研究医のキャリア形成 留学

 

自分は理学系の基礎研究で海外留学しましたが(ポスドクとして)、臨床医が海外留学するときの考え方も共通点が多いということが、下の記事を読んでわかりました。自分の考えと特に近い内容を記事から紹介します。

  • 臨床医が研究する理由 ①標準治療を理解し適用することは大切だが、われわれはエビデンスを使うだけでなく創出する側でもある ②正しいと信じて行っている医療が本当に最善か検証する必要がある
  • 論文を書く理由 学会発表と論文の間には大きな差があり、研究を論文と残して初めて1つの科学的根拠として残る
  • 海外留学する理由 世界中に横のつながりができる
  • 留学先の選び方 ①研究メイン or 臨床メイン ②最先端のテクノロジーを学びたいか否か ③ポジションおよび給料(ポスドク or フェロー) ④専門的に学びたいものがある―ない
  • 留学先の研究テーマ選び 上司はやってほしいと思っているが、誰もがやりたがらない面倒な解析や仕事は次につながる可能性

後悔なきキャリア形成のために伝えたいこと 2021年07月20日 05:10 MedicalTribune

認知症の検査 MMSE、長谷川式簡易知能評価スケール

 

 

  1. 認知症スクリーニング検査「MMSE」とは? LIFULL MMSEは正式名称を「Mini-Mental State Examination(ミニメンタルステート検査)」と言います。 認知症が疑われるときに行われる神経心理検査のひとつです。… 日本では、「改訂版長谷川式簡易知能評価スケール(HDS-R)」がよく使われていて、その質問内容のいくつかはMMSEと似ています。

一事例(single-case)研究法およびSingle-subject research

一事例(single-case)研究法に関するレビュー論文

  1. Single-Case Design, Analysis, and Quality Assessment for Intervention Research. Lobo et al., J Neurol Phys Ther. 2017 Jul; 41(3): 187–197. doi: 10.1097/NPT.0000000000000187 PMCID: PMC5492992 NIHMSID: NIHMS870756 PMID: 28628553 Single-case (SC) studies have been identified by a variety of names, including “n of 1 studies” and “single-subject” studies. The term “single-case study” is preferred over the previously mentioned terms because previous terms suggest these studies include only one participant. In fact, as will be discussed below, for purposes of replication and improved generalizability, the strongest SC studies commonly include more than one participant. … In SC studies, measurements of outcome (dependent variables) are recorded repeatedly for individual participants across time and varying levels of an intervention (independent variables).

 

一事例(single-case)研究法に関するウェブリソース

  1. SINGLE CASE DESIGN BRIEF Single case design (SCD), often referred to as single subject design, is an evaluation method that can be used to rigorously test the success of an intervention or treatment on a particular case (i.e., a person, school, community) and to also provide evidence about the general effectiveness of an intervention using a relatively small sample size. … One of the most notable features of SCD research is that each case serves as its own control, therefore eliminating the need for a control group condition typically required of experimental designs. Specifically, the baseline period serves as the control, which can then be compared to the period after and/or during the intervention phase that follows.

 

一事例(single-case)研究法に関する書籍

  1. Stephen Morley著 Single Case Methods in Clinical Psychology: A Practical Guide  2017/12/12
  2. David Barlow, Matthew Nock, Michael Hersen 著 Single Case Experimental Designs: Strategies for Studying Behavior Change 2008/2/26
  3. マイケル・ハーセン、 デーヴィド・H.バーロー『一事例の実験デザイン―ケーススタディの基本と応用 』1997/12/1

 

Single-subject research

  1. Single-Subject Research Designs Chapter 10: Single-Subject Research RESEARCH METHODS IN PSYCHOLOGY – 2ND CANADIAN EDITION
  2. Single-subject design (Wikipedia)

解析事例

  1. 単一事例実験データを変化点検出モデルで解析 2018/12/19 10人のうつ病患者に対する介入の効果

ジャーナル自身が自己引用することによるインパクトファクターの押し上げ

MDPI社が発行するジャーナルSustainabilityのセルフサイテーションがひどいという論文をみかけました。

ジャーナル自身が自己引用することによるインパクトファクターの押し上げ

Journal Impact Factor = Citations in 2020 to items published in 2018 and 2019  / Number of citable items in 2018 and 2019

=  (18,186+20,818) /(4,815 +7,184)

= 39,004 / 11,999 = 3.251

Journal Impact Factor without self cites =(Citations in 2020 to items published in 2018 and 2019 − Self Citations in 2020 to items published in 2018 and 2019 ) / Number of citable items in 2018 (4,815) and 2019 (7,184)

= (18,186+20,818) – (4,066+6,677) / (4,815 + 7,184)

=(39,004 − 10,743)/11,999=2.355

(jcr.clarivate.com)

上の例でみると、10745/39004 = 27.5%がセルフサイテーションになっています。これによってインパクトファクターが押し上げられているわけですね。

  1. Sustainability (MDPI) 2020 JOURNAL IMPACT FACTOR 3.251

MDPI社の別の雑誌INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCESで同様にみてみると、

2020 JOURNAL IMPACT FACTOR 5.923

JOURNAL IMPACT FACTOR WITHOUT SELF CITATIONS 5.356

とやはりセルフサイテーションの有無で大きな差があります。2年分の引用数61,237のうち自己引用が5,865件で、割合でいえば、9.6%になります。Sustainability誌ほどではないですが、IJMSも引用件数およそ10%がセルフの引用なんですね。他の出版社のジャーナルの場合はどうなのかを見てみますと、nature communicationsの場合、

2020 JOURNAL IMPACT FACTOR 14.919

JOURNAL IMPACT FACTOR WITHOUT SELF CITATIONS 14.526

であまり大きな差はありません。2年間の引用数157,111のうち 4,134件がセルフ。割合は2.6%に過ぎません。やはりIJMSの10%は大きな数字だと思います。

状態空間モデル・階層ベイズ 

状態空間モデル・時系列解析・階層ベイズなどを解説したYOUTUBE動画

階層ベイズ&MCMC講義 (久保拓弥) 難易度★★ 2014/07/31 統計数理研究所

状態空間モデル・時系列解析などの教科書

  1. 赤池 弘次, 北川 源四郎 編『時系列解析の実際I(新装版) (統計科学選書)』2020/2/17  朝倉書店
  2. 島田 直希 『時系列解析: 自己回帰型モデル・状態空間モデル・異常検知 (Advanced Python) 』2019/9/7 共立出版 ARIMA、カルマンフィルタ・粒子フィルタ・HMM、ChangeFinderによる異常検知
  3. 萩原 淳一郎 ほか『基礎からわかる時系列分析 ―Rで実践するカルマンフィルタ・MCMC・粒子フィルター (Data Science Library) 』2018/3/23 技術評論社
  4. 久保拓弥『データ解析のための統計モデリング入門: 一般化線形モデル・階層ベイズモデル・MCMC』岩波書店、 2012  *買った
  5. 沖本 竜義『経済・ファイナンスデータの計量時系列分析 (統計ライブラリー) 』 2010/2/1  朝倉書店
  6. Jacques J.F. Commandeur, Sime Jan Koopman『状態空間時系列分析入門』2008/9/1
  7. James D. Hamilton『時系列解析〈上〉定常過程編 』2006/3/1 沖本 竜義, 井上 智夫 訳
  8. 北川 源四郎 『時系列解析入門』2005/2/24 岩波書店

統計モデルの教科書

  1. 松浦 健太郎『StanとRでベイズ統計モデリング (Wonderful R) 』 2016/10/25  良さげ
  2. Annette J.Dobson『一般化線形モデル入門 原著第2版』 2008/9/8 共立出版 1993年出版「統計モデル入門」の改訂版 *これはうちの図書館も所蔵。MUST READ

階層ベイズ法の実際の適用例

  1. 「階層ベイズ法」によるツキノワグマ生息数推定の批判的検討―状態空間モデルとの関連からの再考― 山上俊彦 2018年7月 日本福祉大学経済学部経済学科 Discussion Paper Series, DP-2018-01

状態空間モデル・時系列解析などウェブ記事等

  1. 時系列データを用いた広告効果測定の実際 2015年5月29日 JMRX勉強会[公開版] 青島弘幸 (株)ビデオリサーチ マーケティング事業推進局 猪狩良介 慶應義塾大学大学院経済学研究科/日本学術振興会特別研究員 スライドシェア
  2. SARIMAで時系列データの分析(PV数の予測)2018-05-08 kumilog.net

外勤とは?医師のアルバイトのこと

外勤(がいきん)というのは、医師が通常勤務している病院以外の病院にアルバイトとして行って診療することみたいです。民間の病院だったり街中で開業している病院に、週に一回近くの大学病院の先生が来てみてくださっているという状況が外勤ということだったんですね。

外勤とは

  • 外勤がいきん)。そもそもよくわからない制度ですよね。一言で言えば、医者のアルバイトです、えぇ。
  • 医者は他の職業と違い、アルバイトの方が常勤先よりも時給がよいという珍しい職業なのです。
  • 多くの医局では、名前は違えど、週に1日前後「研究日」とか「外勤日」とか言われる日を設けており、医師はその日を使ってバイトしたりしているわけです。

せのびぃ、初外勤で「違い」を実感 2014/04/16 日々是たぶん好日ナリ

 

  • 後期研修医は初期研修医とは異なり、アルバイトをすることが可能
  • このアルバイト代が後期研修医の収入を大きく占めている
  • 後期研修医のアルバイトとは、勤務先の病院以外での医療機関で働く「外勤」のこと

後期研修医は外勤やアルバイトもできる!その年収は? e-doctor

外勤先(アルバイト先)の見つけ方

ほとんどは医局で『あそこへ行って』と指示されます。バイト先は各大学ごとにシマがあって、たとえば順天堂のシマ、日本医大のシマというものがある。

患者にはとても言えない「病院の真実」後編 週刊現代

 

外勤のアルバイト収入の金額

  • 時給は、1万円〜です
  • 1回バイトに行くと8万~10万貰えるわけです

医者の給料 2018-03-28 外科医たっくのブログ

外勤の必要性について

東京女子医科大学が「研究日」を廃止

  1. スクープ!東京女子医大で医師100人超が退職 一方的な経営陣の方針に抗議の意思表示か  岩澤 倫彦 2021/04/20 6:20 東洋経済ONLINE

 

運動とストレスホルモンとの関係 上昇するのか減少するのか変化しないのか

運動するとコルチゾール(ストレスホルモン)が上昇するという記述を見かけて、驚きました。運動するとストレス解消になるというのが、よく一般的に言われることだと理解していたからです。

  • 有酸素トレーニングは、コルチゾール(ストレスホルモン)値を上昇させる。それで炎症が起こり、加齢が加速する。コルチゾール値が高まると、体内の酸化物質の量が増加する。この酸化物質が、脳、心臓、消化管、その他の器官の炎症を増大させる。
  • 2010年のある研究では、300人以上の持久性運動の選手(長距離走者、トライアスロン選手、自転車競技者)のコルチゾール値を調べ、非アスリート対照群と比較した。その結果として、有酸素運動競技者のコルチゾール値は対照群よりもかなり高く、この値の高さとトレーニング量の多さに明確な相関関係が認められた。
  • 2011年の研究では、健康で活動的な男子大学生に対する自転車こぎの影響を調べた結果、コルチゾール値と炎症マーカーがかなり増大することがわかった

出典:長距離の「有酸素運動」は脳を老化させる デイヴ・アスプリー 栗原百代:翻訳 2020.7.17 4:20

上の記事で紹介されていたスキームは、有酸素運動⇒コルチゾール上昇⇒酸化物質の量の増加⇒脳、心臓、消化管などで炎症が増大⇒加齢が加速 です。有酸素運動は体にとって良くないという内容で驚きました。

  1. シリコンバレー式超ライフハック 2020/7/2 ダイヤモンド社 デイヴ・アスプリー 著, 栗原 百代 訳
  2. 溜まったストレスは運動で解消するべき4つの理由 5/2(日) 12:08 シェア ウィメンズヘルス YAHOO!JAPAN ハードな運動は体にとってストレスなので、運動をすると一時的に体内のコルチゾールが増える。でも、ゴットフリード博士いわく、回復にあてる時間を十分取れば、コルチゾールは適度に調節される。

運動がストレス解消に良いというのは、自分でも日頃実感していることですので、上で紹介されていた内容は運動の条件によるのではないかと思います。実際、運動でストレスホルモンが減るという話もあります。

  • 運動をするとコルチゾールの分解が促され、体内のストレスホルモンを減らすことができます。
  • 有酸素運動、球技、ダンス系、ヨガ系、どのスポーツでも効果があります。
  • たった3分間のストレッチを行うだけでも、コルチゾールの分泌量が減るという研究も報告されています。

vol.9 運動をしてストレスホルモンを分解しよう

言っていることが、真逆ですよね。運動でコルチゾールが増えるのか、減るのか、変わらないのかは、研究によってまちまちのようです。

運動でコルチゾールが上昇したとする研究報告・解説記事

運動でコルチゾールが減少したとする研究報告・解説記事

  1. ダイエットの意外な落とし穴「有酸素運動でかえって太る人」の特徴 運動前に必ず体に入れたい食べ物 PRESIDENT Online 水野 雅登 水野 雅登 医師 YAHOO!JAPAN 有酸素運動は、このコルチゾールの分泌量を減らしてくれます。
  2. 【心の健康】体だけじゃない!運動の精神的な効果 2020年8月31日 運動することで感情や気分のコントロールを司る「セロトニン」が分泌され、ストレスホルモンと呼ばれる「コルチゾール」が減少します。運動は体だけでなく、心にも良い影響があるのです。

運動でコルチゾールが変化しなかったとする研究報告・解説記事

  1. 一過性の有酸素運動が唾液中コルチゾールの分泌に与える影響に関する予備的検討 この論文の背景のセクションで、運動がコルチゾール量に与えた影響に関する先行研究がまとめられています。

 

Midline estimating statistic of rhythm (MESOR)とは

周期的な測定データを回帰モデルで表現する場合にMidline estimating statistic of rhythm (MESOR)というものが登場することがあります。

回帰モデル式 Y(t) = M + A*cos (2*pi*t / τ + φ) + e(t)

M: the MESOR (Midline Statistic Of Rhythm, a rhythm-adjusted mean

A: the amplitude (a measure of half the extent of predictable variation within a cycle)

φ: the φ is the acrophase (a measure of the time of overall high values recurring in each cycle)

τ: the period (duration of one cycle)

e(t): the error term

参考 Cosinor-based rhythmometry Germaine Cornelissen Theoretical Biology and Medical Modelling2014,11:16

  1. Cosinor-based rhythmometry Germaine Cornelissen Theoretical Biology and Medical Modelling2014,11:16
  2. REFINETTI et al. Procedures for numerical analysis of circadian rhythms. Biol Rhythm Res. 2007; 38(4): 275–325. doi: 10.1080/09291010600903692

研究者が決めた遺伝子セット(パネル)の発現量を解析できるNanoString社のnCounter 

NanoString社のnCounterという測定法技術を初めて耳にしたので、内容をまとめておきます。最初の報告の論文は2008年ネイチャーバイオテクノロジー誌でした。

Direct multiplexed measurement of gene expression with color-coded probe pairs. 17 February 2008;Nature Biotechnology volume 26, pages317–325.

これは検出したい遺伝子のmRNAの配列に相補的なDNAを蛍光標識しておき検出するものです。その際、蛍光プローブは一種類ではなく7種類並べたものを使うので、原理上、蛍光色の数の7乗種類の標的配列を認識できることになります。3^7=2187、4^7=16384、5^7=78125ですから、かなりの数の遺伝子の発現を同時に検出できるということになります。しかしマイクロアレイが数十万~数百万までできるようですから、それにはかないません。感度はナノストリングのnカウンターの方がいいみたいです。論文を見るとnCounterを使った研究では数十個の遺伝子発現を調べたものが多いようです。

  1. マイクロアレイとは?DNAマイクロアレイについて Agilent Technologies October, 2008

ナノストリング ウェブリソース

  1. https://www.bioxpedia.com/nanostring-ncounter-technology/