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医療情報標準規格 HL7 FHIRとは

電子カルテは様々なベンダー（メーカー）が存在し、それぞれに互換性がないそうです。つまり、患者集団の医療情報はビッグデータとして分析対象としてお宝なわけですが、電子カルテから個人情報保護などの観点をふまえて臨床研究に利用できる材料にすることができません。医療情報の記載方法を共通化してやれば、互換性が生まれます。そこで生まれたのが、医療情報標準規格 HL7 FHIRと呼ばれるものです。わかりやすい解説動画がありました。

医療情報標準規格 HL7 FHIRとは 2022/02/03 AcraneSystem（アクレインシステム）

  1. インターシステムズ
  2. 『HL7 FHIR: 新しい医療情報標準』 2020/5/25 一般社団法人 日本医療情報学会 (監修)
  3. HL7FHIRとそれにもとづく医療文書標準仕様の策定東京大学大学院医学系研究科医療情報学分野大江和彦（PDF)
  4. HL7 FHIRに関する調査研究の報告書　厚生労働省　HL7 FHIRに関する調査研究一式最終報告書令和2年3月株式会社富士通総研

RedCapとは？臨床研究支援システム(Electric Data Capture; EDC)の一つ

Electric Data Capture (EDC)とは

臨床研究では、データ解析を行い、最終 的な結果を報告するために、様々な臨床データを異なる時期に取り 集める必要があります。研究計画書に定められたデータを記載する 様式を症例報告書(CRF)と呼びます。多くの研究では紙の CRF を もとに Microsoft® Excel®等に入力してデータベースが作成されて きました。しかし、近年では、Web ベースの EDC システムの普及 が進み、研究者は、臨床データを Web 画面上の CRF 画面から入力 し、データセンターにあるデータベースにデータを格納、管理する ことができるようになってきました。(引用元：神戸大学での REDCap の利用について)

RedCap開発の動機

質の良い臨床研究を行うには，統計学の知識と並んで，「質の高いデータ収集」が欠かせません。単一施設の研究では，1人の研究者がExcelやAccessなどでデータを取ることが一般的でした。しかし，2014年に発表された「人を対象とする医学系研究に関する倫理指針」5）では，データの変更履歴や個人情報の扱い，研究終了後のデータ保管など，データベースにかかわる厳しい規制が示されました。とはいえ，製薬企業の治験に使われるような数億円に上る電子データ集積システム（EDC）への設備投資は，医師主導研究でできるものではありません。（臨床研究の質をいかに向上させるか（新谷歩）寄稿2016.10.03　医学書院）

 

RedCapとは

RedCap (Research Electronic Data Capture)は、米国Vanderbilt大学が開発したデータ集積管理システムで、臨床データの収集に使われるElectric Data Capture (EDC)の一つです。ウェブベースで、多施設研究における臨床データを集積を容易にします。医学研究において標準となってきています。

臨床医、看護師など、IT専門家でなくとも誰でも簡単にWeb上でデータベースの構築と管理ができ、多施設のデータを簡単安全に集積できるシステム　（Research Electronic Data Captureとは…　大阪公立大学）

臨床研究では，データの質の確保や安全で効率的なデータ収集，公正な研究のために，電子的にデータの収集・管理を行うElectronic Data Capture（EDC）システムの導入が進められているが，商用ベースで提供されるシステムは高価なものが多いのが現状だ。

REDCapは，米国のVanderbilt大学で開発されたWeb上で構築可能なデータ収集システムで，アカデミアなどNPO施設には無償でソースコードが提供され，全世界で96か国，30万ユーザー，22万プロジェクトに利用されている。REDCapは，Webベースで安全かつ簡単にデータ入力画面やデータベースが構築できる上，多彩な出力形式に対応しており，研究スケジュール管理機能や監査証跡取得機能など臨床研究を支援するさまざまなツールを備えている。

(Case23　大阪大学医学部附属病院 世界標準の臨床研究支援ツール“REDCap”とFileMakerを活用して，セキュアで効率的なデータ入力が可能な多施設登録システムを構築 未来医療開発部REDCapグループ　innavi net)

REDCap is server software. It is not something that a user installs on a personal computer. REDCap must be installed on a local web server by your organization’s internal IT staff, after which users will then be able to access REDCap online, through any device’s web browser. Your organization’s server environment can be physical/on-premise OR it can be virtual/cloud-based. Regardless, your organization’s internal IT staff must handle all aspects of REDCap installation, maintenance, and support. (Background INSTALLATION & TECHNICAL REQUIREMENTS  REDCap)

  1. Vanderbilt大学REDCap
  2. REDCapの紹介 2019/05/29 UIC CCTS Training (1:22:52) YOUTUBE
  3. Introduction and Overview of REDCap　6/18/2019　Presentation by Danny Scerpella; Andre Hackman Department of Biostatistics Bloomberg School of Public Health
  4. A Comprehensive Guide to REDCap University of Nebraska Medical Center, Omaha, NE Spring 2019

REDCapの価格

  1. REDCap FAQ How much does a license cost? Nothing. As described on the licensure page, there is no cost or fee of any kind. The license, codebase, and all consortium support are all provided at no cost to any non-profit organization. It’s all completely and truly free.
  2. 大阪市立大学REDCap-SaaSの費用（抜粋版）https://www.hosp.med.osaka-cu.ac.jp/self/hyokac/redcap/doc2015/REDCap-SaaS_PricingExcerpt_20190109.pdf

REDCapのインストールに必要なシステムの要件

  1. INSTALLATION & TECHNICAL REQUIREMENTS　https://projectredcap.org/software/requirements/　運用するサーバーに関して　Amazon’s AWS CloudFormation service and Microsoft’s Azure Cloud Platform have each collaborated with the REDCap consortium to provide tools for a fast, friction-free deployment of an entire REDCap server environment on their cloud infrastructures.
  2. REDCapはMySQLまたはMySQLの派生製品（例：MariaDBやPercona Server for MySQL）を必要とします。REDCapは他のSQLプラットフォーム（例：Microsoft/MS SQL）と互換性がありません。 https://projectredcap.org/software/requirements/
  3. 最後に、REDCapはサーバーの処理速度、メモリ、ハードディスクの容量など、ハード面での要件はありません。ほとんどの点で非常に軽量で、初期に必要なスペースもごくわずかです（Webサーバーとデータベースサーバーを合わせても10MB未満）。一般的には、Webサーバーに10GB、MySQLに10GBを割り当てることをお勧めします。 https://projectredcap.org/software/requirements/

アマゾンAWSでのREDCapの運用

  1. REDCap environment on AWS　A complete and ready-to-use REDCap environment is automatically deployed in about 20 minutes.　Monthyly Cost of Deploying this Solution on AWS: $87.94 Name: Project REDCap on AWS Architecture Incoudes:1 t2.micro Application server, 1 db.t2.small Database server, 1 Application Load Balancer, 1 NAT Gateway, 10GB S3 storage

REDCapの評判

REDCapを用いたデータベース構築

ヴァンダービルト大はその一環で，電子データ集積システム「Research Electronic Data Capture（REDCap）」を開発し，現在は米国の62の臨床研究拠点病院をはじめ，世界105か国1980もの施設で研究をサポートしています。ウェブ上で多施設の研究データがリアルタイムで集積でき，いつ誰が何を行ったかの監査証跡が全て取れ，個人情報の秘匿化やデータベース構築も研究者が比較的簡単に行えるメリットから爆発的に広まりました。今まさに世界の医学アカデミアにおいて「スタンダード」となっています。 阪大ではREDCapシステムを2015年に導入し，学内約700人のユーザーにより70以上の研究に用いられています。教育環境を充実させたことで，データマネジャーなどの人材不足の中でも外部委託することなく，ほとんどのデータベースを医師や薬剤師，看護師が独自に構築しています。研究者自ら手掛けることが学びとなり，さらなる人材育成へとつながっています。（臨床研究の質をいかに向上させるか（新谷歩）寄稿2016.10.03　医学書院）

REDCap 利用によるメリット・デメリット：研究者が、最初に構築で REDCap を使用する場合、構築法を習得する必要があり、紙、Excel に比べ面倒。・利用の際、使用法について、トレーニングを行う必要がある。(引用元：神戸大学での REDCap の利用について)

REDCapの使用方法・活用ノウハウ

  1. REDCap Training 101 Introduction to building project in REDCap Sui Tsang REDCap@YaleTeam 12/16/2019
  2. Tips and Tricks for Efficient data Capture Northwesern Medicine

日本におけるREDCapの普及

  1. 第4回 日本REDCapシンポジウム　2020年3月8日（日）（案内ポスターPDF）
  2. 電子的管理システムを利用した研究管理　東京医科歯科大学RU機構 URA室 兼統合研究機構 医療イノベーション推進センター坂巻 泰則2018年6月22日

REDCapを導入している国立病院

  1. 国立循環器病研究センター 実施方針http://www.ncvc.go.jp/procurement/20200326_zissihousin_sinEDC.pdf 　Electronic Data Capture(EDC)システムとして米国Vanderbilt大学が開発・所有する Research Electronic Data Capture(REDCap)を2013年度より導入、運用している。また、データ収集はインターネット経由で行われることから、稼働環境としてAmazon Web Service(AWS)のクラウドを利用している。‥　、REDCapの最新バージョンを新たに導入　　導入予定時期 令和2年8月　、ディスク容量100~200GB程度のサーバ3台を、AWSに手配する予定　・最新版のREDCapは日本語に対応しているため、日本語で運用可能な環境を整備する

REDCapを導入している大学

2018年

独自サーバ構築（４０施設）大阪市立大学医学研究科、大阪大学、国立循環器病研究センター、高知大学、九州大学ARO次世代医療センター、国立国際医療研究センター、NPO JORTC、琉球大学、岐阜大学病院、藤田保健衛生大学、放射線影響研究所（広島）、名古屋大学、東海大学、長崎大学、慶應義塾大学病院、山形大学、筑波大学、山口大学、香川大学、愛媛大学、他２０施設

SaaS利用（２４施設）　高知大学、神戸大学、京都大学、奈良県立医科大学、岐阜大学、広島大学、岡山大学、名古屋市立大学、森ノ宮医療大学、神奈川県立病院機構、亀田総合病院、日本リウマチ学会、日本補体学会、国立がん研究センター、九州大学、琉球大学、大阪大学、佐賀大学、他7施設

（参照元：電子的管理システムを利用した研究管理東京医科歯科大学RU機構 URA室 兼統合研究機構 医療イノベーション推進センター坂巻 泰則2018年6月22日）

  1. 国立大学病院臨床研究推進会議 年次報告書 令和3年度（2021年度）（PDF)

REDCap学外提供（REDCap-SaaS）

  1. 医療法に規定する臨床研究中核病院の 取り組み・ARO機能 阪大病院の取り組み 平成２８年９月１３日 大阪大学医学部附属病院 未来医療開発部 未来医療センター 副センター長（准教授） 被験者保護室長 山本 洋一 大阪大学REDCap 学外提供とは？ REDCapは本来利用を希望する研究者の施設が導入及び運用を行う仕組みです。しかしながら、日本では、自施設へのREDCap導入を進めるためのインフラや人材が圧倒的に不足している事が分かり、開発元のVanderbilt大学との協議の上、日本におけるREDCap普及の為に大阪大学REDCapの外部提供（SaaS）契約が、特別に許可されました。（世界で初めて導入されたサービスです。）

RedCapを導入している国公立大学医学部

  1. 大阪公立大学　REDCapポータル　大阪市立大学では学外提供を実施する為にヴァンダービルト大学と特別な契約を締結し、また年間の使用料の支払いも行っています。大阪市立大学REDCapシステム 学外提供への お申込みページ（通称：REDCap-SaaS）　REDCapを利用するためには、各大学がVanderbilt大学とEnd User License Agreement（EULA）を締結し、大学ごとにREDCap用サーバーを構築し運用を行う必要があります。その際、各大学で、サーバー機器の調達、設定、バックアップ、セキュリティ確保、その他システム運用を実施する必要があります。そのためには専門のIT技術者の関与が必須です。我が国では各大学の臨床研究支援組織にREDCap導入を行うための情報基盤やIT人材が不足しているため、REDCap普及の妨げになっていました。‥　日本におけるREDCap普及の為に、本学のREDCapの外部提供（REDCap-SaaS）契約が特別に許可されることになりました。あくまで試験的な取り組みであり、現在世界中で学外提供を行うことができるのは、開発元のVanderbilt大学と大阪市立大学のみとなっています。
  2. 神戸大学 医学部附属病院 臨床研究推進センター　REDCapについて　神戸大学はVanderbilt大学と正式にライセンス契約を締結し、システムの使用権が許諾され、神戸大学医学部の皆様に使用していただくことが可能です。神戸大学の職員が主体となって行う研究に関しては、多施設共同研究として学外の方もご利用することができます。REDCapの参考資料 神戸大学での REDCap の利用について
  3. 九州大学　REDCapについて　九州大学はVanderbilt大学と正式にライセンス契約を締結し、システムの使用権が許諾され、九州大学全学の皆様に使用していただくことが可能になっております。
  4. 大阪大学 REDCapポータルサイト　大阪大学はVanderbilt大学と正式にライセンス契約を締結し、システムの使用権が許諾され、大阪大学全学の皆様に使用していただくことが可能になりました。大阪大学の職員が主体となって行う研究に関しては、多施設共同研究として学外の方もご利用することが可能です。
  5. 岐阜大学　ご利用上の注意点　REDCapは岐阜大学附属病院の方に対してはVanderbilt大学と締結した『End User License Agreement（EULA）』に則り運用しております。
  6. 京都大学　2017年4月1日より、京都大学大学院医学研究科臨床統計学講座が大阪市立大学と契約し、本システムの研究利用を開始した。この契約において、データサーバは大阪市立大学に設置された京都大学専用のものを用い、その管理を大阪市立大学に委託している。データサーバには複合的なセキュリティ対策が講じられており、サーバおよびシステムへのアクセスは、個人に対して発行されるユーザアカウント・パスワードで制限され、監査証跡はすべて記録される。（京都大学 REDCapシステム – Help and FAQ –）

RedCapを導入している私立大学医学部

  1. 藤田医科大学　Research Electronic Data Capture とは REDCapは本学の教職員が主体となって行う研究、教育、業務に利用することができます。
  2. 順天堂大学　臨床研究知見センター　EDC・データマネジメント　EDC(Electronic Data Capture)システム：インターネットを活用して、研究データを効率的かつ電子的にブラウザ経由で収集するシステム。 データマネジメントユニット：臨床研究・治験センターに所属し、REDCapの管理・運営・構築サポートなどの業務も担当しております。

Electric Data Capture (EDC)への電子カルテのデータの取り込み

日本の大学病院で電子カルテを導入している場合、個人情報保護やセキュリティの観点から、電子カルテのシステムは機関内のイントラネットで構築されており、インターネットとは遮断されていることが一般的なようです。つまり、電子カルテの情報はむやみに外にネットでつなげないわけです。そのため、電子カルテの情報をREDCapなどのEDCにどうやって取り込むかは大きなチャレンジになります。

  1. 通常の臨床試験では、研究に必要なデータを電子カルテ等の原資料から症例報告書（症例報告書として電子的にデータを収集するシステムをElectronic Data Capture; EDCと言います）に転記することでデータ収集を行っていますが、その際の転記ミスにより、間違ったデータがそのまま解析に使用されてしまうなど、試験結果の信頼性が問題となる場合があります。　症例報告書として、データの転記を伴うEDCを使用するのではなく、直接データを入力することができる最新のシステム（Direct Data Capture; DDC）を使用することにより、より効率的な品質管理が可能（臨床試験における新たな品質管理手法に関する共同研究のご案内 東北大学）
  2. 電子カルテを利用した症例登録に必要な機能要件とその実例　公募企画シンポジウム2：2-J-1-PS2-1　医療情報学 37（Suppl.）, 2017

REDCapへの電子カルテのデータの取り込み

コンピューターの画面上で電子カルテを開いて、他方でREDCapも開いて、患者さんの診療情報をコピーアンドペーストによりREDCapに移していく作業は骨が折れます。そもそも電子カルテの情報は電子情報なのでそのままREDCapに移すことができれば楽ちんです。REDCapやアメリカで使われている電子カルテの場合は、データの移送をする機能が用意されているようです。電子カルテのメーカーや製品はアメリカで使われているものと日本で使われているものが異なるため、日本で同様のことができるかどうかわからないのですが、アメリカでの事例を紹介しておきます。

  1. 電子カルテの医療データを臨床研究支援システム「REDCap」にリアルタイムで連携　臨床研究を効率化するとともに、研究の可能性も広げる大阪市立大学医学部附属病院様商品・サービス：医療情報連携プラットフォーム　※本事例の情報は、2022年1月現在のものです。INTEC
  2. インテックとインターシステムズ、大阪市立大学医学部附属病院に病院情報システムのデータをHL7 FHIRに変換・蓄積する医療情報連携プラットフォームを構築 ～国内で初めて、電子カルテシステムと臨床研究支援システム「REDCap」をWeb APIでリアルタイムに自動連携～ TISインテックグループ 2021年11月19日 11時00分　PRTIMES
  3. CDIS Seminar (REDCap/Epic integration and use)　Vanderbilt University Medical Centerが主催したセミナーの動画
  4. EDC への電子カルテからのデータ取り込みの標準化に関わる取り組み 木村映善*1山本景一*2 *1 国立保健医療科学院 *2 和歌山県立医科大学 第38回医療情報学連合大会 38th  JCMI(Nov.,2018) 本稿では，EDC と EMR のデータ交換にあたり，満たすべ きセキュリティ要件とデータ交換する内容・手法の標準 化について検討する．
  5. 電子カルテの医療データを臨床研究支援システム「REDCap」にリアルタイムで連携　事例紹介　インテック　大阪市大では、ヴァンダービルト大学で医療統計学の教鞭をとっておられた新谷歩先生が着任したのを契機にREDCapの使用権を拡大し、国内でのREDCap普及推進のため、他大学・他施設にも使用権を提供できる「SaaSライセンス」の契約を結んでいます。‥　患者さん数百人分、1人に付き数十項目のデータを電子カルテからExcelに手入力で転記せざるを得ませんでした。電子カルテに入っているデータをなぜ再度入力する必要があるのか、これはなんとかしなければならないと感じていました。REDCapが導入されてからも臨床データを手作業で入力するという状況は変わりませんでしたが、2019年に私が当院の医療情報部の所属になり、臨床データとREDCapのデータを自動連携させることを提案してプロジェクトが始まりました。当院では、院内に散在する臨床データを一元的に管理する目的でデータウェアハウス（DWH）を導入していますが、保存されているデータ構造やデータ表現はベンダーごとに異なります。そこで特定のベンダーのシステムに依存することなくデータが蓄積できるよう、医療情報連携プラットフォームを導入して標準化された形のデータリポジトリを作ることにしました。
  6. 当院における臨床研究基盤整備： FHIR と「REDCap」のデータ連携　大阪市立大学医学部附属病院 臨床研究・イノベーション推進センター　当院では 2007 年から病院情報システム (HIS: Hospital Information System) 内に電子カルテが導入されており，90万人弱の医療情報が保存されている．‥　データ収集はカルテの画面を見ながら転記する方法や，カルテ等から出力したファイルを元に別のシステムに入れる為にデータ形式を変換してインポートをするなど手作業で実施されており，時間とコストがかかると共にヒューマンエラーのリスクも高くなっている．‥　研究のデータ管理にはEDC (Electronic Data Capture システム) が活用される．‥　REDCapはHTTSプロトコルを利用して通信するFHIRのREST APIを利用してデータ連携できる機能としてClinical Data Pull (CDP) を提供している．‥　日本では医療情報を扱うHISはインターネットとは独立したネットワークで運用されており，外部との接続は通常遮断されている．そのため，院内にあるHISとインターネット上に設置されたREDCapとを安全に接続し，CDPを活用できるような環境を構築する必要がある．

 

REDCapを用いた臨床研究事例

  1. 愛知県周産期医療協議会 令和2年度調査研究事業 ドナーミルクを安全に使用するための体制構築に関する調査研究 研究報告書　主研究者令和3宮田昌史 （2021）年3月
  2. The Japanese Lead EXtraction (J-LEX) registry is a nationwide, multicenter, observational registry, performed by the Japanese Heart Rhythm Society (JHRS) in collaboration with the National Cerebral and Cardiovascular Center. This study is a nationwide registry ordered by the JHRS and its data are collected prospectively using the Research Electronic Data Capture (REDCap) system. (J Arrhythm . 2020 Jul 10;36(5):849-853. doi: 10.1002/joa3.12396. eCollection 2020 Oct.)
  3. A cohort study of laboratory-confirmed COVID-19 patients who were hospitalized from March 2020 to September 2020 in 25 hospitals. Data were collected from medical records using Research Electronic Data Capture (REDCap) tools. (Int J Infect Dis . 2021 Jun;107:300-310. doi: 10.1016/j.ijid.2021.01.019. Epub 2021 Jan 12.)
  4. Japanese Catheter Ablation (J-AB) Registry is a nationwide, multicenter, observational registry, performed by Japanese Heart Rhythm Society (JHRS), collaborated with National Cerebral and Cardiovascular Center. This study is a voluntary nationwide registry and data are collected prospectively using a Research Electronic Data Capture (REDCap) system. (J Arrhythm . 2019 Feb 4;35(2):167-170. doi: 10.1002/joa3.12163. eCollection 2019 Apr.)
  5. An international registry was designed through a networking database (REDCAP®) (Eur J Surg Oncol . 2021 Jun;47(6):1420-1426. doi: 10.1016/j.ejso.2020.11.140. Epub 2020 Dec 2.)

参考サイト

  1. https://projectredcap.org/
  2. Sign up for a 1-week REDCap trial account vanderbilt.edu
  3. 11月25日 [2-A-1-3] EDCへの電子カルテからのデータ取り込みの標準化に係わる取り組み 木村 映善 (国立保健医療科学院) 第38回医療情報学連合大会（第19回日本医療情報学会学術大会） 2018年11月22日 〜 2018年 電子カルテのデータを臨床研究に供する試みは，大別して電子カルテの機能（テンプレート等）を拡張して臨床研究にかかわるデータをも蓄積する方法と，EDC(Electronic Data Capture)に電子カルテのデータを取り込む方法がある．筆者らは後者のアプローチにおいて，昨年にREDCapへ電子カルテのデータを取り込むことの実行可能性調査を実施した．
  4. EDC への電子カルテからのデータ取り込みの標準化に関わる取り組み　木村映善　山本景一　2-A-1-3／2-A-1：大会企画１　第38回医療情報学連合大会 38th JCMI(Nov.,2018)　電子カルテ(EMR: Electronic Medical Record)のデータを 臨床研究に供する試みは，大別して電子カルテの機能（テ ンプレート等）を拡張して臨床研究にかかわるデータを も蓄積する方法(1, 2)と，EDC(Electronic Data Capture)に電 子カルテのデータを取り込む方法がある(3, 4)．筆者らは 後者のアプローチにおいて，昨年に REDCap(5)へ電子カ ルテのデータを取り込むことの実行可能性を調査した(6)． CDISC/ODM(7)の項目と我が国の検査項目等のマッチン グを行うために FHIR ターミノロジーサービスを使用し， 電子カルテの情報モデルと CDISC/ODM の情報モデルと の橋渡しに REDCap 独自の連携インタフェースである DDP(Dynamic Data Pull)(8)を Web サービスとして実装す ることで実現した．
  5. 日本臨床栄養代謝学会　入力画面（REDCap）

関節リウマチ

  1. 手関節炎と手関節破壊のみかた［関節リウマチにおける手関節のみかた（1）　日本維持新報社　No.4721 (2014年10月18日発行) P.40 石川 肇 （新潟県立リウマチセンター副院長）

関節リウマチの初期症状

発症の初期症状としては、朝に生じる体のこわばり、関節腫脹、関節痛などがみられるという。朝のこわばりに関しては、手に30分以上こわばりが持続する場合には、関節リウマチの疑いがあるとみなされることが多い。（実は働き盛りに多い「関節リウマチ」に要注意 DISEASE FOR THE AGED? 2017/10/14　BAZAAR）

指の第二関節を曲げると痛い場合　・手指腱鞘炎　・関節リウマチ　を発症していると考えられます。（なぜ？指の第二関節を曲げると痛い…腫れ・むくみは要注意！病院は何科？公開日:2021-04-23　Medicalook）

朝、両手がこわばって握れないなどの症状があり１時間以上続く場合、関節リウマチの可能性があります。これが進行すると、関節痛などの炎症に加え倦怠感（だるさ）や食欲減退・微熱など、全身に症状が現れます。（ひじ・腕・手の症状　さわだ整形外科　兵庫県尼崎市）

関節リウマチの治療

  1. 6月はリウマチ月間　（新横浜整形外科リウマチ科）早期発見で正しく治療することにより、関節破壊による変形は止められます。

器楽演奏家とリウマチ

  1. カミーユ・スタマティ 第3回： 学習時代からデビューまで～リウマチの苦難を超えて　19世紀ピアニスト列伝
  2. 安川加壽子　（やすかわ かずこ、1922年2月24日 – 1996年7月12日）　1983年 – リウマチの悪化により引退。
  3. リウマチピアニスト【リウマチ・ピアノ・弾ける？】 2017-01-07 23:05:32　ピアニスト・シンガー泉沢果那のブログ
  4. 慢性関節リウマチが治る－ピアノ教師　奥野治療院　カイロプラクティック・鍼・灸　神奈川県横浜市戸塚区
  5. 30代の女性です。メトトレキサートで関節リウマチを治療中ですが、ピアノを弾くと肘の痛みが出てしまいます。　「リウマチと楽器演奏Q＆A」常陽リビング4月号　　おのぼりクリニック　つくば市

音楽家外来

  1. 音楽家の治療について　さかい整形外科　　東京都練馬区栄町
  2. 東京女子医科大学整形外科　音楽家外来
  3. 音楽家医学　いちまる整形外科クリニック　京都府長岡京市

免疫複合体(Immune complex）とは？抗原と抗体の集合体

免疫複合体(Immune complex)というと、ちょっと仰々しい響きがするのですが、何かというと抗原と抗体が結合して集まったものです。antigen-antibody complexあるいはantigen-bound antibodyとも呼ばれます。一つの抗原は複数の抗原認識部位を持つので異なる抗原認識部位に対する抗体がそこに結合することで、集合体を形成します。説明の図では簡略化しすぎて、抗原一つと抗体一つが結合した絵に対して免疫複合体という名前を紹介しているものもよく見かけます。

「免疫複合体(immune complex)」とは「いくつかの抗原と抗体が結合したかたまり（抗原抗体複合体）」のことです.

引用元：齋藤紀先『休み時間の免疫学第3版』182ページ

参考

免疫複合体(Immune complex）が関与する疾患

免疫学の教科書で免疫複合体の説明を探すと、アレルギーの章に出てくることが多いのですが、それは免疫複合体がアレルギーの発症に関与するからです。アレルギーはその発症のメカニズムの違いからI型、II型、III型、IV型の4種類に分類されています。免疫複合体が関与するアレルギーのタイプはIII型と呼ばれます。

免疫複合体が体の様々な組織に沈着することにより炎症を引き起こして、様々な自己免疫疾患の病気の原因となります。具体的には関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、糸球体腎炎、間質性肺炎など。また、、抗体依存性免疫増強（Antibody-Dependent Enhancement：ADE）にも関連します。

参考

  • 齋藤紀先『休み時間の免疫学第3版』184ページ
  • ぜんぶわかる血液・免疫の事典（成美堂出版）81ページ
  • 全身性エリテマトーデスに強力な抗体薬登場 ベリムマブに続きアニフロルマブ、治療選択肢広がる 2022年02月14日 05:10 MedicalTribune

糸球体腎炎における免疫複合体の関与に関しては、『免疫ペディア』（羊土社）（209ページ～）の説明が詳しい。

PRO(Patient Reported Outcome)とは？患者自身が症状を主観的に評価する患者報告アウトカム

PROと言う言葉を目にしましたが、Patient Reported Outcomeすなわち、患者自身が症状を主観的に評価する患者報告アウトカムのことだそうです。

  1. LINEで乳がん患者の情報収集を開始 ePROの活用による新たながん医療提供に期待 2022年04月21日 18:03 MedicalTribune がん専門医が限られた診察時間の中で、全ての薬物療法患者の症状を把握することは不可能である。そのため、近年では医療者による評価だけではなく、患者自身が症状を主観的に評価する患者報告アウトカム（PRO）の導入が欧米を中心に盛んに試みられている。

医学用語　滲出（しんしゅつ）exudation

滲出の読み方は、「しんしゅつ」で、英語はexudation。医学でよく使われる意味は、 炎症の際に血液や組織液が血管の外にしみ出ることです。一般的な意味として、液体が外に滲み出る（にじみでる）ことを滲出と言います。

参考：コトバンク

使用例

肺胞組織が広範に傷害され、血漿成分が滲出し硝子膜が3～7日程度かけて形成される。https://medical-tribune.co.jp/news/2022/0415545253/

時系列データ解析の手法：線形近似、変化点の同定などを行うpythonやRのモジュール

研究のデザイン

観察研究

前後比較実験の研究デザイン

  1. Uncontrolled before-after studies: discouraged by Cochrane and the EMJ Steve Goodacre　The simplest way to evaluate an intervention is to compare outcomes before and after implementation of the intervention. This method is known as an uncontrolled before-after study. The term ‘uncontrolled’ is used to distinguish this design from a controlled before-after study in which the before-after effect of implementation in the intervention group is compared with a control group that has no intervention. With the recent emphasis on improvements in healthcare delivery in particular, the number of uncontrolled before-after studies is increasing. Unfortunately, these present a problem.　（中略）The use of historical controls in clinical trials has long been recognised to overestimate the benefit of new treatments, and has provided misleading information in emergency medicine.（中略）At the EMJ, we realise that a before and after design may be the most practical method for studying an intervention, and we will continue to publish these.
  2. Guidance Before-and-after study: comparative studies How to use a before-and-after study to evaluate your digital health product. From: UK Health Security Agency Published 30 January 2020

政策の実施前後におけるトレンド（長期的傾向）の変化の有無の検出方法

  • ‘Interrupted time-series studies can provide a robust method of measuring the effect of an intervention when randomization or identification of a control group are impractical’ (Grimshaw et al. 2003).
  • segmented regression analysis is a practical approach to assessing the impact of a health policy change in low- and middle-income health systems.

引用元：How to do (or not to do) … Assessing the impact of a policy change with routine longitudinal dat

  1. How to do (or not to do) … Assessing the impact of a policy change with routine longitudinal data Mylene Lagarde Health Policy and Planning, Volume 27, Issue 1, January 2012, Pages 76–83, https://doi.org/10.1093/heapol/czr004
  2. Methods for Evaluating Causality in Observational Studies Dtsch Arztebl Int. 2020 Feb; 117(7): 101–107. Published online 2020 Feb 14. doi: 10.3238/arztebl.2020.0101 PMCID: PMC7081045 PMID: 32164822 Review Article 例として挙げられているのが例えば、The effect of a smoking ban on the incidence of cardiovascular diseases

Rを用いた分析

  1. Rでサクッと時系列データの変化点を見つける方法　セールスアナリティクス　時系列データを手に入れたら、どのようなデータかなんとなく知りたくなります。その1つが構造が変化する時期（変化点）です。‥　RSS（残差平方和、Residual sum of squares）とBIC（ベイズ情報量規準、Bayesian information criterion）は、どちらの数値も小さい方が良いとされています。 BICが最も小さいケースを最適としています。 今回のケースでは、変化点が3が最適になっています。

Pythonを用いた分析

PWLF

  1. pwlf: A Python Library for Fitting 1D Continuous Piecewise Linear Functions Charles F. Jekel,  Gerhard Venter † March 19, 2019

Prophet

  1. Prophetを、リクルートグループWebサイトの数カ月先の日次サーバコール数予測で活用してみた話　非統計家が高精度な時系列予測を行えるProphet（後編）2019年06月07日 羽鳥冬星
  2. PythonでProphetを使いたい(2:トレンドと転換)　2020-09-12　あれもPython,これもPython　Prophetのトレンドはデフォルトでは線形という仮定
  3. 時系列解析ライブラリProphet　公式ドキュメント翻訳5（トレンドの変化点 編） @japanesebonobo 投稿日 2018年10月21日 更新日 2018年10月31日

参考

  1. 科学成果創出に向けた時系列解析の定石　2-b. 「傾向分析」詳細な解析のステップ　Step-1 時間分解能を落として、長期傾向を捉えやすくします。平均処理　短周期変動成分の除去
  2. トレンドの転換　トレンド読解から予測までチャート活用ガイドChapter2　　三菱UFJモルガン・スタンレー証券　時系列解析の手法を学ぶ際、株価がまさに時系列データですので、こういったウェブ記事も参考になります。

同意書(consent form)の英文例文集とインフォームドコンセント(informed consent; IC)に纏わる話題　

同意書とは

  1. https://www.alllaw.com/articles/nolo/medical-malpractice/release-consent-forms-preclude-suing.html　A consent form is a pre-printed legal form with some blank spaces for the health care provider to fill in information that is specific to the medical procedure that will be performed on the patient. The purpose of the form is to ensure that the patient gives his/her informed consent for the medical procedure before the procedure is performed. The health care provider will describe the medical procedure on the form and will also list a dozen or more potential complications of all levels of severity, up to and perhaps even including the risk of death, even for the most minor of surgeries.
  2. THE PARAMETERS OF INFORMED CONSENT Edward L Raab, MD JD　Trans Am Ophthalmol Soc. 2004 Dec; 102: 225–232. PMCID: PMC1280103 PMID: 15747761　The patient’s consent distinguishes permitted from unpermitted treatment.

 

インフォームドコンセントとは

  1. Can Lack of Patient Consent Mean Medical Malpractice? https://www.alllaw.com/articles/nolo/medical-malpractice/lack-consent-patient-injury-lawsuit.html　But consent requires more than the patient merely agreeing to the procedure; the patient must give informed consent.

同意書(consent form)の英語版例文集

  1. Consent Form Guidelines and Suggested Wording　https://irb.ucsf.edu/consent-form-guidelines-and-suggested-wording#Write-at-an-eighthgrade-reading-level-and-use-lay-language-vs-medical-terminology　Write the consent document at the most likely level of understanding of the subject population—in general, an eighth-grade reading level. Use everyday vocabulary and simple sentence structure throughout. Replace or define scientific or technical terms in lay language.
  2. Consent Form Templates　https://irb.ucsf.edu/consent-and-assent-form-templates#consent-templates
  3. Surgery Informed Consent Form https://www.jotform.com/form-templates/surgery-informed-consent-form I hereby authorize the named Doctor/Surgeon below, and the assistants and associates whom he/she may designate to perform upon me the surgical procedure indicated below: （中略）I have been informed and it was explained to me that unforeseen conditions may arise where there might be a need for immediate surgical operation or procedure that is not within this informed consent. In such instance, I authorize the above-named surgeon to perform such immediate operation as deemed necessary

同意撤回書　Withdrawal of Consent　例文

  1. Withdrawal of Consent I hereby withdraw consent for authorised researchers to use my health information and samples for unspecified research related to the Coronavirus in the future. I understand that ‥　https://www.health.qld.gov.au/__data/assets/pdf_file/0015/1000833/ACV19-Withdrawal-of-Consent-Adult.pdf
  2. By signing this form I am saying that I do not want to be in the　　　　　　　 Health Home program. Because I will no longer be in this ‥　https://www.health.ny.gov/forms/doh-5058.pdf

医師へのガイド

  1. A Practical Guide To Informed Consent For Surgeons　https://incisionindemnity.com/news-resources/article/informed-consent-for-surgeons/

インフォームドコンセント・同意書（英文）の実例

研究への参加

  1. INFORMED CONSENT FORM　Title of Study: Improving Mind/Body Health and Functioning with Integrative Exercise　https://osher.ucsf.edu/sites/osher.ucsf.edu/files/inline-files/VGX_consent_sample.pdf　Why is this study being done? The purpose of this study is to compare the effectiveness of Integrative Exercise classes to PTSD Recovery Classes, to determine which can best improve quality of life and reduce symptoms of post-traumatic stress disorder (PTSD).

手術を受ける場合

  1. Hartford Hospital 　Authorization for Surgery and/or Special Procedure/Treatment Open Heart Surgery　https://hartfordhospital.org/file%20library/hartford%20hospital%20forms/consent%20forms/577070.pdf　I hereby authorize Dr._____________________________ to perform the following surgery and/or special procedure/treatment:　（中略）I understand that residents, medical students, physician assistants and/or advanced practice registered nurses may also be in attendance, and/or assisting in the performance, and/or performing significant medical/surgical tasks within the above specified surgery and/or special procedure/treatment.

インフォームドコンセントの不備がもたらしうる重大な結果について

  1. Consent Process Often Executed Poorly, Creating Risks and Costs　https://www.reliasmedia.com/articles/143036-consent-process-often-executed-poorly-creating-risks-and-costs　The informed consent process still creates liability risks and unnecessary costs for healthcare organizations.
  2. SIX COMMON MISTAKES WITH INFORMED CONSENTS THAT LEAD TO MEDICAL MALPRACTICE by Cody StrateSep 22, 2020　https://accessefm.com/blog/six-common-mistakes-informed-consents-lead-medical-malpractice/　2. USING NON-STANDARD FORMS OR NON-STANDARD LANGUAGE Forms provided by the hospital, employer, or group practice have gone through robust review by both legal and compliance teams to ensure the forms properly protect the business entity, physician, and patient. All too often, physicians will take these standard forms and modify the language in some way, inadvertently creating malpractice risk. This simple mistake can also lead to a physician being fired, causing irreparable harm to their reputation. Changing a few words or sentences in a form is not worth ruining a career over.
  3. The 10 Biggest Legal Mistakes Physicians Make That Could Lead to Liability for Failure to Provide Informed Consent　https://seak.com/blog/uncategorized/10-biggest-legal-mistakes-physicians-make-lead-liability-failure-provide-informed-consent/　The best written form is tailored to the procedure, listing the common risks and complications, the more serious risks and complications, and the benefits. The form should also indicate that alternatives to the procedure were discussed, including the alternative of not having the procedure, and that the patient decided to proceed. Many medical associations provide sample forms for common procedures that incorporate the common risks, benefits, and alternatives, and websites for these associations can be great resources.
  4. Understanding Perry v. Shaw — Making Informed Consent Better by Carolyn Oill, Esq. Greines, Martin, Stein & Richland LLP　 She argued that her consent to the enlargement was not valid because she was medicated and about to go into surgery when she signed the form and that she relied on the surgeon’s oral promise that he would not perform the enlargement.
  5. Informed Consent Liability & Lawsuits: 3 Ways to Get Sued　https://jacksonllp.com/informedconsent-lawsuits/

裁判の例など

  1. Arch Plast Surg. 2016 Sep; 43(5): 402–410. Published online 2016 Sep 21. doi: 10.5999/aps.2016.43.5.402 PMCID: PMC5040841 PMID: 27689046 Informed Consent as a Litigation Strategy in the Field of Aesthetic Surgery: An Analysis Based on Court Precedents　　https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5040841/
  2. 第3章 患者の視点に立ったインフォームド・コンセント　＜判例② 福岡地裁昭和61.3.28＞ ネフローゼ症候群により入院中の患者が一時外泊中に死亡した事案　＜判例③ 最高裁平成7.5.30＞ 医師が未熟児である新生児を黄疸の認められる状態で退院させたところ新生児が退院後核黄疸に罹患して脳性麻痺の後遺症が生じた事案　＜判例④ 高松高裁平成8.2.27＞ 髄膜腫の手術を受けて抗痙攣剤２種の処方を受けていた患者が、退院の際に処方された同薬剤の副作用によって中毒性表皮融解壊死症（ＴＥＮ）を発症して死亡した事案　＜判例⑤ 福岡地裁小倉支部昭和58.3.29＞ 虫垂炎のため虫垂摘出術を執刀したが周囲臓器癒着のため一部しか摘出できなかった症例で、再手術の必要性等について説明していなかったところ、１４年経過後に虫垂粘液囊種等が形成されて再手術を余儀なくされた事案

インフォームドコンセントに纏わる話題

  1. Informed consent for heart procedure: most patients overestimate benefits 28 Nov 2019　https://www.escardio.org/The-ESC/Press-Office/Press-releases/Informed-consent-for-heart-procedure-most-patients-overestimate-benefits
  2. Medical Malpractice: The Ins and Outs of Informed Consent Nurses who interfere with the process can land in legal trouble. William Duffy Publish Date: August 9, 2020　Outpatient Surgery　https://www.aorn.org/outpatient-surgery/articles/outpatient-surgery-magazine/2020/august/medical-malpractice-the-ins-and-outs-of-informed-consent

インフォームドコンセントに纏わる議論（論文）

  1. Does content of informed consent forms make surgeons vulnerable to lawsuits?　Asian Journal of Surgery Volume 43, Issue 3, March 2020, Pages 497-503  https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1015958419307870
  2. Allegations of Failure to Obtain Informed Consent in Spinal Surgery Medical Malpractice Claims　JAMA Surg. 2017;152(6):e170544. Original Investigation June 21, 2017 　doi:10.1001/jamasurg.2017.0544　the most common specific informed consent allegations were failure to explain the risks and adverse effects of surgery followed by failure to explain alternative treatment options.
  3. Is informed consent in cardiac surgery and percutaneous coronary intervention achievable?　ANZ J Surg . 2007 Jul;77(7):530-4. doi: 10.1111/j.1445-2197.2007.04143.x. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17610687/

その他

  1. 役立つテンプレート・素材集 インフォームド・コンセントに使えるテンプレート集  素材集 患者さん説明用臓器 アステラス
  2. Medscape Malpractice Report 2017　Medscape

ハイステークテスト（High Stake Test）とは

High Stake Testの定義

Green（2013）“A high-stakes assessment has important consequences for the assessee (such as access to job opportunities); a low-stakes test does not.　‥　一般に，入試や検定試験のような大規模テストはhigh-stakes test とされ，定期試験のようなclassroom assessmentはlow-stakes testとされるのかもしれない。しかし，Green（2013）が “The same assessment may be high stakes for some assessees, low stakes for others.” と述べていることからわかるように，classroom assessmentだからといって全てがlow-stakesとはならない。（テスト作りの研修根岸雅史　Negishi Masashi（東京外国語大学））

A high-stakes test is a test with important consequences for the test taker. (High stakes-testing Wikipedia)

オミックス大規模データ解析手法　メタボローム解析、メタボロミクス、プロテオーム解析、プロテオミクスのツールなど

トランスクリプトーム解析にしろ、プロテオミクスにしろ、オミックスの手法を用いた実験データの解析が、現代の生命科学研究においては主流になっていると思います。自分はオミックスデータの解析に関する経験が皆無なので、ネット上のチュートリアルなど、理解を助けてくれそうな教育的なリソースをまとめておきます。

クラスタリング

  1. 2.3. Clustering　2.3.1. Overview of clustering methods　＊視覚に訴えるわかりやすい説明
  2. Python でデータサイエンス scikit-learn でクラスタ分析 (K-means 法)

解析ツール

  1. A survey of computational tools for downstream analysis of proteomic and other omic datasets　Hum Genomics. 2015; 9: 28. Published online 2015 Oct 28. doi: 10.1186/s40246-015-0050-2 PMCID: PMC4624643 PMID: 26510531

上の論文で紹介されていたツールの一覧

Name Description
KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
DAVID The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery
PID Pathway Interaction Database
IPA Ingenuity Pathway Analysis
Cytoscape An open source platform for complex network analysis and visualization
HAPPI Human Annotated and Predicted Protein Interaction Database
GSEA Gene Set Enrichment Analysis
Reactome Curated database of pathways and reactions (pathway steps)
BioCarta Pathway database
HPD Integrated Human Pathway Database
PAGED Pathway and Gene Enrichment Database
HPRDB Human Protein Reference Database
DrugBank Drug Bank
CPDB Consensus Path DB
BINGO Biological Network Gene Ontology Tool
GATHER Gene Annotation Tool to Help Explain Relationships

臨床とプロテオミクス

プロテオームの臨床応用（疾患プロテオミックス）では、疾患に起因して発現量が増加または減少するタンパク質が対象となる。とくにサンプルの前処理が簡単なSELDI-TOFMSは臨床応用が注目され、 (1)疾病を定量的に判断するための指標（バイオマーカ）探索を行う単一マーカ解析や、(2)複数のバイオマーカを組み合わせ、発現プロファイルを解析して疾病の有無を判定する複数マーカ解析がある。単一マーカ解析は従来の統計解析で対応可能であるが、プロファイル解析では、データから有効な情報を発見する「データマイニングdeata-mining」手法が用いられる。その手法としては主成分分析、階層的クラスタリング、非階層的クラスタリング (k-means法)、線形・非線形判別などの従来の多変量解析だけでなく、データマイニングに特有な手法として、決定木、自己組織化マップ、ニューラルネットワーク、サポートベクターマシンが使用されて、これまでも前立腺がんや卵巣がんなど疾患の鑑別診断や全体的な傾向の把握に利用されている。ただ変量数（質量スペクトル）が個体症例数より著しく多い多次元データであるので、既知情報・知識などの利用なども含めた精度改善など多くの克服すべき課題が存在している。（プロテオーム情報のデータマイニング Data-mining in proteomics 田中 博 Tanaka Hiroshi 東京医科歯科大学 疾患生命科学研究部 生命情報学https://www.jstage.jst.go.jp/article/jhupo/2005/0/2005_0_18/_article/-char/ja/）

オミックスデータ解析のチュートリアル

  1. オミックスデータのクラスター解析　フィルジェン株式会社バイオサイエンス部(biosupport@filgen.jp)

python環境下で動作するツール

  1. pyOpenMS is an open-source Python library for mass spectrometry, specifically for the analysis of proteomics and metabolomics data in Python. https://pyopenms.readthedocs.io/en/latest/index.html
  2. DashOmics is a visualization tool to explore *omics data using clustering analysis. It is created by Dash Plot.ly, a Python framework for building interactive analytical tools.

Pythonによる解析チュートリアル

  1. HANDS-ON TUTORIALS Integrating Omics using UMAP and Clustering　　Egor Vorontsov  Follow Feb 15, 2021

ウェブチュートリアル

  1. バイオメトリクス第5回　発現解析＊わかりやすい説明だと思った。距離、クラスタリングの種類、データの転置、実例となる論文紹介など。
  2. トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析入門　産業技術総合研究所生命情報工学研究センター油谷 幸代
  3. Chapter 5 Transforming and visualising proteomics data　ボルケノープロットの解説など
  4. Mass spectrometry and proteomics data analysis Bioconductor Maintainer1* 1Roswell Park Cancer Institute, Elm and Carlton St, Buffalo, NY 14263 *maintainer@bioconductor.org 13 Jun 2017

オミックス解析のための教科書・書籍

  1.  Rで学ぶデータサイエンス 5　パターン認識　2009/10/23 金森 敬文, 竹之内 高志, 村田 昇 共立出版

YOUTUBE等の動画チュートリアル

  1. ms-bio.info 質量分析インフォマティクス研究会 > 資料 > 講演動画
  2. Proteomics Data Analysis with Python – Final Project Angela Riveroll
  3. 質量分析によるプロテオーム解析 @ 第2回・質量分析インフォマティクス・ハッカソン

プロテオミクス研究

  1. 精密な定量プロテオミクスにもとづく生命科学の研究 2017/04/11 松本雅記・中山敬一 （九州大学生体防御医学研究所 プロテオミクス分野） email：松本雅記，中山敬一 領域融合レビュー, 6, e002 (2017)　DOI: 10.7875/leading.author.6.e002
  2. 腎糸球体プロテオーム解析からみえてきたもの：あるプロテオミクス研究者の挑戦と挫折　吉　田豊　新潟大学大学院医歯学総合研究科　Proteome Letters　2017；2：27-35 Doi:10.14889/jpros.2.1_27 2015年功労賞受賞者論文総説
  3. 教育セミナー：プロテオミクス熊の巻　2015　総説　どのデータベースを使うか ～データベース検索と配列解析・誤解と難題～吉　沢　明　康*
  4. 定量的プロテオミクス　サーモフィッシャーサイエンティフィック

プロテオミクス外注

 

質量分析について

質量分析計によるデータは，網羅性の観点からはオミクスと言い切れない弱みがある．それはすべてのMS/MSスペクトルを取得できないという技術的制約である．タンパク質や二次代謝物のように複雑な分子を同定するには，クロマトグラフィーの保持時間，精密質量，同位体比の情報だけでは不十分で，部分構造の手がかりを与えるMS/MSスペクトルの取得が必須になる．しかし現在の質量分析計は，走査スピードの限界から，検出されるすべてのMSピークに対してMS/MS分析を実施できない．‥　そこで‥　しかしこれらの手法は，クロマトグラフィーで分離できる数千ものピークのうち，1割にも満たない部分のMS/MSしか計測していない．これでは網羅的とは言いがたい．さらに深刻な問題点は，この選択性あるいは恣意性が分析結果を再利用しにくくする点だろう．たとえば興味深い生体サンプルから得られたMS/MS分析データが公開されているとする．しかしそこに自分が知りたい代謝物情報が記録されている可能性は低い．なぜなら分析者によって解析したい化合物は異なるし（たとえばMRMの対象外），ピークの強度もサンプルごとに異なる（たとえばDDAで選ばれない）からである．（生体内の低分子代謝産物を網羅的に捉えるための新技術MS-DIALプログラムによる次世代MS/MS解析　化学と生物 Vol. 54, No. 3, 2016）

解析チュートリアル

  1. LC/MS、GC/MSデータ解析セミナー-GeneSpringMSトレーニングセミナー Ailent Technologies：多変量解析の簡単な説明- RT、m/z、強度（Intensity）の関係- 解析を行う際に考慮すべき注意点• BLBに感染したRiceの解析例（差分解析の例）- データ正規化（Normalization）- Fold Analysis（倍率変化を用いた解析）- 統計的有意差（T-testによる解析）• ビール6銘柄の解析例（パターン解析の例）- 主成分分析（PCA）- クラスタリング解析

解析ツール

  1. アジレントMassHunter：LC/MS、GC/MS、CE/MS、および ICP-MS ワークフローをサポート する包括的なソフトウェア。同定、特性解析、定量、ターゲット化合物のスクリーニングと確認、未知化合物の同定、生体分子の特性解析、ナノ粒子、元素種、タンパク質および代謝物の同定など、各機器の分析目的に応じて専用のソフトウェアモジュールを使用。サンプルのセットからレポート作成に至る、アプリケーションに適したシームレスなワークフローを実現。複数のアジレント機器で構成される LC-ICP-MS や GC-ICP-MS といったハイフネートされたシステムであっても、分析目的に応じたソフトウェアコンポーネントが 1 つのツールに統合。
  2. MS-DIAL：ノンターゲット・メタボローム解析のためのユニバーサル・ツール。複数の機器（GC/MS、GC/MS/MS、LC/MS、LC/MS/MS）および複数のMSベンダー（Agilent、Bruker、LECO、Sciex、 Shimadzu、Thermo、およびWaters）に対応。netCDF（AIA）やmzMLなどの一般的なデータ形式を扱える。同位体ラベル付き追跡は、LC/MSプロジェクトでも実行可能。生データのインポートから統計分析までのすべてのデータ処理ステップをサポート。
  3. MassChroViewe：LC-MSデータを2次元のクロマトグラムとして表示するビューワー。クロマトグラム全体を、溶出時間とm/z値を軸にした二次元で表現。生データから直接得たm/zから、化合物データベースを検索するMFSearcher機能や、候補化合物の構造式を表示して、選択した部分構造の質量値を確認するFragment Calculator機能、そのピークのMS/MSフラグメントをすぐに閲覧できるMS2Viewer機能などと連携。 入力ファイルとして、ProteoWizardソフトなどでmzXML形式またはmzML形式に変換した、各LC-MSベンダーの生データを開くことが可能。ピークリストとしては、PowerGetなど別のデータ解析ソフトウェアなどを用いて作成された、質量電荷比（m/z）と溶出時間（RT）が記載されたテキストファイルを読み込むことが可能。

プロテオミクス論文

  1. Breast cancer quantitative proteome and proteogenomic landscape Henrik J. Johansson, Fabio Socciarelli, …Janne Lehtiö Show authors Nature Communications volume 10, Article number: 1600 (2019)