カエルの発生学で分子シグナルが詳細に調べられてきましたが、それらの分子がマウス胚でも同様の働きをもつのかどうかの情報の整理が大変です。

Goosecoid

1. Goosecoid Regulates the Neural Inducing Strength of the Mouse Node　Developmental Biology Volume 216, Issue 1, 1 December 1999, Pages 276-281
2. Gastrulation in the mouse: the role of the homeobox gene goosecoid　M Blum, SJ Gaunt, KWY Cho, H Steinbeisser, B Blumberg, D Bittner, EM De Robertis　Cell, 1992 本文有料
3. TGIF1 and TGIF2 regulate Nodal signaling and are required for gastrulation. 　January 2010Development 137(2):249-59 DOI:10.1242/dev.040782　https://www.researchgate.net/figure/Regulation-of-goosecoid-expression-by-Tgifs-AEmbryos-of-the-indicated-ages-and_fig6_40812258　
   (C)Expression of goosecoid　in 8.0 dpc embryos of the indicated genotypes　was analyzed by in situ hybridization.　(D)Sections through the embryos in C.

   Cがgoosecoidの発現。nodeに局在していることがわかります。

Chordin

下の図でaがchordinのin situ hybridazation （ｍRNAの局在）です。bcはnoggin遺伝子の発現。chordinは原始線条の前側で発現しはじめて原始結節に局在したと本文で説明されていますが、図には向きなどの記載がなくわかりにくいです。Chordin遺伝子をのノックアウトしても表現型は意外なくらいマイルド（図efg）なようです。

The organizer factors Chordin and Noggin are required for mouse forebrain development　Nature volume 403, pages658–661 (2000)　10 February 2000 　https://www.nature.com/articles/35001072

wntシグナリング分子

https://www.semanticscholar.org/paper/Wnt-signalling-in-mouse-gastrulation-and-anterior-Arkell-Fossat/1ebceb654e1ea878ac1bd663735be63e1a14a0fb

Canonical Wnt Signaling and Its Antagonist Regulate Anterior-Posterior Axis Polarization by Guiding Cell Migration in Mouse Visceral Endoderm Developmental Cell Volume 9, Issue 5, November 2005, Pages 639-650 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1534580705003734

最近の総説&原著論文

1. In vitro modelling of anterior primitive streak patterning with human pluripotent stem cells identifies the path to notochord progenitors　Posted April 22, 2024.　bioRxiv　https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.01.543323v3.full
2. Recent advances in understanding cell types during human gastrulation　Semin Cell Dev Biol. 2022 May 21;131:35–43. doi: 10.1016/j.semcdb.2022.05.004 https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7615356/
3. The Organizer and Its Signaling in Embryonic Development　J Dev Biol. 2021 Nov 1;9(4):47. doi: 10.3390/jdb9040047 　https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8628936/　MDPI誌オープンアクセス論文
4. Mesoderm induction and patterning: insights from neuromesodermal progenitors　Semin Cell Dev Biol. 2021 Nov 25;127:37–45. doi: 10.1016/j.semcdb.2021.11.010
5.  A gene regulatory program controlling early Xenopus mesendoderm formation: network conservation and motifs　　Semin Cell Dev Biol. 2017 Mar 22;66:12–24. doi: 10.1016/j.semcdb.2017.03.003
6. Vertebrate Axial Patterning: From Egg to Asymmetry　Adv Exp Med Biol. 2017;953:209–306. doi: 10.1007/978-3-319-46095-6_6 　https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6550305/

人間の体は外側から見ると一見、左右対称ですが体の中を見ると、心臓が左側にあり、肝臓は右側にあります。肺の枝の分岐パターンにも左右で違いがあります。これらの左右の違いは、いつ、どのように生じたのでしょうか？

Relationship between asymmetric nodal expression and the direction of embryonic turning　Published: 09 May 1996  Jérôme Collignon, Isabella Varlet & Elizabeth J. Robertson Nature volume 381, pages155–158 (1996)

マウスの胚における非対称な nodal 発現は、心臓のループ方向と胚の回転と相関しており、左右の体軸経路が脊椎動物で保存されていることを示しています。

ニュークープセンターは、オーガナイザーを誘導するセンターという概念です。カエルの胞胚の時期にアニマルキャップと植物極側とに分けて、くっつけて培養したおｔきにアニマルキャップ（外胚葉）から中胚葉が誘導されたことから生じた概念です。

したのレビュー論文は非常に網羅的で、かつ、歴史的な経緯や解釈が詳しくて勉強になります。

　

Molecular specification of germ layers in vertebrate embryos 14 December 2015 Cellular and Molecular Life Sciences  Volume 73, pages 923–947, (2016)　https://link.springer.com/article/10.1007/s00018-015-2092-y

1. The organization center of the amphibian embryo: its origin, spatial organization, and morphogenetic action P D Nieuwkoop PMID: 4581327 DOI: 10.1016/b978-0-12-028610-2.50005-8　Adv Morphog . 1973:10:1-39. doi: 10.1016/b978-0-12-028610-2.50005-8.

β－カテニン

Fig. 1. (A) A secondary axis can be induced in developing Xenopus embryos by injection of RNA encoding β-catenin into a ventral cell of 4-cell stage embryos. Ventral cells are usually distinguished by their larger size and darker pigment compared to dorsal cells. For detailed methods see (Kuhl and Pandur, 2008a). (B) The duplicated axis is visible in neurula stage embryos within 2 days of injection. Embryos in these images have undergone in situ hybridisation for neuralβ-tubulin to illustrate the bilateral stripes of primary neurons and trigeminal　https://www.researchgate.net/publication/272524241_An_oncologist%27s_friend_How_Xenopus_contributes_to_Cancer_research/figures

シングルセル解析は強力な手段です。発生学研究におけるゲームチェンジャーとも言えそうです。

Published: 14 March 2022 Systematic reconstruction of cellular trajectories across mouse embryogenesis　Nature Genetics volume 54, pages328–341 (2022)　https://www.nature.com/articles/s41588-022-01018-x

Leftyの発見

1. Left-right asymmetric expression of the TGF beta-family member lefty in mouse embryos C Meno 1, Y Saijoh, H Fujii, M Ikeda, T Yokoyama, M Yokoyama, Y Toyoda, H Hamada　Nature . 1996 May 9;381(6578):151-5. doi: 10.1038/381151a0.　https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/8610011/　本文有料

総説

1. Molecular and cellular basis of left–right asymmetry in vertebrates Hiroshi HAMADA　Proceedings of the Japan Acade …/Volume 96 (2020) Issue 7/Article overview/Full view Reviews　PDF　https://www.jstage.jst.go.jp/article/pjab/96/7/96_PJA9607B-04/_pdf/-char/en

Lefty-1とLefty-2の違い

文献によってLeftyと総称されていたり、Lefty-1の局在が左側のみだったり正中線上だけだったり相違があるのはなぜでしょうか。アミノ酸配列や塩基配列が似ているため、どちらを検出しているかが見分けにくいためなのかもしれません。

1995年から1996年にかけてNodal遺伝子（TGFβスーパーファミリーに属する分泌蛋白）及びLefty1/2遺伝子（NODALのアンタゴニストである分泌蛋白）の胚における左右非対称な発現が発見され　https://jpccs.jp/10.9794/jspccs.33.349/data/index.html

1. Developmental Biology Volume 256, Issue 1, 1 April 2003, Pages 161-173 Developmental Biology Regular article Left–right patterning of the mouse lateral plate requires nodal produced in the node Author links open overlay panel Yukio Saijoh a , Shinya Oki a , Sachiko Ohishi a , Hiroshi Hamada a　https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0012160602001215

下の報告書の図だと、Lefty1は左に局在していません。？

戦略的創造研究推進事業 ＣＲＥＳＴ 研究領域「生物の発生・分化・再生」 研究課題「形態の非対称性が生じる機構」 研究終了報告書　研究期間 平成12年11月～平成17年10月 研究代表者：濱田 博司 （大阪大学大学院生命機能研究科、教授）

論文Multiple left-right asymmetry defects in Shh2/2 mutant mice unveil a convergence of the Shh and retinoic acid pathways in the control of Lefty-1　　の図でもLefty-1は正中線上にしか局在していません。論文の記述（下）をよくよく読んだら、Lefty-1は将来floor plate（神経管の底板）になるところの左側に局在しているのだそうです。弱拡大の写真だとよくわかりませんでした。

In the mouse, Lefty-1 is predominantly expressed in the left prospective floor plate, whereasLefty-2 is expressed more strongly in the left LPM. In Lefty-12/2 mouse embryos, Nodal, Lefty-2, and Pitx2 are ectopicallyexpressed on the right side (4).
(2) (PDF) Multiple Left-Right Asymmetry Defects in Shh-/- Mutant Mice Unveil a Convergence of the Shh and Retinoic Acid Pathways in the Control of Lefty-1. Available from: https://www.researchgate.net/publication/12800556_Multiple_Left-Right_Asymmetry_Defects_in_Shh–_Mutant_Mice_Unveil_a_Convergence_of_the_Shh_and_Retinoic_Acid_Pathways_in_the_Control_of_Lefty-1

Lefty-1とLefty-2の発現場所の違いに関しては下の図がわかりやすいです。

臓器錯位症候群の発生機序 八代 健太1，宮川 繁2,3，澤 芳樹3 1 大阪大学大学院医学系研究科心臓再生医療学共同研究講座 2 大阪大学大学院医学系研究科先進幹細胞治療学共同研究講座 3 大阪大学大学院医学系研究科心臓血管外科学 発行日：2017年9月1日　日本小児循環器学会雑誌　https://jpccs.jp/10.9794/jspccs.33.349/data/index.html

Shhの役割

1. FGF-induced vesicular release of Sonic hedgehog and retinoic acid in leftward nodal flow is critical for left–right determination Yosuke Tanaka, Yasushi Okada & Nobutaka Hirokawa Nature volume 435, pages172–177 (2005)　Published: 12 May 2005
2. Multiple left-right asymmetry defects in Shh2/2 mutant mice unveil a convergence of the Shh and retinoic acid pathways in the control of Lefty-1 Proc. Natl. Acad. Sci. USAVol. 96, pp. 11376–11381, September 1999https://www.researchgate.net/publication/12800556_Multiple_Left-Right_Asymmetry_Defects_in_Shh–_Mutant_Mice_Unveil_a_Convergence_of_the_Shh_and_Retinoic_Acid_Pathways_in_the_Control_of_Lefty-1

結局 shh → Lefty-1 → Lefty-2, Nordal → Pitx2 → 下流の出来事 という図式でしょうか。

そもそもの非対称性の出現メカニズム

左側のみで初期に発現する遺伝子が見つかったので、その遺伝子が左右差をつくるんだという理解でいいかというと、そもそもその遺伝子発現の差はどうやって生まれたのか？という疑問に答得られていません。

「左右の対称性は最初にいかにして破られるのか？」、「Nodal やLefty の非対称な発現は、どのようにしてもたらされる？」という根本的な問題はいまだに解決されていない。

戦略的創造研究推進事業 ＣＲＥＳＴ 研究領域「生物の発生・分化・再生」 研究課題「形態の非対称性が生じる機構」 研究終了報告書　研究期間 平成12年11月～平成17年10月 研究代表者：濱田 博司 （大阪大学大学院生命機能研究科、教授）

左右の非対称性が生じるメカニズムに関する数々の疑問

５年間の目標として掲げたことのなかでも、とくに以下の問題に重点を置いた。

1. 左右の対称性が破られる機構：とくに、ノード流は左右を決めているのか？ 繊毛の回転運動からなぜ左向きの水流が生じる？ という問題。
2. ノードで生じた非対称なシグナルは、どのようにして側板へ伝わる？
3. Nodal, Lefty タンパク質の分泌後の挙動：とくに、分泌後のタンパク質を可視化し、その拡散速度・拡散様式や分解・安定性を観察すること。
4. 左右決定に関する実験データを再現できる数理モデルを構築し、in vivo の現象の裏にある原理を予測する。
5. 前後が決定される機構、とくに細胞移動の制御機構を解明すること。

戦略的創造研究推進事業 ＣＲＥＳＴ 研究領域「生物の発生・分化・再生」 研究課題「形態の非対称性が生じる機構」 研究終了報告書　研究期間 平成12年11月～平成17年10月 研究代表者：濱田 博司 （大阪大学大学院生命機能研究科、教授）

四肢の形成の分子シグナル

ニワトリ胚を使った実験で、FGF4産生細胞を脇腹（本来四肢が生じない場所）に移植すると、そこにエキストラの肢芽が生えてきて脚になるということが示されています。

1. An Additional Limb Can Be Induced from the Flank of the Chick Embryo by FGF4 Biochemical and Biophysical Research Communications Volume 209, Issue 3, 26 April 1995, Pages 809-816

肢芽 limb budの細胞は上皮間葉転換によって生じた間葉系細胞か

consensus.aiに訊いてみました。

The formation of vertebrate limb buds is a critical process in developmental biology, involving the transformation of specific cells to initiate limb development. This process is believed to be driven by epithelial-to-mesenchymal transition (EMT), where epithelial cells convert into mesenchymal cells, which are more migratory and capable of forming the limb structure.

Key Insights

• Localized EMT Initiates Limb Bud Formation:
  • Limb buds form through a localized EMT of the coelomic epithelium within the presumptive limb fields, regulated by genes such as Tbx5 and Fgf101 2.
  • The mesenchymal limb progenitors arise specifically from this EMT process, rather than from differential cell proliferation1 2.
• Role of Lateral Plate Mesoderm (LPM):
  • The somatic LPM undergoes EMT to produce mesenchymal cells that contribute to limb bud formation. This process is driven by transcriptional regulators like PRRX1 and TWIST1, although further functional data are needed to fully understand these mechanisms2.
• Epithelial-Mesenchymal Interactions:
  • Limb bud development involves interactions between the mesenchymal cells of the lateral plate mesoderm and the overlying ectodermal cells, highlighting the importance of epithelial-mesenchymal interactions in early morphogenesis4 5.
• In Vitro Limb Bud Formation:
  • Limb bud-like tissues can be induced from murine pluripotent stem cells in vitro, demonstrating the potential to recreate the mesenchymal/epithelial complex tissues necessary for limb development3.

Conclusion

The origin of limb buds is indeed mesenchymal cells derived from epithelial-to-mesenchymal transition. This process is initiated by localized EMT in the coelomic epithelium and the somatic lateral plate mesoderm, regulated by specific genes and involving critical epithelial-mesenchymal interactions. These findings underscore the fundamental role of EMT in the early stages of limb bud formation.

1. Vertebrate Limb bud formation is initiated by localized Epithelial to Mesenchymal Transition Jerome Gros 1,#, Clifford J Tabin　Science. 2014 Mar 14;343(6176):1253–1256. doi: 10.1126/science.1248228 https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4097009/

遺伝子発現やクロマチンの話で、H3K4me3というものをしばしば見かけますが、これは何を意味するのでしょうか？

consensus.appに訊いてみました。

ヒストン修飾は、遺伝子発現の調節において重要な役割を果たします。特に、ヒストンH3のリジン4のトリメチル化（H3K4me3）とリジン27のトリメチル化（H3K27me3）は、遺伝子の活性化と抑制に関連しています。本分析では、これらの修飾が遺伝子発現にどのように影響を与えるかについての研究結果をまとめます。

主要な研究結果

• H3K4me3は遺伝子活性化、H3K27me3は遺伝子抑制に関連
  • H3K4me3は遺伝子の転写開始部位に存在し、遺伝子の活性化に関連している1 2 5 7。
  • H3K27me3は遺伝子の抑制に関連し、特に発生過程や幹細胞の分化において重要な役割を果たす1 2 5 7 9。
• H3K4me3とH3K27me3のバランスが遺伝子の「ポイズド」状態を維持
  • H3K4me3とH3K27me3の両方が同時に存在する「バイバレンシー」は、遺伝子が「ポイズド」状態にあることを示し、発生や分化のシグナルを受け取ると遺伝子の活性化または抑制が起こる2 6。
• 発生過程におけるH3K4me3とH3K27me3の動的変化
  • 発生初期の胚では、H3K4me3が迅速に再構築され、H3K27me3は遅れて再構築される1 5。
  • H3K27me3は、特定の組織や細胞タイプにおいて遺伝子の抑制を動的に調節し、分化過程で特定の遺伝子の発現を許可する10。
• がんにおけるH3K4me3とH3K27me3の役割
  • 前立腺がんでは、H3K4me3とH3K27me3のエピジェネティックなスイッチが遺伝子発現の変化と関連している3。

結論

H3K4me3は遺伝子の活性化に、H3K27me3は遺伝子の抑制に関連しています。これらの修飾は、発生や分化、がんなどのさまざまな生物学的プロセスにおいて重要な役割を果たします。特に、H3K4me3とH3K27me3のバランスが遺伝子の「ポイズド」状態を維持し、適切なシグナルを受け取ると遺伝子の活性化または抑制が起こることが示されています。

転写が活性化される場合に、ヒストンH3の中に多数含まれるリジンのうちの4番めのリジンがトリメチル化（H3K4me3）されます。

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1097276514002044

逆に、転写が抑制される場合に、ヒストンH3の中に多数含まれるリジンのうちの27番めのリジンがトリメチル化（H3K27me3）されます。

下の論文の纏めの模式図は、逆みたいなので、生物種や文脈で異なるのかもしれません。

https://www.researchgate.net/publication/266084583_Poised_chromatin_in_the_mammalian_germ_line/figures?lo=1

K4は4番目のアミノ酸残基という意味ではありません。4番目のリジンという意味です。アミノ酸の配列を見てみましたが、確かに4番めのアミノ酸残基はリジンではありませんでした。

遺伝子発現の制御機構は結構複雑なようです。

植物を用いた研究から、真核生物に広く保存されたヒストン修飾であるH3K9メチル化が、これまでの常識に反して転写の抑制のみならず促進する機能を持つことを明らかにしました。　https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/10403/

1. ヒストンH3（ウィキペディア）
2. Histone H3 lysine 4 methylation is mediated by Set1 and required for cell growth and rDNA silencing in Saccharomyces cerevisiae　doi: 10.1101/gad.940201 Genes & Dev. 2001. 15: 3286-3295　https://genesdev.cshlp.org/content/15/24/3286.long
3. Strahl B.D., Ohba R., Cook R.G., Allis C.D.(1999) Methylation of histone H3 at lysine 4 is highly conserved and correlates with transcriptionally active nuclei in Tetrahymena. Proc. Natl. Acad. Sci. 96:14967–14972.　https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.96.26.14967

cDNAとは、mRNAを鋳型として逆転写酵素により合成したDNA（一重鎖）のことです。cDNAはcomplemantary DNA to mRNAという意味です。通常、実験するうえでcDNAを一重鎖のままにしておくことはなく、cDNAを鋳型としてDNA合成酵素を働かせて二重鎖を得ます。そうしないと、増やしたりできないので。最初につくった一本鎖のcDNAはアンチセンス鎖ですが、それを鋳型にして二重鎖にするために合成した方は、センス鎖になります。cDNAクローニングの論文で示される塩基配列は、センス鎖の塩基配列です。cDNAはmRNAを鋳型にして作った一本鎖DNAという言い方を見ると、論文でcDNA配列といったときの配列とは逆になるのでは？という疑問が湧いて、混乱を招きそうです。そのあたりを、ハッキリさせておきます。

ChatGPTに説明してもらいました。

cDNA is initially single-stranded after it is synthesized from mRNA, and there’s a subtle distinction when considering single- and double-stranded DNA.

Here’s a more precise breakdown of what happens:

1. Single-stranded cDNA:
   • cDNA is synthesized from the mRNA template by reverse transcriptase, making it complementary to the mRNA. Since mRNA is complementary to the anti-sense (template) strand of genomic DNA, the single-stranded cDNA is complementary to the mRNA, which essentially makes it analogous to the anti-sense strand of genomic DNA.
2. Double-stranded cDNA:
   • If the cDNA is made into a double-stranded molecule (which is often the case in practical applications), then the second strand is synthesized to be complementary to the first (single-stranded) cDNA. This newly synthesized strand is now complementary to the cDNA and, as a result, matches the sequence of the original mRNA (or the sense strand of genomic DNA).

Thus, when cDNA is single-stranded, it is effectively the anti-sense strand (complementary to mRNA). However, once you make it double-stranded, the complementary strand matches the sense strand of the original genomic DNA.

Summary:

• Single-stranded cDNA corresponds to the anti-sense strand of the genomic DNA.
• When cDNA becomes double-stranded, the newly synthesized second strand is the sense strand, which matches the original genomic DNA’s sense strand (with T instead of U).

通常、cDNA合成というときは、 first-strand synthesis, second-strand synthesisといった言い方をします。そのあたりをChatGPTに説明してもらいました。