参考記事

1. 電子カルテシステムに蓄積された5,000万件先進医療へビッグデータを生かす　東邦大学医療センター大森病院 PROVISION No.78 SUmmer 2013 IBM
2. 電子カルテ起点のeSource ソリューション（治験症例データ連携ソリューション）tsClinical eSource liaison 富士通　富士通のeSourceソリューション「tsClinical eSource liaison」は電子カルテを起点としたソリューションです。医療機関の電子カルテ内に存在する原データをCertified Copyして、製薬企業のEDC／CDMSへ転送・取り込み可能なCDISC-ODM形式で出力します。

1. 手関節炎と手関節破壊のみかた［関節リウマチにおける手関節のみかた（1）　日本維持新報社　No.4721 (2014年10月18日発行) P.40 石川 肇 （新潟県立リウマチセンター副院長）

関節リウマチの初期症状

発症の初期症状としては、朝に生じる体のこわばり、関節腫脹、関節痛などがみられるという。朝のこわばりに関しては、手に30分以上こわばりが持続する場合には、関節リウマチの疑いがあるとみなされることが多い。（実は働き盛りに多い「関節リウマチ」に要注意 DISEASE FOR THE AGED? 2017/10/14　BAZAAR）

指の第二関節を曲げると痛い場合　・手指腱鞘炎　・関節リウマチ　を発症していると考えられます。（なぜ？指の第二関節を曲げると痛い…腫れ・むくみは要注意！病院は何科？公開日:2021-04-23　Medicalook）

朝、両手がこわばって握れないなどの症状があり１時間以上続く場合、関節リウマチの可能性があります。これが進行すると、関節痛などの炎症に加え倦怠感（だるさ）や食欲減退・微熱など、全身に症状が現れます。（ひじ・腕・手の症状　さわだ整形外科　兵庫県尼崎市）

関節リウマチの治療

1. 6月はリウマチ月間　（新横浜整形外科リウマチ科）早期発見で正しく治療することにより、関節破壊による変形は止められます。

器楽演奏家とリウマチ

1. カミーユ・スタマティ 第3回： 学習時代からデビューまで～リウマチの苦難を超えて　19世紀ピアニスト列伝
2. 安川加壽子　（やすかわ かずこ、1922年2月24日 – 1996年7月12日）　1983年 – リウマチの悪化により引退。
3. リウマチピアニスト【リウマチ・ピアノ・弾ける？】 2017-01-07 23:05:32　ピアニスト・シンガー泉沢果那のブログ
4. 慢性関節リウマチが治る－ピアノ教師　奥野治療院　カイロプラクティック・鍼・灸　神奈川県横浜市戸塚区
5. 30代の女性です。メトトレキサートで関節リウマチを治療中ですが、ピアノを弾くと肘の痛みが出てしまいます。　「リウマチと楽器演奏Q＆A」常陽リビング4月号　　おのぼりクリニック　つくば市

音楽家外来

1. 音楽家の治療について　さかい整形外科　　東京都練馬区栄町
2. 東京女子医科大学整形外科　音楽家外来
3. 音楽家医学　いちまる整形外科クリニック　京都府長岡京市

PROと言う言葉を目にしましたが、Patient Reported Outcomeすなわち、患者自身が症状を主観的に評価する患者報告アウトカムのことだそうです。

1. LINEで乳がん患者の情報収集を開始 ePROの活用による新たながん医療提供に期待 2022年04月21日 18:03 MedicalTribune がん専門医が限られた診察時間の中で、全ての薬物療法患者の症状を把握することは不可能である。そのため、近年では医療者による評価だけではなく、患者自身が症状を主観的に評価する患者報告アウトカム（PRO）の導入が欧米を中心に盛んに試みられている。

研究のデザイン

観察研究

前後比較実験の研究デザイン

1. Uncontrolled before-after studies: discouraged by Cochrane and the EMJ Steve Goodacre　The simplest way to evaluate an intervention is to compare outcomes before and after implementation of the intervention. This method is known as an uncontrolled before-after study. The term ‘uncontrolled’ is used to distinguish this design from a controlled before-after study in which the before-after effect of implementation in the intervention group is compared with a control group that has no intervention. With the recent emphasis on improvements in healthcare delivery in particular, the number of uncontrolled before-after studies is increasing. Unfortunately, these present a problem.　（中略）The use of historical controls in clinical trials has long been recognised to overestimate the benefit of new treatments, and has provided misleading information in emergency medicine.（中略）At the EMJ, we realise that a before and after design may be the most practical method for studying an intervention, and we will continue to publish these.
2. Guidance Before-and-after study: comparative studies How to use a before-and-after study to evaluate your digital health product. From: UK Health Security Agency Published 30 January 2020

政策の実施前後におけるトレンド（長期的傾向）の変化の有無の検出方法

• ‘Interrupted time-series studies can provide a robust method of measuring the effect of an intervention when randomization or identification of a control group are impractical’ (Grimshaw et al. 2003).
• segmented regression analysis is a practical approach to assessing the impact of a health policy change in low- and middle-income health systems.

引用元：How to do (or not to do) … Assessing the impact of a policy change with routine longitudinal dat

1. How to do (or not to do) … Assessing the impact of a policy change with routine longitudinal data Mylene Lagarde Health Policy and Planning, Volume 27, Issue 1, January 2012, Pages 76–83, https://doi.org/10.1093/heapol/czr004
2. Methods for Evaluating Causality in Observational Studies Dtsch Arztebl Int. 2020 Feb; 117(7): 101–107. Published online 2020 Feb 14. doi: 10.3238/arztebl.2020.0101 PMCID: PMC7081045 PMID: 32164822 Review Article 例として挙げられているのが例えば、The effect of a smoking ban on the incidence of cardiovascular diseases

Rを用いた分析

1. Rでサクッと時系列データの変化点を見つける方法　セールスアナリティクス　時系列データを手に入れたら、どのようなデータかなんとなく知りたくなります。その1つが構造が変化する時期（変化点）です。‥　RSS（残差平方和、Residual sum of squares）とBIC（ベイズ情報量規準、Bayesian information criterion）は、どちらの数値も小さい方が良いとされています。 BICが最も小さいケースを最適としています。 今回のケースでは、変化点が3が最適になっています。

Pythonを用いた分析

PWLF

1. pwlf: A Python Library for Fitting 1D Continuous Piecewise Linear Functions Charles F. Jekel,  Gerhard Venter † March 19, 2019

Prophet

1. Prophetを、リクルートグループWebサイトの数カ月先の日次サーバコール数予測で活用してみた話　非統計家が高精度な時系列予測を行えるProphet（後編）2019年06月07日 羽鳥冬星
2. PythonでProphetを使いたい(2:トレンドと転換)　2020-09-12　あれもPython,これもPython　Prophetのトレンドはデフォルトでは線形という仮定
3. 時系列解析ライブラリProphet　公式ドキュメント翻訳5（トレンドの変化点 編） @japanesebonobo 投稿日 2018年10月21日 更新日 2018年10月31日

参考

1. 科学成果創出に向けた時系列解析の定石　2-b. 「傾向分析」詳細な解析のステップ　Step-1 時間分解能を落として、長期傾向を捉えやすくします。平均処理　短周期変動成分の除去
2. トレンドの転換　トレンド読解から予測までチャート活用ガイドChapter2　　三菱UFJモルガン・スタンレー証券　時系列解析の手法を学ぶ際、株価がまさに時系列データですので、こういったウェブ記事も参考になります。

同意書とは

1. https://www.alllaw.com/articles/nolo/medical-malpractice/release-consent-forms-preclude-suing.html　A consent form is a pre-printed legal form with some blank spaces for the health care provider to fill in information that is specific to the medical procedure that will be performed on the patient. The purpose of the form is to ensure that the patient gives his/her informed consent for the medical procedure before the procedure is performed. The health care provider will describe the medical procedure on the form and will also list a dozen or more potential complications of all levels of severity, up to and perhaps even including the risk of death, even for the most minor of surgeries.
2. THE PARAMETERS OF INFORMED CONSENT Edward L Raab, MD JD　Trans Am Ophthalmol Soc. 2004 Dec; 102: 225–232. PMCID: PMC1280103 PMID: 15747761　The patient’s consent distinguishes permitted from unpermitted treatment.

インフォームドコンセントとは

1. Can Lack of Patient Consent Mean Medical Malpractice? https://www.alllaw.com/articles/nolo/medical-malpractice/lack-consent-patient-injury-lawsuit.html　But consent requires more than the patient merely agreeing to the procedure; the patient must give informed consent.

同意書(consent form)の英語版例文集

1. Consent Form Guidelines and Suggested Wording　https://irb.ucsf.edu/consent-form-guidelines-and-suggested-wording#Write-at-an-eighthgrade-reading-level-and-use-lay-language-vs-medical-terminology　Write the consent document at the most likely level of understanding of the subject population—in general, an eighth-grade reading level. Use everyday vocabulary and simple sentence structure throughout. Replace or define scientific or technical terms in lay language.
2. Consent Form Templates　https://irb.ucsf.edu/consent-and-assent-form-templates#consent-templates
3. Surgery Informed Consent Form https://www.jotform.com/form-templates/surgery-informed-consent-form I hereby authorize the named Doctor/Surgeon below, and the assistants and associates whom he/she may designate to perform upon me the surgical procedure indicated below: （中略）I have been informed and it was explained to me that unforeseen conditions may arise where there might be a need for immediate surgical operation or procedure that is not within this informed consent. In such instance, I authorize the above-named surgeon to perform such immediate operation as deemed necessary

同意撤回書　Withdrawal of Consent　例文

1. Withdrawal of Consent I hereby withdraw consent for authorised researchers to use my health information and samples for unspecified research related to the Coronavirus in the future. I understand that ‥　https://www.health.qld.gov.au/__data/assets/pdf_file/0015/1000833/ACV19-Withdrawal-of-Consent-Adult.pdf
2. By signing this form I am saying that I do not want to be in the　　　　　　　 Health Home program. Because I will no longer be in this ‥　https://www.health.ny.gov/forms/doh-5058.pdf

医師へのガイド

1. A Practical Guide To Informed Consent For Surgeons　https://incisionindemnity.com/news-resources/article/informed-consent-for-surgeons/

インフォームドコンセント・同意書（英文）の実例

研究への参加

1. INFORMED CONSENT FORM　Title of Study: Improving Mind/Body Health and Functioning with Integrative Exercise　https://osher.ucsf.edu/sites/osher.ucsf.edu/files/inline-files/VGX_consent_sample.pdf　Why is this study being done? The purpose of this study is to compare the effectiveness of Integrative Exercise classes to PTSD Recovery Classes, to determine which can best improve quality of life and reduce symptoms of post-traumatic stress disorder (PTSD).

手術を受ける場合

1. Hartford Hospital 　Authorization for Surgery and/or Special Procedure/Treatment Open Heart Surgery　https://hartfordhospital.org/file%20library/hartford%20hospital%20forms/consent%20forms/577070.pdf　I hereby authorize Dr._____________________________ to perform the following surgery and/or special procedure/treatment:　（中略）I understand that residents, medical students, physician assistants and/or advanced practice registered nurses may also be in attendance, and/or assisting in the performance, and/or performing significant medical/surgical tasks within the above specified surgery and/or special procedure/treatment.

インフォームドコンセントの不備がもたらしうる重大な結果について

1. Consent Process Often Executed Poorly, Creating Risks and Costs　https://www.reliasmedia.com/articles/143036-consent-process-often-executed-poorly-creating-risks-and-costs　The informed consent process still creates liability risks and unnecessary costs for healthcare organizations.
2. SIX COMMON MISTAKES WITH INFORMED CONSENTS THAT LEAD TO MEDICAL MALPRACTICE by Cody StrateSep 22, 2020　https://accessefm.com/blog/six-common-mistakes-informed-consents-lead-medical-malpractice/　2. USING NON-STANDARD FORMS OR NON-STANDARD LANGUAGE Forms provided by the hospital, employer, or group practice have gone through robust review by both legal and compliance teams to ensure the forms properly protect the business entity, physician, and patient. All too often, physicians will take these standard forms and modify the language in some way, inadvertently creating malpractice risk. This simple mistake can also lead to a physician being fired, causing irreparable harm to their reputation. Changing a few words or sentences in a form is not worth ruining a career over.
3. The 10 Biggest Legal Mistakes Physicians Make That Could Lead to Liability for Failure to Provide Informed Consent　https://seak.com/blog/uncategorized/10-biggest-legal-mistakes-physicians-make-lead-liability-failure-provide-informed-consent/　The best written form is tailored to the procedure, listing the common risks and complications, the more serious risks and complications, and the benefits. The form should also indicate that alternatives to the procedure were discussed, including the alternative of not having the procedure, and that the patient decided to proceed. Many medical associations provide sample forms for common procedures that incorporate the common risks, benefits, and alternatives, and websites for these associations can be great resources.
4. Understanding Perry v. Shaw — Making Informed Consent Better by Carolyn Oill, Esq. Greines, Martin, Stein & Richland LLP　 She argued that her consent to the enlargement was not valid because she was medicated and about to go into surgery when she signed the form and that she relied on the surgeon’s oral promise that he would not perform the enlargement.
5. Informed Consent Liability & Lawsuits: 3 Ways to Get Sued　https://jacksonllp.com/informedconsent-lawsuits/

裁判の例など

1. Arch Plast Surg. 2016 Sep; 43(5): 402–410. Published online 2016 Sep 21. doi: 10.5999/aps.2016.43.5.402 PMCID: PMC5040841 PMID: 27689046 Informed Consent as a Litigation Strategy in the Field of Aesthetic Surgery: An Analysis Based on Court Precedents　　https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5040841/
2. 第3章 患者の視点に立ったインフォームド・コンセント　＜判例② 福岡地裁昭和61.3.28＞ ネフローゼ症候群により入院中の患者が一時外泊中に死亡した事案　＜判例③ 最高裁平成7.5.30＞ 医師が未熟児である新生児を黄疸の認められる状態で退院させたところ新生児が退院後核黄疸に罹患して脳性麻痺の後遺症が生じた事案　＜判例④ 高松高裁平成8.2.27＞ 髄膜腫の手術を受けて抗痙攣剤２種の処方を受けていた患者が、退院の際に処方された同薬剤の副作用によって中毒性表皮融解壊死症（ＴＥＮ）を発症して死亡した事案　＜判例⑤ 福岡地裁小倉支部昭和58.3.29＞ 虫垂炎のため虫垂摘出術を執刀したが周囲臓器癒着のため一部しか摘出できなかった症例で、再手術の必要性等について説明していなかったところ、１４年経過後に虫垂粘液囊種等が形成されて再手術を余儀なくされた事案

インフォームドコンセントに纏わる話題

1. Informed consent for heart procedure: most patients overestimate benefits 28 Nov 2019　https://www.escardio.org/The-ESC/Press-Office/Press-releases/Informed-consent-for-heart-procedure-most-patients-overestimate-benefits
2. Medical Malpractice: The Ins and Outs of Informed Consent Nurses who interfere with the process can land in legal trouble. William Duffy Publish Date: August 9, 2020　Outpatient Surgery　https://www.aorn.org/outpatient-surgery/articles/outpatient-surgery-magazine/2020/august/medical-malpractice-the-ins-and-outs-of-informed-consent

インフォームドコンセントに纏わる議論（論文）

1. Does content of informed consent forms make surgeons vulnerable to lawsuits?　Asian Journal of Surgery Volume 43, Issue 3, March 2020, Pages 497-503  https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1015958419307870
2. Allegations of Failure to Obtain Informed Consent in Spinal Surgery Medical Malpractice Claims　JAMA Surg. 2017;152(6):e170544. Original Investigation June 21, 2017 　doi:10.1001/jamasurg.2017.0544　the most common specific informed consent allegations were failure to explain the risks and adverse effects of surgery followed by failure to explain alternative treatment options.
3. Is informed consent in cardiac surgery and percutaneous coronary intervention achievable?　ANZ J Surg . 2007 Jul;77(7):530-4. doi: 10.1111/j.1445-2197.2007.04143.x. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17610687/

その他

1. 役立つテンプレート・素材集 インフォームド・コンセントに使えるテンプレート集  素材集 患者さん説明用臓器 アステラス
2. Medscape Malpractice Report 2017　Medscape

High Stake Testの定義

Green（2013）“A high-stakes assessment has important consequences for the assessee (such as access to job opportunities); a low-stakes test does not.　‥　一般に，入試や検定試験のような大規模テストはhigh-stakes test とされ，定期試験のようなclassroom assessmentはlow-stakes testとされるのかもしれない。しかし，Green（2013）が “The same assessment may be high stakes for some assessees, low stakes for others.” と述べていることからわかるように，classroom assessmentだからといって全てがlow-stakesとはならない。（テスト作りの研修根岸雅史　Negishi Masashi（東京外国語大学））

A high-stakes test is a test with important consequences for the test taker. (High stakes-testing Wikipedia)

トランスクリプトーム解析にしろ、プロテオミクスにしろ、オミックスの手法を用いた実験データの解析が、現代の生命科学研究においては主流になっていると思います。自分はオミックスデータの解析に関する経験が皆無なので、ネット上のチュートリアルなど、理解を助けてくれそうな教育的なリソースをまとめておきます。

クラスタリング

1. 2.3. Clustering　2.3.1. Overview of clustering methods　＊視覚に訴えるわかりやすい説明
2. Python でデータサイエンス scikit-learn でクラスタ分析 (K-means 法)

解析ツール

1. A survey of computational tools for downstream analysis of proteomic and other omic datasets　Hum Genomics. 2015; 9: 28. Published online 2015 Oct 28. doi: 10.1186/s40246-015-0050-2 PMCID: PMC4624643 PMID: 26510531

上の論文で紹介されていたツールの一覧

臨床とプロテオミクス

プロテオームの臨床応用（疾患プロテオミックス）では、疾患に起因して発現量が増加または減少するタンパク質が対象となる。とくにサンプルの前処理が簡単なSELDI-TOFMSは臨床応用が注目され、 (1)疾病を定量的に判断するための指標（バイオマーカ）探索を行う単一マーカ解析や、(2)複数のバイオマーカを組み合わせ、発現プロファイルを解析して疾病の有無を判定する複数マーカ解析がある。単一マーカ解析は従来の統計解析で対応可能であるが、プロファイル解析では、データから有効な情報を発見する「データマイニングdeata-mining」手法が用いられる。その手法としては主成分分析、階層的クラスタリング、非階層的クラスタリング (k-means法)、線形・非線形判別などの従来の多変量解析だけでなく、データマイニングに特有な手法として、決定木、自己組織化マップ、ニューラルネットワーク、サポートベクターマシンが使用されて、これまでも前立腺がんや卵巣がんなど疾患の鑑別診断や全体的な傾向の把握に利用されている。ただ変量数（質量スペクトル）が個体症例数より著しく多い多次元データであるので、既知情報・知識などの利用なども含めた精度改善など多くの克服すべき課題が存在している。（プロテオーム情報のデータマイニング Data-mining in proteomics 田中 博 Tanaka Hiroshi 東京医科歯科大学 疾患生命科学研究部 生命情報学https://www.jstage.jst.go.jp/article/jhupo/2005/0/2005_0_18/_article/-char/ja/）

オミックスデータ解析のチュートリアル

1. オミックスデータのクラスター解析　フィルジェン株式会社バイオサイエンス部(biosupport@filgen.jp)

python環境下で動作するツール

1. pyOpenMS is an open-source Python library for mass spectrometry, specifically for the analysis of proteomics and metabolomics data in Python. https://pyopenms.readthedocs.io/en/latest/index.html
2. DashOmics is a visualization tool to explore *omics data using clustering analysis. It is created by Dash Plot.ly, a Python framework for building interactive analytical tools.

Pythonによる解析チュートリアル

1. HANDS-ON TUTORIALS Integrating Omics using UMAP and Clustering　　Egor Vorontsov  Follow Feb 15, 2021

ウェブチュートリアル

1. バイオメトリクス第5回　発現解析＊わかりやすい説明だと思った。距離、クラスタリングの種類、データの転置、実例となる論文紹介など。
2. トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析入門　産業技術総合研究所生命情報工学研究センター油谷 幸代
3. Chapter 5 Transforming and visualising proteomics data　ボルケノープロットの解説など
4. Mass spectrometry and proteomics data analysis Bioconductor Maintainer1* 1Roswell Park Cancer Institute, Elm and Carlton St, Buffalo, NY 14263 *maintainer@bioconductor.org 13 Jun 2017

オミックス解析のための教科書・書籍

1.  Rで学ぶデータサイエンス 5　パターン認識　2009/10/23 金森 敬文, 竹之内 高志, 村田 昇 共立出版

YOUTUBE等の動画チュートリアル

1. ms-bio.info 質量分析インフォマティクス研究会 > 資料 > 講演動画
2. Proteomics Data Analysis with Python – Final Project Angela Riveroll
3. 質量分析によるプロテオーム解析 @ 第2回・質量分析インフォマティクス・ハッカソン

プロテオミクス研究

1. 精密な定量プロテオミクスにもとづく生命科学の研究 2017/04/11 松本雅記・中山敬一 （九州大学生体防御医学研究所 プロテオミクス分野） email：松本雅記，中山敬一 領域融合レビュー, 6, e002 (2017)　DOI: 10.7875/leading.author.6.e002
2. 腎糸球体プロテオーム解析からみえてきたもの：あるプロテオミクス研究者の挑戦と挫折　吉　田豊　新潟大学大学院医歯学総合研究科　Proteome Letters　2017；2：27-35 Doi:10.14889/jpros.2.1_27 2015年功労賞受賞者論文総説
3. 教育セミナー：プロテオミクス熊の巻　2015　総説　どのデータベースを使うか ～データベース検索と配列解析・誤解と難題～吉　沢　明　康*
4. 定量的プロテオミクス　サーモフィッシャーサイエンティフィック

プロテオミクス外注

質量分析について

質量分析計によるデータは，網羅性の観点からはオミクスと言い切れない弱みがある．それはすべてのMS/MSスペクトルを取得できないという技術的制約である．タンパク質や二次代謝物のように複雑な分子を同定するには，クロマトグラフィーの保持時間，精密質量，同位体比の情報だけでは不十分で，部分構造の手がかりを与えるMS/MSスペクトルの取得が必須になる．しかし現在の質量分析計は，走査スピードの限界から，検出されるすべてのMSピークに対してMS/MS分析を実施できない．‥　そこで‥　しかしこれらの手法は，クロマトグラフィーで分離できる数千ものピークのうち，1割にも満たない部分のMS/MSしか計測していない．これでは網羅的とは言いがたい．さらに深刻な問題点は，この選択性あるいは恣意性が分析結果を再利用しにくくする点だろう．たとえば興味深い生体サンプルから得られたMS/MS分析データが公開されているとする．しかしそこに自分が知りたい代謝物情報が記録されている可能性は低い．なぜなら分析者によって解析したい化合物は異なるし（たとえばMRMの対象外），ピークの強度もサンプルごとに異なる（たとえばDDAで選ばれない）からである．（生体内の低分子代謝産物を網羅的に捉えるための新技術MS-DIALプログラムによる次世代MS/MS解析　化学と生物 Vol. 54, No. 3, 2016）

解析チュートリアル

1. LC/MS、GC/MSデータ解析セミナー-GeneSpringMSトレーニングセミナー Ailent Technologies：多変量解析の簡単な説明- RT、m/z、強度（Intensity）の関係- 解析を行う際に考慮すべき注意点• BLBに感染したRiceの解析例（差分解析の例）- データ正規化（Normalization）- Fold Analysis（倍率変化を用いた解析）- 統計的有意差（T-testによる解析）• ビール6銘柄の解析例（パターン解析の例）- 主成分分析（PCA）- クラスタリング解析

解析ツール

1. アジレントMassHunter：LC/MS、GC/MS、CE/MS、および ICP-MS ワークフローをサポート する包括的なソフトウェア。同定、特性解析、定量、ターゲット化合物のスクリーニングと確認、未知化合物の同定、生体分子の特性解析、ナノ粒子、元素種、タンパク質および代謝物の同定など、各機器の分析目的に応じて専用のソフトウェアモジュールを使用。サンプルのセットからレポート作成に至る、アプリケーションに適したシームレスなワークフローを実現。複数のアジレント機器で構成される LC-ICP-MS や GC-ICP-MS といったハイフネートされたシステムであっても、分析目的に応じたソフトウェアコンポーネントが 1 つのツールに統合。
2. MS-DIAL：ノンターゲット・メタボローム解析のためのユニバーサル・ツール。複数の機器（GC/MS、GC/MS/MS、LC/MS、LC/MS/MS）および複数のMSベンダー（Agilent、Bruker、LECO、Sciex、 Shimadzu、Thermo、およびWaters）に対応。netCDF（AIA）やmzMLなどの一般的なデータ形式を扱える。同位体ラベル付き追跡は、LC/MSプロジェクトでも実行可能。生データのインポートから統計分析までのすべてのデータ処理ステップをサポート。
3. MassChroViewe：LC-MSデータを2次元のクロマトグラムとして表示するビューワー。クロマトグラム全体を、溶出時間とm/z値を軸にした二次元で表現。生データから直接得たm/zから、化合物データベースを検索するMFSearcher機能や、候補化合物の構造式を表示して、選択した部分構造の質量値を確認するFragment Calculator機能、そのピークのMS/MSフラグメントをすぐに閲覧できるMS2Viewer機能などと連携。 入力ファイルとして、ProteoWizardソフトなどでmzXML形式またはmzML形式に変換した、各LC-MSベンダーの生データを開くことが可能。ピークリストとしては、PowerGetなど別のデータ解析ソフトウェアなどを用いて作成された、質量電荷比（m/z）と溶出時間（RT）が記載されたテキストファイルを読み込むことが可能。

プロテオミクス論文

1. Breast cancer quantitative proteome and proteogenomic landscape Henrik J. Johansson, Fabio Socciarelli, …Janne Lehtiö Show authors Nature Communications volume 10, Article number: 1600 (2019)

脳血管内治療とは

1. 脳血管内治療とは（埼玉病院　埼玉県和光市）脳血管内治療とは、カテーテルという細いチューブを脳の血管内部に挿入し、その中を通じて様々な医療器具を患部まで誘導し治療する手術法です。

コイル塞栓術とは

1. 脳動脈瘤コイル塞栓術　流山中央病院　脳神経外科　Coilは瘤体積の30-40% ⇒　残りは血液がその隙間を埋めて血栓化。瘤内をcoilと血液（血栓）で固めてしまう治療ともいえる。（＊このウェブサイトは図・写真が豊富で説明がわかりやすい）
2. コイル塞栓術 Coil embolization （上尾中央総合病院）コイル塞栓術：カテーテル治療 血管内に挿入したカテーテル（細い管）を、レントゲン透視下に脳動脈瘤に到達させ、コイル（プラチナ製の糸）を挿入することで、瘤内への血流を遮断します。　コイル塞栓術症例（左：動脈瘤（矢印）、中：動脈瘤内に挿入されたコイル、右：塞栓された状態）（＊写真がわかりやすい）
3. 脳動脈瘤に対するコイル塞栓術（そくせんじゅつ）（長野市民病院）破裂する危険がある脳動脈瘤（未破裂脳動脈瘤）の中にコイルを詰めて、 血液の流入をなくしてしまうことで破裂（くも膜下出血）を防ぎます。
4. 脳動脈瘤に対するコイル塞栓術治療について（翠清会梶川病院　広島県広島市）図1；動脈瘤内にコイルを入れているところ(模式図)　術前術後　（＊図、写真がわかりやすい）

どうやって脳内にコイルを運ぶのか

1. 脳動脈瘤に対するコイル塞栓術（そくせんじゅつ）（長野市民病院）1.まず、足の付け根部分に局所麻酔をして、そこから大腿動脈へ直径3㎜程度のカテーテルを挿入します。2.カテーテルは体の中心部分の大動脈を通り、さらに首の内頸動脈まで押し進めます。3.ここからは直径1㎜以下のマイクロカテーテルを使い、病変部へ到達させます。

カテーテルを入れる場所はどうして足の付け根からなのか

1. 脳動脈瘤に対するコイル塞栓術（そくせんじゅつ）（長野市民病院）足の付け根の動脈（大腿動脈）は、動脈の中でも太く、また表皮に近い場所を通る血管であることから、カテーテルを挿入するのに最も適した場所の一つと言えます。さらに、足の付け根から頭部までの動脈の流れはほぼ直線で、カテーテルを通す動線として安定しており安全であることも大きな利点です。

コイルだけをどうやって脳動脈瘤の内部にとどめ置けるのか

1. 脳動脈瘤に対するコイル塞栓術治療について（翠清会梶川病院　広島県広島市）　動脈瘤にコイルが入ったら、手元にある装置で、このデリバリーワイヤーに電気を流したり、水圧をかけたり、ロックを外すことでコイルが離され、動脈瘤内にコイルだけが残るようになっています。

塞栓術コイルの製品

1. stryker デタッチャブルコイル

フローダイバーター(flow diverter; FD)

動脈瘤への血流をネック面に留置される多数の金属素線により直接的に減少させて、動脈瘤内にコイルを留置せずに血栓化を促して閉塞させるというコンセプト (脳動脈瘤の血管内治療の現状と近未来 Jpn J Neurosurg (Tokyo) 29:94-100, 2020 )

1. Introduction: History and Development of Flow Diverter Technology and Evolution. Neurosurgery . 2020 Jan 1;86(Suppl 1):S3-S10. doi: 10.1093/neuros/nyz307. (PubMed)
2. 脳動脈瘤の脳血管内治療に用いるフローダイバーターステント（高井病院　奈良県天理市）　非常に網目が細かく柔軟性のある金属メッシュのステント（金属の筒）です。脳動脈瘤の入り口を覆うように血管の中に留置することで、脳動脈瘤内への血液の流入が徐々に減少し、最終的に脳動脈瘤を縮小・消失させます。

脳血管内治療の発展と普及

1990年 イタリアの脳神経外科医Guido Guglielmi、カリフォルニア大学ロサンゼルス校放射線科Fernando Vinuelaらが電気離脱式コイルGDCを開発

1992年　電気離脱式コイルGuglielmi Detachable Coil (GDC)導入（欧州）、（米国1995年、日本1997年）

2002年 International Subarachnoid Aneurysm Trial (ISAT)試験　破裂動脈瘤を対象にしたクリッピング術とコイル塞栓術のランダム化比較試験 Lancet 360:1267-1274, 2002

2012年　米国のの神経外科医Robert F. Spetzlerらがランダム化比較試験BRAT　The Barrow Ruptured Aneurysm Trial. J Neurosurg 116:135-144, 2012

2015年　日本でフローダイバーター（第二世代フローダイバーターMedtronic社Pipeline Flex ）導入

2019年7月日本で日本でフローダイバーター（第三世代フローダイバーターMedtronic社Pipeline Shield）導入

参考資料

1. 脳動脈瘤の血管内治療の現状と近未来 Jpn J Neurosurg (Tokyo) 29:94-100, 2020
2. 脳動脈瘤治療件数、血管内治療が半数超える この20年間、血管内治療の比率は一貫して上昇　学会トピック◎第37回日本脳神経血管内治療学会学術集会 2021/12/02 高志 昌宏＝シニアエディター　日経メディカル（会員限定記事）脳動脈瘤の治療には、カテーテル操作によるコイル塞栓術を中心とした血管内治療と、開頭手術によるクリッピング術の2種類がある。近年、国内外で血管内治療の件数が増加しているが、日本脳神経外科学会が行っている症例登録事業から、2020年の1年間に我が国で行われた脳動脈瘤治療の件数は、速報値で血管内治療が1万5353件、クリッピング術が1万4341件となり、血管内治療がクリッピング術を初めて上回ったことが明らかになった。
3. 脳動脈瘤も「血管内治療ファースト」の時代へ 2021/08/10 高志 昌宏＝シニアエディター　日経メディカル（会員限定記事）脳動脈瘤の血管内治療で残された課題となっていた、血管分岐部にあるワイドネック型の動脈瘤を適応とした新しいデバイスが2種類、相次いで発売された。目の細かいステントで動脈瘤内への血流を抑制するフローダイバーターにも、複数の新製品が登場。こうした新しいデバイスにより血管内治療の守備範囲はより拡大、我が国の脳動脈瘤も血管内治療ファーストの時代が始まろうとしている。

開頭術か脳血管内治療か

脳動脈瘤に対して開頭術を行った件数と脳血管内治療を行った件数の割合が、病院によって大きく異なることが脳動脈瘤 脳血管内治療 手術件数実績病院ランキング（下のリンク先）の表からわかります。未破裂のものに限って、開頭術＋脳血管内治療の件数に対する脳血管内治療の割合を調べてみますと（以下、2015年の数字）、

埼玉医科大学国際医療センター　116/(116+119) =49%

東京慈恵会医科大学病院                184/(13+184)=93%

東京女子医科大学病院                    32/(32+148)=18%

東海大学八王子病院                       59/(59+49)=55%

聖麗メモリアル病院                         8/(8+113)=7%

順天堂大学順天堂医院                   139/(139+5)=97%

という結果で、病院ごとに手技の選択のしかたに大きな違いが認められます。

1. 「手術数でわかるいい病院2017」脳の病気│脳動脈瘤治療　asahi.com　厚生労働省が届け出義務を課す「頭蓋内腫瘤摘出術等」が 2014年に10例以上の876病院を対象に調査した。15年１年間におこなわれた脳動脈瘤開頭術、脳血管内治療を合算した治療数で並べた。

参考サイト

1. 2020 年改訂版大動脈瘤・大動脈解離診療ガイドライン
2. 循環器学用語集（日本循環器学会）

病院・診療科リンク

1. 虎の門病院　脳神経血管内治療科
2. 聖路加病院　神経血管内治療科　神経血管内治療科は、脳脊髄の血管撮影および、各種の血管性疾患を血管の中から低侵襲で治療する診療科です。一般に、出血を起こす疾患は異常血管を閉塞させ、脳梗塞を起こす血管閉塞性疾患に対しては、血管を開く治療を行います。
3. 相澤病院　長野県松本市
4. 戸田中央総合病院　脳神経外科・脳血管内治療科

脳動脈瘤に関連した臨床研究論文

1. 内頚動脈瘤に対する母血管閉塞中に離脱型コイルの近位端に直線化現象を呈した1例：症例報告 JNET 5:173-176, 2012

解離性脳動脈瘤

1. 解離性大動脈瘤（大動脈解離）って？　jsvs.org
2. 解離性脳動脈瘤　昭和大学病院　脳動脈瘤とは　脳の動脈の分岐部にできた風船状の嚢状動脈瘤と、脳の血管自体が膨らんでできた本幹動脈瘤群があります。

割合 率 比

回帰分析

t検定

Mann-Whitney

プロペンシティスコア

操作変数法

例：健康と喫煙の相関は、他の変数が健康と喫煙の両方に影響を与えた、もしくは健康状態が喫煙に影響を与えたと考えることもできるので、喫煙が健康を悪化させる原因であるということは意味しない。タバコ製品についての税率は喫煙に与える効果のみを通して健康に影響を与えると仮定する（操作変数＝タバコ製品の税率）。もしタバコ税と健康状態が相関していれば、それは喫煙が健康状態の変化の原因であるという証拠と見なせる。（参考：ウィキペディア）

差の差分析

不連続回帰デザイン（Regression discontinuity; RD)

1. Bayesian regression discontinuity designs: incorporating clinical knowledge in the causal analysis of primary care data. Stat Med. 2015 Jul 10; 34(15): 2334–2352https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/sim.6486. The regression discontinuity (RD) design is a quasi‐experimental design that estimates the causal effects of a treatment by exploiting naturally occurring treatment rules. It can be applied in any context where a particular treatment or intervention is administered according to a pre‐specified rule linked to a continuous variable.
2. Cho et al., Analysis of regression discontinuity designs using censored data    arXiv:1908.03646v1 [stat.ME] 9 Aug 2019

Sharp RDとFuzzy RD

1. Regression Discontinuity Designs Matias D. Cattaneo† Rocıo Titiunik February 24, 2022 RD designs where the treatment assigned and the treatment received coincide for all units are referred to as sharp. Sharp RD designs can be used in settings where compliance with treatment is perfect (every unit assigned to treatment receives the treatment and no unit assigned to control receives the treatment), or in cases where compliance with treatment is imperfect (some units assigned to treatment remain untreated and/or vice versa) but the researcher is only interested on the intention-to-treat effect of offering treatment.
2. Technical Methods Report: Statistical Power for Regression Discontinuity Designs in Education Evaluations. August 2008 Peter Z. Schochet Mathematica Policy Research, Inc. sharp RD designs (where all units comply with their treatment assignments) and fuzzy RD designs (which allow for noncompliers).

生存時間分析

参考図書

1. 安井翔太『効果検証入門　正しい比較のための因果推論／計量経済学の基礎』2020年1月31日技術評論社　1 章 セレクションバイアスとRCT　2 章 介入効果を測るための回帰分析　3 章 傾向スコアを用いた分析　4 章 差分の差分法（DID）とCausalImpact　5 章 回帰不連続デザイン（RDD）
2. 笹渕裕介『臨床論文のMethodsを読む　Method 臨床家が知っておきたいPICOと統計解析の基本のキ』2019/5/31 メディカルサイエンスインターナショナル

参考

1. estimand (wikipedia)

青森県立保健大学のウェブサイトで、科研費に採択された6人の先生方による座談会の記録が公開されていました。

青森県立保健大学　>　研究推進・知的財産センター 　>　 座談会

科研費に応募する人の全てに役立つ内容だと思いますので、この座談会（平成28年7月）の記録の一部を紹介します。

科研費には応募すべき？

1. 権利があるのだから、必ず科研費に出しなさい
2. 大学で研究者としているのであればだれでも出すのは当然
3. 出さないことには採択されない訳ですから、まずは挑戦してみよう！
4. みんな、外れても、外れても毎年全員が科研費に出す
5. 科研費を出さなければ、「クビ」

研究はやるべき？

1. 研究をやらない人は、もう知らないよ。
2. 研究というものをやらなきゃいけない責務というものを感じ
3. 教育と研究と地域貢献は三本柱

研究を纏めることの重要さ

1. 研究にとりかかるのは結構好きでやるのですが、それをまとめるのになかなか時間的余裕がないとうか、・・・時間は作ればいいんでしょうけれども、次の研究に入っていきたいっていう気持ちが大きいです。そこのところが問題

科研費を獲る意義

1. 「保健大で認められた研究、科研費を取った研究。」という説明を加えると、参加してくれる方も「自分のデータがみんなにまた還元されるのね。」と思ってくれます。
2. 非常に分かりやすいステータスになりますね。自分の研究が、一応、国で認めてもらえている

情熱・根性があるか

1. どれだけ情熱を持って自分で実現可能な内容で計画を立てているか

様式に印刷された指示に従うこと

1. 書き方のルールを守っているか
2. 申請書の項目にそって書くというのは一番大事

紙面を埋めること

1. 紙面がスカスカは、まずアウトです。

業績欄の書き方

1. 規定のとおり論文だけしか書いていない先生と、そんなことをやっていたら「スカスカ」で見栄えが悪いから学会発表も含めて、全部書いた方が採択される、とにかく「埋めなさい」と言う先生がおりました。学会発表は、書いてはいけないことになっていますが、とにかく埋めたら採択されました。

見やすさ

1. 「見やすく」書くということも大事です。一目見て読む気がしないと絶対アウトです。
2. お年寄りで目が悪い人が読む
3. 小さい字を読むのは嫌です

わかりやすく書く

1. 中学生でも分かる内容にしなさい
2. 「審査員は専門家ではない」と思わなければなりません。自分がやろうと思っている研究について、全然知らない人が研究計画書を読むのですね。つまり、研究計画書の内容がわからない人にもわかるように書くことです。
3. 看護学の細目って、３つか４つしかないんですよね。だから、審査をする人は、基礎なら基礎でもさまざまな人が、さらに、さまざまな研究をしている人たちが、その細目に応募してきます。ですから、まずは、研究計画調書の文章がすんなり入ってくるかどうかっていうところがたいへん大事です。
4. 研究計画書は、素人が読む
5. その文章が何を問うているのかっていうのは、やっぱり、文章力ですよね。それが無いと審査員として、読み進んでいく気にならない。何回読んでも、読んでも、何を言っているのかが分からないというものは、専門用語を知らないというだけではないと思います。

研究テーマを選ぶ

1. テーマ選択の重要性

新規性

1. 新しい分野を自分で開拓すれば取れやすい
2. 過去の文献等調べても全く行なわれていなかった分野なので、それにプラスして必要性が認められれば当たりやすい

論文業績の必要性

1. とにかく論文を出して研究業績を増やしました
2. これまでのテーマの発展的な内容なんだな、ということがわかってもらえるような研究業績があれば、採択の採否において違う
3. 論文の業績はとにかく埋めないと、この人にお金を投資しても論文は出ないと見られるため、とにかく紙面を埋めた方がいい
4. 研究業績があるかというのだけパっと見て、おおよそ研究業績欄が埋まっているかと見ることが第一
5. 研究業績を増やすことは、論文を投稿するということ

研究種目をうまく選ぶ

1. 栄養の分野でずっと応募していたのですが、やはり採択されませんでした。‥医学系の社会医学の分野で応募したら採択されました。
2. ずっと神経内科学で申請していました。当然、専門領域ですから。ところが、ここは全国から研究者が参入してくるので、研究者の層が厚いのです。そうすると、簡単に採択されないんですね。ここは領域を変えるべきだと思って、リハビリテーションに変えました。それが一つ功を奏したということですね。

挑戦的萌芽研究について

1. 挑戦的萌芽研究の審査の仕方というものがあって、審査員の中で全員の合意でなくても、一部の先生が非常にいいと思うといった課題については、最後まで残るというんですよ。だから、ある一部の人にだけでもすごくアピールする書き方でもいい
2. アイデアで勝負ですから。研究業績があまり無くて困っているという人は、是非、挑戦的萌芽研究に挑戦ですね。

採点のされ方を知る

1. 審査員の誰かが高得点をつけたら採択される

科研費と論文業績の正のサイクル

1. 科研費にひとつ採択されると、研究業績を作ろうという気持ちが出て、その分業績が出るとまた採択されるという。「正の連鎖」に繋がる

科研費が獲れたら

1. 「こつこつ、たんたんと」やっていくだけです。