸ともよばれます）です（図1）。

酸素を使わず、呼吸する？｜呼吸する（１）2015/07/30　看護roo! https://www.kango-roo.com/learning/1615/ 新訂版 解剖生理をおもしろく学ぶ 増田 敦子（了徳寺大学医学教育センター教授） 2015年1月19日 サイオ出版

1. https://en.wikipedia.org/wiki/Great_Oxidation_Event

大気中に酸素が蓄積されて以降は、酸素を使う細菌も出現します。好気性細菌です。それに対して酸素を使わない細菌は嫌気性細菌と呼ばれます。

酸素は電子を受け取る力が強いので最終段階で活躍する

グルコースの酸化は、段階的に起こります。酸化還元電位の階段を降りていくようなものです。その階段の一番下に位置するのが酸素分子です。つまり電子を受け取るちからが何よりも強いのです。

電子を放出する(酸化)側とともに、放出された電子を受け取る(還元)側が存在して初めて、電子伝達の大きな力が働きます。酸素は非常に強力な求電子性をもっており、電子伝達を起こす大きな力となっています。

https://jrecin.jst.go.jp/html/compass/e-learning/34-677/data/1-タンパク質合成/faq/naiyou.html

呼吸のところの講義で、電子伝達は、酸化還元電位の勾配に従って行なわれる、という話をしましたよね。基本的に、還元力の強い物質（酸化還元電位がマイナス方向に大きい物質）から酸化力の強い物質（酸化還元電位がプラス方向へ大きい物質）へと電子は流れます。つまり、電子伝達をする成分を順番に並べると、その酸化還元電位はだんだんとプラスの方向へ大きくなっていくことになります。http://www.photosynthesis.jp/lec/rikadai5-5.html

1. 標準酸化還元電位 (pH = 7)　https://www.dbp.akita-pu.ac.jp/~esuzuki/CHEM/Folder6/biordx2a.html　NAD+ / NADH -0.32　FAD / FADH2 -0.22　フマル酸 / コハク酸 +0.03　ユビキノンox / ユビキノンred +0.10　Fe3+ / Fe2+ +0.78　O2 / H2O +0.82
2. 電子伝達成分の酸化還元電位　https://www.bio.phys.tohoku.ac.jp/~ohki/Physics_C/Aug11.pdf

好気性生物　好気性細菌

酸素分子を電子受容体として利用する細菌がミトコンドリアの起源だという説があります。

Under aerobic conditions, if the bacterial species can conduct aerobic respiration, oxygen acts as the final electron acceptor for the electron transport chain located in the plasma membrane of prokaryotes.

https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Microbiology/Microbiology_Laboratory_Manual_%28Hartline%29/01%3A_Labs/1.21%3A_Bacterial_Oxygen_Requirements

好気性生物とは、酸素を利用した代謝機構を備えた生物のことです。細胞が呼吸を行う過程で、例えば糖や脂質のような基質を酸化してエネルギーを得るために酸素を利用します。ほとんど全ての動物、真菌類、そしていくつかの細菌は酸素がないと生育できない偏性好気性の生物です。https://www.wdb.com/kenq/dictionary/aerobic-organism-and-anaerobic-organism

生育に分子状酸素の存在を必要とする細菌。 グラム陰性細菌、グラム陽性細菌にわたり広く分布し、多様な有機炭素化合物を栄養源として用いる。 酵素は呼吸の際の最終的な電子伝達受容体として利用される。 代謝系としてTCA回路（クエン酸回路）をもち、炭素化合物の最終産物は 多くの場合二酸化炭素であるが、一部の細菌では部分的な酸化にとどまり酢酸などを蓄積する。（酢酸菌）。 呼吸の際の電子伝達と共役して生じる膜内外の電気化学的プロトン勾配を主とした電気科学的エネルギーを利用してATPが合成される。 電子伝達系とATP合成系の酵素は細胞膜に結合していて、その主要な構成要素は真核生物のミトコンドリアのものと類似している。 ある種の好気性細菌が共生によってミトコンドリアに進化したとの説もある。（共生説）。https://www.microbio.med.saga-u.ac.jp/Lecture/kohashi-sb1/part9/

細菌におけるエネルギー代謝

Bacterial Metabolism

In the final stage of respiration, ATP is formed through a series of electron transfer reactions within the cytoplasmic membrane that drive the oxidative phosphorylation of ADP to ATP. Bacteria use various flavins, cytochrome, and non-heme iron components as well as multiple cytochrome oxidases for this process.

Respiration takes place when any organic compound (usually carbohydrate) is oxidized completely to CO2 and H2O. In aerobic respiration, molecular O2 serves as the terminal acceptor of electrons. For anaerobic respiration, NO3–, SO42–, CO2, or fumarate can serve as terminal electron acceptors (rather than O2), depending on the bacterium studied.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7919/

 参考

1. 微生物が使う通貨としての電子 加藤　淳也　バイオメディア　https://www.sbj.or.jp/wp-content/uploads/file/sbj/9807/9807_biomedia_2.pdf　一般の酵素反応であれば，余ったエネルギーのお釣りは利用できないが，電子分岐酵素はお釣りを出してくれる．電子分岐酵素は一つの水素が2個持っている電子それぞれを，違う価値（酸化還元電位）を持った電子伝達体に分配することができる．すなわち，2個の水素から価格の高い（酸化還元電位が低い）フェレドキシンに電子を渡しつつ，残りを使って価格の安い（酸化還元電位が高い）NADHを作ることができる．1
2. 5分でわかる！酸素を利用しない呼吸 TryIt https://www.try-it.jp/chapters-10282/sections-10366/lessons-10383/
3. https://ja.wikipedia.org/wiki/解糖系　エムデン-マイヤーホフ経路（以下EM経路）は、真核生物、嫌気性真正細菌の糖代謝系である。…　エントナー-ドウドロフ経路（以下ED経路）は好気性の真正細菌によく見られる代謝系である。関与している酵素の数は少なく5種類程度である[1]。この系も無酸素状態で稼動する。
4. 好気性細菌 こうきせいさいきん ａｅｒｏｂｉｃ　ｂａｃｔｅｒｉａ。https://atomica.jaea.go.jp/dic/detail/dic_detail_1323.html　酸素の存在するときに、空気中あるいは酸素からエネルギーを獲得して生育する細菌。もっぱら呼吸によりエネルギー代謝を行い、発酵によっては増殖に必要なエネルギーを獲得することができない。代表的な病原菌としては結核菌、百日咳菌、緑膿菌などがある。
5. 第５章　細菌のエネルギー産生経路　http://jsv.umin.jp/microbiology/main_005.htm
6. 27億年前の「ご先祖様」が体内にバクテリアを取り込むまでわれわれ真核生物の祖先はアーキアだった！？　産総研マガジン　さがせ、おもしろ研究！ブルーバックス探検隊がいく　https://www.aist.go.jp/aist_j/magazine/bb0030.html　ドメインには「真核生物」「バクテリア」「アーキア」の3つがある。…　バクテリアはいわゆる「細菌」であり、アーキアはかつて「古細菌」と呼ばれたこともあった。…　海底堆積物の中から、MK-D1株というアーキアが見つかりました。これを培養して、そのゲノムを解析したところ、これまでは真核生物しか持っていないと思われていた遺伝子がたくさんありました。…　筋肉などを構成するアクチンという遺伝子は、基本的に真核生物しか持っていないと考えられていました。しかしMK-D1はゲノム上にアクチンを持っていて、実際にそれを使って生きている…　アクチンなど真核生物に近い遺伝子を持つアーキアがいることは2015年の時点でわかっていました…　もしアーキアが真核生物の祖先ならば、進化のプロセスのどこかの時点で、「アーキアがバクテリアを取り込む」という大事件があったはずだ。…　アーキアは、もともとは、まだ酸素がなかった地球で生きていました。ところが、約27億年前、光合成をする生物シアノバクテリアが大繁殖して、地球に酸素が大量発生します。それまで無酸素環境で生きていた生物にとって、酸素は猛毒でした。…　代謝でいえば、アーキアは無酸素代謝、バクテリアのほうは有酸素代謝と、それぞれが別々の方法でエネルギーを得ていて、相反する能力がせめぎ合っている状態でした。1つの生命体となるには、重複する機能をなくして、一本化する必要がありました
7. 微生物の糖代謝経路に見られる新規な進化学的関係（PDF) 生化学 第７９巻 第１１号　エ ン ト ナー・ドゥドロフ経路（以下 ED 経路）は好気性の真正細 菌によく見られ，主に嫌気的条件下で働く．反応に関与す る酵素の数は５個であり，これは EM 経路の１０種類以上 に比べてはるかに少ない．グルコースはリン酸化されグル コース６-リン酸となったあと，脱水素酵素・ラクトン加 水分解酵素・脱水酵素・アルドラーゼによって最終的にピ ルビン酸とグリセルアルデヒド３-リン酸を生ずる．
8. https://ja.wikipedia.org/wiki/古細菌
9. https://www.kyorin-u.ac.jp/univ/user/medicine/seika1/exams/H24exams/H24%20M1%20Teiki(2)%2017+18%20saitennkijyunn.pdf
10. TCA cycle signalling and the evolution of eukaryotes Dylan G. Ryan,2 Christian Frezza,2 and Luke A.J. O’Neill1　Curr Opin Biotechnol. Author manuscript; available in PMC 2020 Nov 18. Published in final edited form as: Curr Opin Biotechnol. 2020 Oct 30; 68: 72–88. Published online 2020 Oct 30. doi: 10.1016/j.copbio.2020.09.014 PMCID: PMC7116391 EMSID: EMS103921 PMID: 33137653 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7116391/

ヒトパピローマウイルス（HPV）（子宮頸がんの原因となるウイルス）、新型コロナウイルス（COVID-19の原因となるウイルス）のワクチン接種が利用可能になっていても、ワクチン接種を希望しないという選択をする人がいます。ワクチン接種の副反応の重大さを考えてのことです。社会全体でリスクーベネフィットをみれば、ワクチン接種のベネフィットは非常に大きいわけですが、個人で考えたときに、たまたま運悪く副反応のせいで人生を台無しにされたときに誰が責任を取ってくれるの？という話です。

新型コロナワクチンを接種してすぐに、それまで元気だった人が突然死んでしまったのに、ワクチン接種との因果関係がないと判断されたというニュースが随分たくさんありました。常識的に考えてそんなわけないだろ？と思うのですが、SNSなどを見ていると「識者」ぶった人が、統計学的なデータを持ちだしてきて、なんらかの原因で常に人はなくなっていて、ワクチン接種でその死亡率が増えてはいないなどと論じたりしていたと思います。

そういうのを見ていると、数学や確率論、統計学を正しく理解していることが非常に大事だと思います。ただ、いくら統計学がただしくても、論じる人の立場によって何が正しいのかが変わってくるので、専門家の意見を一個人が鵜呑みにしていいというものでもなくて、悩ましいところです。

新型コロナのパンデミックを経験して、非常に多くの人が新型コロナでなくなってしまい、ワクチン開発とその普及によってコロナの脅威が劇的に小さくなったのを目の当たりにすると、ワクチン接種の重要性は疑えません。

間質性肺炎と実質性肺炎

• 間質性肺炎と実質性肺炎は、肺の炎症が起きる場所が異なります。間質性肺炎は肺胞と肺胞の間にある間質に炎症が起こる病気ですが、実質性肺炎は肺胞の中にある実質に炎症が起こる病気です。
• 実質性肺炎は、病変が肺胞の中にあるもので、肺胞性肺炎とも呼ばれます。 原因は細菌です。 間質性肺炎は、病変が間質（肺胞と肺胞の間）にあるものです。 原因はウイルス、マイコプラズマ、クラミジアなどの病原微生物、薬剤、放射線、アレルギーなどです。

（生成AIによる解説）

間質性肺炎と細菌性肺炎の違い

間質性肺炎とは、肺から取り込んだ酸素を血液へと受け渡す場所である「肺胞」の壁を中心に炎症が起こり線維化を起こす病気です。線維化を起こすと肺が固くなり、体への酸素の取り込みがうまくいかなくなります。一般的な肺炎、いわゆる細菌性肺炎は、肺胞の中の炎症をきたすもので、間質性肺炎とは異なります。

間質性肺炎（特に特発性肺線維症）ついて　明石医療センター

「間質性肺炎」というのは、名が体を表していない好例ですね。下の説明は的を射ていてわかりやすいです。

間質性肺炎は語尾に肺炎が付きますが、肺炎とはまったく異なる病気です。肺という臓器をコップにたとえると、コップの中で起こる病気が肺炎で、コップ自身が侵される病気が間質性肺炎です。

https://www.hospital.japanpost.jp/tokyo/shinryo/konai/ip.html

急性間質性肺炎と慢性間質性肺炎の違い

哺乳類の卵の発生において、卵割期にコンパクション compactionと言う現象が起きます。これは16細胞頃に外側の細胞が互いにぴったりと接着することにより、それまではまるっこい割球がくっついていただけの胚が、割球同士の境目がわからなくなるくらいに密着した状態に変化するものです。

1. Analysis of compaction initiation in human embryos by using time-lapse cinematography Embryo Biology Open access Published: 09 March 2014 Volume 31, pages 421–426, (2014)　https://link.springer.com/article/10.1007/s10815-014-0195-2　

明らかに細胞接着因子がそこで活躍しているはずですし、外側の細胞と内側の細胞という2種類の細胞への分化という、一連の分化の流れの出発点にもなります。

哺乳類の卵割の場合、最初の外見的な細胞分化は、コンパクションによって胚の表面部分に位置する細胞（互いが細胞接着をぴったりとしている）と、その内部に位置する細胞の2種類です。コンパクションのあと、外側の細胞はさらに強固に接着します。それは、タイトジャンクションが形成されることによります。

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005273607003562

Fig. 1. ZO-1 protein expression is stage-specific in developing mouse embryos freshly collected from the reproductive tracts during preimplantation period of pregnancy. 　https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0012160608002121

human compaction

1. Human Embryos Developing in Vitro are Susceptible to Impaired Epithelial Junction Biogenesis Correlating with Abnormal Metabolic Activity　2007　https://academic.oup.com/humrep/article/22/8/2214/645208　
2. Gene expression regulating epithelial intercellular junction biogenesis during human blastocyst development in vitro 2003年
3. Expression of cell adhesion molecules during human preimplantation embryo development D J Bloor 1, A D Metcalfe, A Rutherford, D R Brison, S J Kimber　Mol Hum Reprod . 2002 Mar;8(3):237-45. doi: 10.1093/molehr/8.3.237. 本文無料 PDF
4. 
5. Compaction and surface polarity in the human embryo in vitro G Nikas 1, A Ao, R M Winston, A H Handyside Biol Reprod . 1996 Jul;55(1):32-7. doi: 10.1095/biolreprod55.1.32. 本文有料

タイトジャンクションとアドヘレンジャンクションとの関係性

上皮細胞においては，TJはアピカル膜直下の非常に限られた細胞膜の領域に形成されるが，TJの形成は，どのように制御されているのであろうか．上皮細胞の細胞接着を一度破壊し，その再形成過程を詳しく観察すると，TJの形成に先立って，まずE-カドヘリンを介したAJが形成される．この際に，E-カドヘリンの阻害抗体を細胞に処理すると，AJのみならずTJの形成も阻害される^3）．また，AJの必須の構成要素であるα-カテニンの発現が消失したPC-9細胞では，AJのみならずTJも形成されない^4）．このような観察事実から，TJ形成にはAJの形成が必要であることが明らかになった．その理由として，AJを形成することによって細胞膜どうしを物理的に近接させることによって，隣接細胞間のクローディンどうしの結合が可能となりTJの形成を可能にしているのではないかと考えられてきた．しかし近年になって，AJの形成は，細胞骨格の再組織化，低分子量Gタンパク質の活性化などのさまざまな変化を細胞内にもたらすことで，TJ形成に寄与することが示唆された．さらに，筆者らは最近，AJの形成が形質膜の脂質組成を変化させ，TJの形成を促進することを明らかにした^5）．　https://seikagaku.jbsoc.or.jp/10.14952/SEIKAGAKU.2019.910555/data/index.html

参考

1. Mechanical strengthening of cell-cell adhesion during mouse embryo compaction Ludmilla de Plater Julie Firmin Jean-Léon Maître Open AccessPublished:March 25, 2024DOI:https://doi.org/10.1016/j.bpj.2024.03.028　Compaction requires the cell-cell adhesion molecule Cdh1, also known as E-cadherin and initially called uvomorulin after it was discovered in compacting mouse embryos.
2. Cell-cell adhesions in embryonic stem cells regulate the stability and transcriptional activity of β-catenin　FEBS Lett. 2022 Jul; 596(13): 1647–1660. Published　FEBS Lett. 2022 Jul; 596(13): 1647–1660. Published online 2022
3. Cell-cell adhesions in embryonic stem cells regulate the stability and transcriptional activity of β-catenin　Apr 6. doi: 10.1002/1873-3468.14341 PMCID: PMC10156795 NIHMSID: NIHMS1793009 PMID: 35344589
4. Published: 06 August 2020 Transcriptomic analysis reveals differential gene expression, alternative splicing, and novel exons during mouse trophoblast stem cell differentiation Rahim Ullah, Ambreen Naz, Hafiza Sara Akram, Zakir Ullah, Muhammad Tariq, Aziz Mithani & Amir Faisal Stem Cell Research & Therapy volume 11, Article number: 342 (2020)　https://stemcellres.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13287-020-01848-8
5. Volume 21, Issue 13, 26 December 2017, Pages 3957-3969 Journal home page for Cell Reports Resource Protein Expression Landscape of Mouse Embryos during Pre-implantation Development　https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211124717317953
6. How Adhesion Forms the Early Mammalian Embryo　2015White わかりやすい実験データの図およびまとめの細胞シグナルの図
7. Making the first decision: lessons from the mouse Agnieszka Jedrusikcorresponding author 1 , 2 Reprod Med Biol. 2015 Oct; 14(4): 135–150. Published online 2015 Apr 16. doi: 10.1007/s12522-015-0206-8 PMCID: PMC5715835 PMID: 29259411 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5715835/
8. RNA-Seq Transcriptome Profiling of Equine Inner Cell Mass and Trophectoderm1 Khursheed Iqbal, James L. Chitwood, Geraldine A. Meyers-Brown, Janet F. Roser, Pablo J. Ross Author Notes Biology of Reproduction, Volume 90, Issue 3, 1 March 2014, 61, 1-9, https://doi.org/10.1095/biolreprod.113.113928 Published: 01 March 2014
9. Changes in sub-cellular localisation of trophoblast and inner cell mass specific transcription factors during bovine preimplantation development Zofia E Madeja, Jaroslaw Sosnowski, Kamila Hryniewicz, Ewelina Warzych, Piotr Pawlak, Natalia Rozwadowska, Berenika Plusa & Dorota Lechniak BMC Developmental Biology volume 13, Article number: 32 (2013)　Published: 13 August 2013　https://bmcdevbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-213X-13-32
10. Cadherin-dependent filopodia control preimplantation embryo compaction　Nature Cell Biology volume 15, pages1424–1433 (2013)　Published: 24 November 2013
11. 細胞の極性化から眺めたマウス着床前の形作りの仕組み　2012.02.28　基礎生物学研究所　https://www.nibb.ac.jp/pressroom/news/2012/02/28.html　　　Prickle2タンパク質は、2細胞期から核で発現が開始し、8細胞期までは核内に局在。それ以降、胚盤胞期までは主に細胞質での粒子状の発現。　Prickle2遺伝子破壊マウスの表現型は、２５細胞期以降に胚盤胞が形成されない、また、栄養外胚葉への分化マーカーの発現が劇的に減少。頂底軸に沿ったいくつかのマーカー分子の発現が異常。Prickle2遺伝子は8細胞期に起こる細胞の極性確立に重要。その後の細胞の運命決定、胚盤胞の形成にも関与。　
12. ORAL PRESENTATION | OTHER: ART| VOLUME 94, ISSUE 4, SUPPLEMENT , S21, SEPTEMBER 2010 PDF [42 KB] Save Share Reprints Request Differential gene expression profiles between human embryo on day-3 and trophoblast cells on day-5: specific molecular signature S. Assou D. Haouzi F. Pellestor H. Dechaud J. De Vos S. Hamamah DOI:https://doi.org/10.1016/j.fertnstert.2010.07.082　https://www.fertstert.org/article/S0015-0282(10)01187-8/fulltext
13. Tight junction biogenesis during early development　2008年レビュー論文　https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0005273607003562
14. Development . 2004 Dec;131(23):5817-24. doi: 10.1242/dev.01458. Epub 2004 Nov 3. Stabilization of beta-catenin in the mouse zygote leads to premature epithelial-mesenchymal transition in the epiblast　https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15525667/
15. 15 SEPTEMBER 2004 Maternal β-catenin and E-cadherin in mouse development Wilhelmine N. de Vries, Alexei V. Evsikov, Bryce E. Haac, Karen S. Fancher, Andrea E. Holbrook, Rolf Kemler, Davor Solter, Barbara B. Knowles Author and article information Development (2004) 131 (18): 4435–4445.　https://journals.biologists.com/dev/article/131/18/4435/42290/Maternal-catenin-and-E-cadherin-in-mouse
16. Regulation of cell adhesion during embryonic compaction of mammalian embryos: roles for PKC and beta-catenin C M Pauken 1, D G Capco Mol Reprod Dev . 1999 Oct;54(2):135-44. doi: 10.1002/(SICI)1098-2795(199910)54:2<135::AID-MRD5>3.0.CO;2-A.　https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10471473/

参考

aPKC

1. Inactivation of aPKCλ Reveals a Context Dependent Allocation of Cell Lineages in Preimplantation Mouse Embryos Nicolas Dard ,Tran Le,Bernard Maro,Sophie Louvet-Vallée Published: September 21, 2009 https://doi.org/10.1371/journal.pone.0007117 https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0007117

カテニンの細胞接着における役割

• Cadherins：single transmembrane domain glycoproteins that mediate calcium-dependent cell–cell adhesion via homophilic interactions
• The intracellular domain of E-cadherin associates with a protein family collectively termed catenins.
• β-catenin and γ-catenin (plakoglobin) interact directly with E-cadherin’s COOH-terminal domain in a mutually exclusive way, and both proteins associate with α-catenin, which links the cadherin complexes to the actin cytoskeleton and mediates stable cell adhesion.
• p120ctn is another catenin family member, which binds to the cytoplasmic juxtamembrane portion of E-cadherin and influences E-cadherin clustering and adhesive strength.

カテニンのwntシグナリングにおける役割

• wnt不在のとき：細胞質β-cateninは axin/conductinやadenomatous polyposis coli tumor suppressor proteinと複合体をつくり、 glycogen synthase kinase 3βによってN末がリン酸化を受けておりプロテオソームによる分解を受ける。
• wntが受容体frizzledに結合すると、一連のシグナル経路によってglycogen synthase kinase 3βによるβ-cateninリン酸化が抑制され、β-cateninは安定化。
• 安定化したβ-cateninは、high mobility group (HMG) box転写因子であるlymphoid enhancer binding factor (LEF)-1/T cell factor (TCF) ファミリーと結合する.
• 核内β-catenin–LEF/TCF複合体はhistone acetylase p300/CBPなどのコアクチベーターと結合して、TATA-binding protein TBPの発現を促進したり, groucho-related gene 5 などとの結合により遺伝子発現を抑制したりする。

（とある論文のイントロ部分のまとめ）

1. OCT4 Coordinates with WNT Signaling to Pre-pattern Chromatin at the SOX17 Locus during Human ES Cell Differentiation into Definitive Endoderm　Stem Cell Reports. 2015 Oct 13; 5(4): 490–498. Published online 2015 Sep 24. doi: 10.1016/j.stemcr.2015.08.014 PMCID: PMC4624996 PMID: 26411902
2. The E-Cadherin and N-Cadherin Switch in Epithelial-to-Mesenchymal Transition: Signaling, Therapeutic Implications, and Challenges　Cells. 2019 Oct; 8(10): 1118. Published online 2019 Sep 20. doi: 10.3390/cells8101118 PMCID: PMC6830116 PMID: 31547193 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6830116/　

その他の参考

1. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0925477300004160
2. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0012160607013991

Life Unfoldingを読んでいたら、初期発生の話でマウスでの知見が紹介されていました。その中で、anterior visceral endoderm (AVE)という言葉が出てきて、知らなかったので論文などをメモっておきます。

マウスの内胚葉形成

カエルの発生の場合、内胚葉といえばもともとの卵の内側の部分に由来するものでした。しかしマウスの発生においては事情がかなり異なります。将来外肺葉になるepiblast細胞が細胞移動した結果内胚葉や中胚葉ができるのです。また、哺乳類の胚は、胎盤が形成されるため、胚内中胚葉と胚外中胚葉といった具合に、胚内（胚そのものの部分のこと）と胚外（羊膜、絨毛膜、胎盤など）との区別が大事になります。

人とマウスとの違いも大事です。マウスでは初期の胚の形が「カップ状」(egg cylinderと呼ばれる）ですが、人間の場合は平たんな2層の円盤(bilaminar diskと呼ばれる）です。

• The terminology of “endoderm” is confusing for the mouse, where first, the layer of extraembryonic tissues covering the epiblast is also termed endoderm, and second, the endoderm is initially the outermost germ layer of the embryo due to an “inside-out” arrangement of germ layers.　内胚葉という呼称が混乱を招きやすい理由２つ
• The extraembryonic “endoderm” surrounding the early epiblast is the visceral endoderm and it is derived from the inner cell mass of the blastocyst
• The epiblast of the mouse embryo contains the precursors of the definitive endoderm 内胚葉の細胞の起源は、エピブラスト細胞
• The epiblast of the mouse embryo is a cup-shaped epithelial layer covered on its basal surface by the visceral endoderm.　カップ状の形状
• After egression from the primitive streak, definitive endoderm cells are incorporated into the pre-existing epithelium, the visceral endoderm.　内胚葉細胞は置き換えが起きる

マウス初期胞胚がエッグシリンダーの形状をとることについて：人間との違い

Mice go through egg cylinder stages of development, whereas primates form a bi-laminar disc.

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcell.2024.1386739/full

New paper by the Zernicka-Goetz group shows that cross-talk between the embryonic epiblast and the extraembryonic trophectoderm orchestrates the transformation of the blastocyst to the egg cylinder

https://www.pdn.cam.ac.uk/news/morphogenesis-of-extra-embryonic-tissues-directs-the-remodelling-of-the-mouse-embryo-at-implantation

1. Modeling Mammalian Commitment to the Neural Lineage Using Embryos and Embryonic Stem Cells REVIEW article Front. Physiol., 11 July 2019 Sec. Developmental Physiology Volume 10 – 2019 | Each blastomere is totipotent and expresses genetic markers of the future pluripotent inner cell mass (ICM) (e.g., Oct4, Nanog and Rex1) as well as extraembryonic lineages (e.g., Gata6 and Sox17) (Figure 1; Medvedev et al., 2008; Toyooka et al., 2008; Kellner and Kikyo, 2010; Niakan et al., 2010; Wamaitha et al., 2015). 　At 5.5 dpc the embryo is known as the egg cylinder.

前方臓側内胚葉　anterior visceral endoderm (AVE)とは

A–P polarity is established in the mouse embryo when the distal visceral endoderm (DVE) migrates toward the future anterior side at embryonic day (E) 5.5 (refs. ^2,3,4,5,6,7). Concomitant with DVE migration, all visceral endoderm (VE) cells in the embryonic region undergo global movement, resulting in the localization of some VE cells at the distal tip of the embryo. These VE cells at the distal tip will become the anterior visceral endoderm (AVE) and migrate toward the future anterior side of the embryo by following the migration of DVE⁸.

Both Nodal signalling and stochasticity select for prospective distal visceral endoderm in mouse embryos　Nature Communications　Published: 14 November 2017 https://www.nature.com/articles/s41467-017-01625-x

Nodal signaling from the visceral endoderm is required to maintain Nodal gene expression in the epiblast and drive AVE migration Dev Biol. 2015 Apr 1; 400(1): 1–9. doi: 10.1016/j.ydbio.2014.12.016  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4806383/

1. Role of the anterior visceral endoderm in restricting posterior signals in t he mouse embryo February 2001The International Journal of Developmental Biology 45(1):311-20 February 200145(1):311-20  https://www.researchgate.net/publication/12041905_Role_of_the_anterior_visceral_endoderm_in_restricting_posterior_signals_in_the_mouse_embryo

遠位臓側内胚葉　distal visceral endoderm (DVE)とは

• マウス胚前後方向を決定する遠位臓側内胚葉の標識遺伝子Hex遺伝子
• 別の遠位臓側内胚葉の標識遺伝子であるLefty1遺伝子
• 遠位臓側内胚葉は受精後4.0日胚においてすでに運命決定している
• 遠位臓側内胚葉と前方臓側内胚葉とは異なる細胞系譜
• 遺伝的な除去実験　遠位臓側内胚葉は前後方向を決定する役割　頭部を誘導する前方臓側内胚葉を前側へとガイド

https://first.lifesciencedb.jp/archives/2913

• Nodal (a secreted member of the TGF-β superfamily) is required for DVE formation
• Bone morphogenetic proteins (BMPs) (secreted ligands of the TGF-β superfamily ): potential regulators of A-P patterning.
• In the mouse embryo, anterior identity is established in the extraembryonic endoderm before formation of the primitive streak
• BMP signaling might regulate formation of the A-P axis, DVE in particular.

https://rupress.org/jcb/article/184/2/323/54037/Antagonism-between-Smad1-and-Smad2-signaling

分子シグナル

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0012160604005871