「リガンド分子事件」は、日本の特許法において非常に重要な「差止請求権（特許法100条）」に関するリーディングケース（重要な判決）です。この事件は、特に「専用実施権を設定した後の特許権者に、差止請求権が残っているか？」という論点で知られています。

1. 事件の概要

• 正式名称： 最高裁平成17年6月17日判決（平成16年(受)第997号）

• 発明の内容： 「生体高分子・リガンド分子安定複合体構造の探索方法」という、コンピュータを用いた創薬支援プログラムに関する特許です。

• 争点： 特許権者が、第三者に対して専用実施権（100%独占的なライセンス）を設定している場合、その特許権者自身はもう差止請求（100条1項）をすることができないのではないか？という点が争われました。

2. なぜこれが問題になったのか？

特許法には、以下の2つの条文の間に「矛盾」とも取れる関係がありました。

• 特許法68条ただし書： 「専用実施権を設定したときは、特許権者はその範囲内で発明を実施することができない」

  • → つまり、特許権者自身もその発明を使えない状態。

• 特許法100条1項： 「特許権者は、自己の特許権を侵害する者に対し、侵害の停止又は予防を請求することができる」

  • → 自分では実施できない（＝損害が出にくい）はずの特許権者に、差し止める権利があるのか？

3. 最高裁の判断

最高裁は、「専用実施権を設定した特許権者であっても、差止請求権を行使できる」と明解に判断しました。

判断の主な理由

1. 文言上の解釈： 100条1項には「特許権者は〜」と明記されており、専用実施権の設定によってその権利を失うという規定はない。

2. 実質的な利益： 特許権者は、侵害者がいなくなれば、専用実施権者から入る実施料（ロイヤリティ）が増える可能性がある。また、将来的にライセンスが終わった際、市場が侵食されていると困るため、侵害を止める現実的な利益がある。

4. 100条2項（廃棄請求）との関連

質問された「100条に関連して」という点では、この事件は100条1項（差止）がメインですが、実務上は100条2項（侵害の予防に必要な行為＝廃棄請求など）の解釈にも影響します。

特許法第100条2項

「特許権者は、前項の規定による請求（差止）をするに際し、侵害の行為を組成した物の廃棄、侵害の行為に供した設備の除却その他の侵害の予防に必要な行為を請求することができる。」

このリガンド分子事件で差止請求が認められたことにより、特許権者は単に「やめろ」と言うだけでなく、侵害プログラムが保存されたメディアの廃棄なども（100条2項に基づいて）併せて請求できることが確定しました。

まとめ：ここを覚えよう！

知的財産管理技能検定や弁理士試験などの勉強において、「リガンド分子事件」と言われたら以下のセットで覚えておくと完璧です。

この判決があるおかげで、企業がライセンスビジネスを行っている最中でも、特許権者自らが侵害者を訴えてブランドや市場を守ることができるようになっています。