腸内細菌叢の解析方法とデータプレゼン方法

最近は腸内細菌叢の違いで、様々な病態が説明できるのではないかと錯覚しそうなくらいに、腸内細菌叢の違いに結び付けた研究が盛んです。

腸内細菌叢の解析

  1. 腸内細菌叢解析のいろは　井上 亮京都府立大学大学院 生命環境科学研究科　Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria
  2. 16SリボソームRNA遺伝子アンプリコンの次世代シーケンシング doi: 10.3791/51709　10分25秒動画　JOVE
  3. 種多様性（ウィキペディア）アルファ多様性、べーた多様性など

定量的PCR（ｑPCR)を用いた細菌叢の解析

  1. 定量的ＰＣＲ法による腸内細菌叢の解析法の確立とマウスを用いたMACs（Microbiota-accessible carbohydrates）の評価　人間生活文化研究 Int J Hum Cult Stud.No. 272017　Bacteroides属，Lactbacillus属，Bifidobacterium属，Eubacterium属，Prevotella属，Atopobium cluster，Clostridium coccoidesグループ及びClostridium leptumサブグループのそれぞれのプライマーを添加したSYBER Green溶液（10.5㎕）を加えて増幅させた．
  2. rRNAを標的とした定量的RT-PCR法によるヒト腸内細菌叢の解析法の開発　松田一乗　ヤクルト研究所研究報告集 第31号 ， 01–14（2013）　分子生物学的手法による腸内細菌叢の解析で標的とされる16S rRNA遺伝子はすべての細菌に共通する遺伝子であるが，本遺伝子内にはほとんどの細菌で塩基配列が一致する保存領域と，細菌の菌属・グループ・菌種によって配列の異なる九つの可変領域が存在する。この可変領域における塩基配列の類似性を利用して菌種・菌属特異的な検出を行うことができる。
  3. 定量的RT-PCR法によるヒト常在細菌叢の解析　倉川尚　2015年

アルファ多様性

  1. α多様性の測定と確率文字列の理論　統計数理（2012）第60巻第2号263–278

シャノン・ウィナーの多様度指数など

  1. 生物多様性の評価について
  2. Shannon Index 最もよく使われている指標の 1 つで、サンプル全体に対する種の割合に基づいて計算される。種の数が多く、それぞれの種が均等に存在すると、指標は高くなる。また、対数をとることにより希少な種に重みがつけられている。
  3. Rによる群集組成の解析

腸内細菌叢の解析の受託サービス

  1. DNAチップ研究所　16S rRNA解析（細菌叢解析）　サンプル内にどのような種類の細菌がどれだけいるのかについて、次世代シークエンサーを用いた手法により解析します。 サンプルからDNAを抽出して、リボソーム16Sサブユニット領域をPCRで増幅した後、次世代シークエンサーを用いて高速かつ大量にDNA配列を読み取ります。 16S rRNA配列データベースに対する相同性解析により、菌種の帰属を行います。
  2. タカラ　クロンテック　セラルティス　16S rRNA PCRサンプルの解析（細菌叢解析）16S rRNA領域を増幅したPCR産物等を対象に、次世代シーケンサーを用いて大量に配列解析を行います。得られた配列を用いて16S rRNAデータベースに対する相同性検索および系統分類解析
  3. ユーロフィン　次世代シーケンス　16S メタゲノム解析　メタゲノム解析として、細菌叢内の16S-rRNAの系統的シーケンスを行います。ゲノムDNAをサンプルとしてお預かりし、プライマー合成、 アダプターPCR、ライブラリプーリング、MiSeqシーケンシングまでのフルサポート解析　ご指定の領域をPCRにて増幅します。（弊社オリジナルのプライマーを用います）その後、アダプターを付加し、ライブラリーを調製します。調製したライブラリーをMiSeqを用いて、ペアエンド法でシーケンシングします。取得した配列を用いて、細菌叢のプロファイリングを行います。
  4. コスモ・バイオ  腸内環境改善研究受託サービス　コスモ・バイオでは腸内細菌の16S rRNA遺伝子による「メタゲノム解析」を用いて解析いたします。解析オプションとしてメタゲノム解析データ成型解析によるα多様性、β多様性解析、Unifrac Distance解析をサービスメニューとして用意しております。さらに、コスモ・バイオでは糞便中の腸内環境解析メニューとして、腸管バリア機能の指標といえるムチンとIgA含量の測定を行っています。

腸内細菌叢その他の研究事例

  1. フコキサンチンによるマウス大腸がん予防へ寄与する腸内細菌の解明
  2. メタボ患者の⻭周病は運動で改善する〜運動療法が口腔内環境に及ぼす効果を実証〜2021年4月10日報道関係者各位国立大学法人筑波大学

細菌叢解析のためのプライマー

  1. リアルタイムPCR解析サービスのご案内　当社は、腸内(72種類)、口腔内(16種類)、皮膚・その他(6種類)、水環境(7種類)、窒素循環(11種類)、アーキア(9種類)、微生物腐食(8種類)、その他環境(13種類)、食品分野等(22種類) で使用可能なプライマーを常時取り揃えています。