塩基配列決定法は日進月歩です。自分はdodeoxy法でDNAシーケンシングをやった経験はありますが、次世代シーケンサーは本からの知識しかありません。

ピロシーケンシング(pyrosequencing)とは

Pyrosequencing is a method of DNA sequencing that differs from Sanger sequencing, in that it relies on the detection of pyrophosphate release and the generation of light on nucleotide incorporation, rather than chain termination with dideoxynucleotides. (sciencedirect.com)

Next-Generation Sequencing: Pyrosequencing 2020/04/17 Basic Biochem

1. 薬剤の剤形と投与経路　耳展 45: 5; 381～384, 2002
2. 経皮吸収型製剤の特徴は、薬物が緩やかに吸収されることで徐々に血中濃度が上昇し、一定の血中濃度が維持されます。
3. 貼付剤や貼付剤と皮膚の関係などについて

最近は腸内細菌叢の違いで、様々な病態が説明できるのではないかと錯覚しそうなくらいに、腸内細菌叢の違いに結び付けた研究が盛んです。

腸内細菌叢の解析

1. 腸内細菌叢解析のいろは　井上 亮京都府立大学大学院 生命環境科学研究科　Japanese Journal of Lactic Acid Bacteria
2. 16SリボソームRNA遺伝子アンプリコンの次世代シーケンシング doi: 10.3791/51709　10分25秒動画　JOVE
3. 種多様性（ウィキペディア）アルファ多様性、べーた多様性など

定量的PCR（ｑPCR)を用いた細菌叢の解析

1. 定量的ＰＣＲ法による腸内細菌叢の解析法の確立とマウスを用いたMACs（Microbiota-accessible carbohydrates）の評価　人間生活文化研究 Int J Hum Cult Stud.No. 272017　Bacteroides属，Lactbacillus属，Bifidobacterium属，Eubacterium属，Prevotella属，Atopobium cluster，Clostridium coccoidesグループ及びClostridium leptumサブグループのそれぞれのプライマーを添加したSYBER Green溶液（10.5㎕）を加えて増幅させた．
2. rRNAを標的とした定量的RT-PCR法によるヒト腸内細菌叢の解析法の開発　松田一乗　ヤクルト研究所研究報告集 第31号 ， 01–14（2013）　分子生物学的手法による腸内細菌叢の解析で標的とされる16S rRNA遺伝子はすべての細菌に共通する遺伝子であるが，本遺伝子内にはほとんどの細菌で塩基配列が一致する保存領域と，細菌の菌属・グループ・菌種によって配列の異なる九つの可変領域が存在する。この可変領域における塩基配列の類似性を利用して菌種・菌属特異的な検出を行うことができる。
3. 定量的RT-PCR法によるヒト常在細菌叢の解析　倉川尚　2015年

アルファ多様性

1. α多様性の測定と確率文字列の理論　統計数理（2012）第60巻第2号263–278

シャノン・ウィナーの多様度指数など

1. 生物多様性の評価について
2. Shannon Index 最もよく使われている指標の 1 つで、サンプル全体に対する種の割合に基づいて計算される。種の数が多く、それぞれの種が均等に存在すると、指標は高くなる。また、対数をとることにより希少な種に重みがつけられている。
3. Rによる群集組成の解析

腸内細菌叢の解析の受託サービス

1. DNAチップ研究所　16S rRNA解析（細菌叢解析）　サンプル内にどのような種類の細菌がどれだけいるのかについて、次世代シークエンサーを用いた手法により解析します。 サンプルからDNAを抽出して、リボソーム16Sサブユニット領域をPCRで増幅した後、次世代シークエンサーを用いて高速かつ大量にDNA配列を読み取ります。 16S rRNA配列データベースに対する相同性解析により、菌種の帰属を行います。
2. タカラ　クロンテック　セラルティス　16S rRNA PCRサンプルの解析（細菌叢解析）16S rRNA領域を増幅したPCR産物等を対象に、次世代シーケンサーを用いて大量に配列解析を行います。得られた配列を用いて16S rRNAデータベースに対する相同性検索および系統分類解析
3. ユーロフィン　次世代シーケンス　16S メタゲノム解析　メタゲノム解析として、細菌叢内の16S-rRNAの系統的シーケンスを行います。ゲノムDNAをサンプルとしてお預かりし、プライマー合成、 アダプターPCR、ライブラリプーリング、MiSeqシーケンシングまでのフルサポート解析　ご指定の領域をPCRにて増幅します。（弊社オリジナルのプライマーを用います）その後、アダプターを付加し、ライブラリーを調製します。調製したライブラリーをMiSeqを用いて、ペアエンド法でシーケンシングします。取得した配列を用いて、細菌叢のプロファイリングを行います。
4. コスモ・バイオ  腸内環境改善研究受託サービス　コスモ・バイオでは腸内細菌の16S rRNA遺伝子による「メタゲノム解析」を用いて解析いたします。解析オプションとしてメタゲノム解析データ成型解析によるα多様性、β多様性解析、Unifrac Distance解析をサービスメニューとして用意しております。さらに、コスモ・バイオでは糞便中の腸内環境解析メニューとして、腸管バリア機能の指標といえるムチンとIgA含量の測定を行っています。

腸内細菌叢その他の研究事例

1. フコキサンチンによるマウス大腸がん予防へ寄与する腸内細菌の解明
2. メタボ患者の⻭周病は運動で改善する〜運動療法が口腔内環境に及ぼす効果を実証〜2021年4月10日報道関係者各位国立大学法人筑波大学

細菌叢解析のためのプライマー

1. リアルタイムPCR解析サービスのご案内　当社は、腸内(72種類)、口腔内(16種類)、皮膚・その他(6種類)、水環境(7種類)、窒素循環(11種類)、アーキア(9種類)、微生物腐食(8種類)、その他環境(13種類)、食品分野等(22種類) で使用可能なプライマーを常時取り揃えています。

コンビニ受診とは

比較的軽い症状でも夜間や土日の救急外来にやってくる人が絶えない。こうした利用を「コンビニ受診」として批判する声も多い　‥　「ちょっと頭痛がする」「おなかが痛い」「足をぶつけた」。特に緊急性がないようにみえる患者も多く　‥　共働き世帯など平日の日中に病院に通うことが難しい家庭が増えていることも背景　（「この程度で受診に来るな」と言われても…救急外来の利用法、病院も市民も模索　2012/5/9　日経スタイル）

1. コンビニ受診（ウィキペディア）
2. 「8400円」で“コンビニ受診”に警鐘◆Vol.1 レポート 2008年3月7日 (金) 橋本佳子（m3.com編集長）　埼玉医科大学総合医療センターは、外来の入り口に、2007年10月から「時間外特別費用徴収のお知らせ」を掲示した。夜間や休日における軽症患者には、地域の他の医療機関を受診するよう促している。これらの患者が総合医療センターを受診した場合には、この6月から1回当たり8400円（消費税込み）を保険外負担として患者から徴収することを3月6日に決定した。
3. コンビニ受診を控えませんか!!　平成30(2018)年7月12日　千葉県
4. 患者さんの生活背景 ―田端Drコラム2020年8月　夜中の2時ごろに「1ヶ月前から続くみぞおちの痛み」を訴えて、中年男性が耳原総合病院の救急外来を徒歩で受診されました。‥　私は胃潰瘍の薬を処方し、「後日胃カメラを受けてください」と患者さんに言うと、患者さんからは「それはできません」との返事。

サルコペ二アという言葉をよく目にしますが、何のことか今まであまり気にしていませんでした。年を取って筋肉が落ちることのようです。誰でも年を取れば筋肉量は落ちていきますが、サルコペニアという場合には、通常の範囲を超えた筋力低下を指すようです。

サルコは筋肉、ペニアは喪失の意味。サルコペディアではないことに注意。ウィキペディアという言葉につられて、ついサルコペディアと打ってしまいますが、サルコペディアではなくサルコペニア。

サルコペニアとは

「サルコペニア」とは、「加齢に伴って生じる骨格筋量と骨格筋力の低下」のことです。（アルメディアWEB）

Sarcopenia is the loss of muscle mass specifically related to aging. It’s normal to lose some muscle mass as you age. However, sarcopenia describes severe muscle loss that strays from the norm. (healthline)

参考

1. Sarcopenia (youglish.com)
2. Johns Hopkins Physical Medicine and Rehabilitation Grand Rounds, December 2018 2019/06/01 Johns Hopkins Medicine (youtube)　セミナー動画

脳梗塞の兆候と救急車の必要性

脳梗塞の兆候で代用的なのは、（１）突然、箸が持てなくなった。身体の片側で手や足がマヒした。（２）突然、呂律が回らなくなるなどの言語障害。（３）突然、片側の口が垂れるなど、顔のゆがみが生じた。といったことだそうです。脳梗塞は脳の血管が詰まって、その詰まった部分の先の血管には血液が行き渡らなくなるため、その部位では脳の働きがなくなり、酸素が供給されないために神経細胞が死んでしまう（壊死する）病気です。血管の詰まりをすこしでも早くなくして再び血液が流れるようにする必要があります。家族が、もし上記３つの症状のうち一つでも該当するようなことになった場合には、迷わず救急車を呼ぶ必要があるそうです。治療開始が遅れれば遅れるほど、脳の壊死が進んで後遺症がひどくなります。

1. 三つの危険なサイン すぐに救急車を！　脳梗塞（冨士森内科クリニック 東京都八王子市台町）
2. 脳卒中の警告サイン：すぐに救急車を！（聖マリアンナ医科大学 東横病院 脳卒中センター 神奈川県川崎市）
3. 脳梗塞の治療の緊急性手足の麻痺、しびれ、言語障害、めまい、意識障害などの症状は、発症から6時間以内であれば超急性期治療により改善させられる場合があります。…　脳梗塞の超急性期治療は時間が勝負です。脳梗塞になると発作後1分間で190万個の脳細胞が失われます。30分治療が遅れただけで生活自立できる方が10%ずつ減っていきます。（秋山脳神経外科病院　神奈川県横浜市）

脳梗塞のリスク因子

1. 脳卒中の種類と症状　宮本享先生 京都大学医学部附属病院　DoctorBook
2. 脳梗塞　東京逓信病院

ペナンブラとは

脳梗塞急性期における治療のポイントは、脳への血流が低下していても、まだ回復する可能性がある部位（ペナンブラ）をいかに救出するかという点にあります。（大西脳神経外科病院）

静注血栓溶解（rt-PA）療法

脳梗塞急性期の治療法として組織型プラスミノゲン・アクティベータ（tissue-type plasminogen activator, t-PA：一般名アルテプラーゼ）の静注による血栓溶解療法が2005年に認められてから、15年近くが経過し、いまやわが国でも標準治療として定着した感があります。2012年9月からt-PA静注療法の対象患者が発症後3時間から4.5時間に延長されました。（国立循環器病研究センター病院）

tPAの効果は、米国において偽薬を対象とした大規模な臨床試験（1995年）で、発症から3時間以内の脳梗塞に対して証明されました。その成績は脳梗塞から3か月後において後遺症が全くないか、ごく軽微な患者の割合は、偽薬治療群では26％であったのに対して、tPA治療群では39%と明らかに治療成績は良好でした。（急性期脳梗塞に対するtPA静注療法　東横病院脳卒中センター　聖マリアンナ医科大学）

アルテプラーゼ(tPA)という脳梗塞治療薬は、閉塞した血栓を溶解させ、途絶した脳血流を再開させることが可能で、発症4.5時間以内にこの薬剤を静脈内投与できれば、脳梗塞が劇的に良くなる可能性があります。しかし、合併症(脳出血、出血性梗塞)が出現することもあります。（イムス富士見総合病院）

1. 静注血栓溶解（rt-PA）療法適正治療指針　第三版2019年3月日本脳卒中学会脳卒中医療向上・社会保険委員会静注血栓溶解療法指針改訂部会

脳血管内治療による血栓回収療法③

聞いて納得!! 医療最前線：脳梗塞（2017.10）

参考

1. Assessment of a Bayesian Vitrea CT Perfusion Analysis to Predict Final Infarct and Penumbra Volumes in Patients with Acute Ischemic Stroke: A Comparison with RAPID

米国で急性心不全の治療に携わる医師らが、腎機能が低下した患者さんには、なぜか心不全の治療がうまくいかないことに気づき、2000年頃から、救急医、循環器医、腎臓医らで研究グループを作り、原因を探ってきました。…　多くの場合、双方の臓器が互いに影響する、つまり双方向性の複雑な関係であることがわかってきました。（心臓と腎臓の深い関係 ─ 心腎連関症候群　国立循環器病研究センター）

臨床医が臨床研究を纏めるためには統計学的な手法を使うことは避けて通れないのですが、ほとんどの臨床医は研究を始めるまでは統計学を学んだことがありません。大学や大学院で統計学の講義があったとしても、当時はその必要性も実用性も理解できずに頭に入っていないのが普通です。

臨床研究を論文にまとめるのに必要な統計学の知識はそれほど多くありません。頻繁に使われる手法というものは数が限られているからです。そんな、これだけ知っていればとりあえず外さないというトピックを纏めます。

1. 三種の神器　高山 忠利 私の経験が教える、医学統計・三種の神器とは、『χ２・Ｔ＆Ｕ・log-rank』である。これら３種類の統計法の使い方を知れば、医学統計は100％君のものなのだ！

1. 日本の心理学研究論文における Mann-WhitneyのU検定の誤用とその対策 富原一哉

前向きコホート観察研究を開始するにあたって、「ベースライン」の調査が行われます。

ベースライン調査
調査対象：要因と疾病罹患との関連を調べる研究では、注目している疾病には罹患していない人々を対象とする。当該疾病の既往歴がある者は、因果関係の逆転が起きている可能性があるので除外する。人数は、数千人から数万人のことが多い。検出力は疾病の発生数に強く依存するので、罹患率の低い疾病ほど、追跡期間が短いほど、調査人数は多数必要となる。想定している母集団からの無作為抽出であることが望ましいが、実行可能性から有作為標本にならざるを得ないことが多い。
項目：記述疫学や横断研究によって設定された疫学的仮説や、症例・対照研究や先行研究の結果も考慮して、注目している疾病との関連が疑われる項目について調査項目を決め、その時点における曝露状況を調べる。出生前コホートの場合は、アウトカムが出生時の項目であれば妊娠中の調査、アウトカムが生後のものであれば妊娠中の出生時の調査である。（出生前コホート研究マニュアル　https://www.niph.go.jp/soshiki/07shougai/birthcohort/data/part1.pdf）

コホート研究では最初にベースライン調査を行い、対象者の曝露状況を把握します。そして、その集団を追跡し、その後の帰結の発生の有無を把握し、ベースラインデータで曝露群／非曝露群に分けてそれぞれの群での帰結の発生頻度を比較し、曝露と帰結の関係を明らかにするものです。多数の対象者を追跡して帰結の発生の有無を確認するので、1つのコホート研究で1つの曝露／1つの帰結のみの観察というのは稀で、ベースラインで多くの項目のデータを入手し、さまざまな帰結に対して評価を行うのが一般的です。このときに、1人の対象者が曝露Aの解析では曝露群、曝露Bの解析では非曝露群となることもよくあります。（コホート研究（cohort studies）疫学入門〜疾病の原因と病の関係性を明らかにするための考え方）

追跡開始に先立って実施する「ベースライン調査」における身体活動に関連するメイン指標として、これまでに「有酸素能力」、「有酸素能力以外の体力」を測定している。（東京ガススタディ　運動疫学研究 2011;13(2):151-159.）

654 名からなる多施設ぜん息コホートのベースラインの臨床情報は、2010 年 3 月から 2014 年 4 月の間に収集されている。症例ごとに登録基準日が設定されており、その時点でのベース ライン臨床情報として、患者背景 (年齢, 性別, BMI, 喫煙歴, 発症経過, 発症年齢, 罹患年数, 家族歴, ペット飼育歴, 病型 (アトピー/非アトピー))、併存症 (胃食道逆流症, アレルギー性鼻 炎, 副鼻腔炎, COPD, NSAIDs 過敏症, 精神疾患)、治療内容 (治療ステップ, 吸入/経口ステロ イド量, 気管支拡張薬, 抗 IgE 抗体)、コントロール状態 (ぜん息コントロールテスト, 治療下 での重症度)、呼吸機能 (スパイロメトリー, 強制オシレーション法)、気道炎症 (呼気一酸化窒 素濃度, 末梢血好酸球数・比率, 血清ペリオスチン値, 血清 TGF-β 値)、アトピー素因 (血清総 IgE 値, ハウスダスト・ヤケヒョウヒダニ・スギ特異的 IgE)などが既に収集されている。（気管支ぜん息の動向等に関する調査研究　https://www.erca.go.jp/yobou/zensoku/investigate/pdf/29-3-1-2_01.pdf）