L12/5 VGG 2019/03/02 Alex Smola
「未分類」カテゴリーアーカイブ
心臓CT (Cardiac CT, Cardiovascular CT)
心臓CTの原理
Cardiac CT: Current Technology & Principles (Faisal Nabi, MD, FACC) September 11, 2018 2018/09/12ライブ配信 Houston Methodist DeBakey CV Education
Cardiac CT: Current Technology & Principles (Faisal Nabi, MD) October 4, 2016 2016/10/27 Houston Methodist DeBakey CV Education
https://www.imaios.com/en/e-Anatomy/Thorax-Abdomen-Pelvis/Coronary-CT
心臓CTによるアトラスの見方
How to identify normal heart structures on a cardiac CT scan. 2017/12/19 Medmastery
3D U-Net 【医学とAI】機械学習による画像処理
215 – 3D U-Net for semantic segmentation 2021/04/28 DigitalSreeni
射精障害と射精誘発刺激
男性不妊の原因となるEDはErectile Dysfunction（勃起障害）の略として良く知られていますが、もう一つのEDすなわちEjaculatory Dysfunction（射精障害）の略でもあります。
射精障害
勃起障害
クエン酸シルフィナデル
治療のアルゴリズム
臨床の世界では「アルゴリズム」という語句が使われています。プログラミングでつかう「アルゴリズム」は何かをさせるときの手順といった意味だと思いますが、医学用語としてのアルゴリズムは治療の流れ（フローチャート）のことのようです。初めて目にしたときは軽く驚きました。ずいぶん仰々しい言葉遣いだなあと。
参考
臓器移植と慢性拒絶
臓器移植とは
免疫抑制剤の進歩により臓器移植は対象臓器の非可逆的臓器不全に対する確立した治療法の一つとなっている．しかし種々の合併症を併発する危険性も内包しており，急性・慢性拒絶反応もその一つである．（総説特集 遺伝子チップを用いた臨床免疫研究の最前線 マイクロアレイの臓器移植への応用 松井郁一，斎 浦 明 夫，菅原寧彦，児玉龍彦，幕 内 雅 敏 Jpn. J. Clin. Immunol., 28(2)73～78(2005)）
臓器移植研究のゴール
移植臓器の短期生着率は飛躍的に向上してきた1。しかし,慢性拒絶反応に対する効果的な予防や治療方法が存在しないことや,免疫抑制薬そのものの副作用により,長期成績は未だ満足できるものとなっていなし。このため免疫寛容の誘導は免疫抑制法がこれほど進歩した現在でも,移植医療の究極の目標として捉えられている。
免疫寛容：個体の免疫抑制を行うことなく,移植片だけが特異的に拒絶されず,感染症などに対する生体の防御機能は正常に保たれている状態
（[シリーズ:移植医療と組織適合性] 第3回 臓器移植における免疫寛容の基礎と臨床 村上徹,河合達郎マサチューセッッ総合病院夕1科ハーバード大学医学部 MHC Vol.14, No.3 ）
腎移植の歴史
- 1954年 長期生着第1例 一卵性双生児間の腎移植 ボストン にて
- 1960年代 アザチオプリンとステロイドの併用による免疫抑制療法の開発
- 1970年代 日本でも腎移植が本格化
- 1980年代 免疫抑制剤シクロスポリン
- 1990年代 免疫抑制剤タクロリムス
（臓器移植の現状と展望腎移植）
慢性拒絶反応とは
慢性拒絶反応の病因については慢性拒絶反応を合併している患者の免疫状態についてT細胞，NKT細胞，マクロファージなどのエフェクター細胞や抗体と補体，また，抗体依存性細胞性細胞障害（ADCC）を生じる抗体などいろいろな角度から二十数年にわたり検討されているが，現在までのところ明確な結論は得られていない．（慢性拒絶反応の克服 小野佳成 大島伸一）
2/22/19:Chronic rejection after kidney transplantation: Is there hope? 2019/02/23 UW Department of Medicine
参考
- シリーズ：臓器移植とクロスマッチ］ 第1回 腎移植におけるクロスマッチ 小林 孝彰 名古屋大学大学院医学系研究科移植免疫学寄附講座 MHC 2012 年 19 巻 2 号 p. 199-209 現在，クロスマッチ陽性などドナー特異的HLA抗体（DSA：Donor Specific Antibody）陽性移植に対して，脱感作療法を用いて移植を実施する症例が増加している。… 移植後には，DSAはグラフト（内皮細胞）に吸着されるため，NDSAのみが先に検出される
- ［シリーズ：各臓器移植についての拒絶反応の解説・移植 の新しい治療法の紹介］ 第4回 移植における液性免疫制御の重要性とHLA血清学一直接クロスマッチからHLAタイプ＆スクリーンへ一佐治 博夫特定非営利活動法人HLA研究所， HC Vol．18，No．1 37
- ［シリーズ：移植医療と組織適合性］ 第4回献腎移植の現場でのHLA検査 MHC Vol.15. No.1
- 制御性T細胞による免疫寛容の誘導 2008/10/06
参考（YOUTUBE)
- 2/22/19:Chronic rejection after kidney transplantation: Is there hope? 2019/02/23 UW Department of Medicine
The Cancer Genome Atlas (TCGA)の解析をpythonで
- Elegant SciPy by Juan Nunez-Iglesias, Stéfan van der Walt, Harriet Dashnow Released August 2017 Publisher(s): O’Reilly Media, Inc. ISBN: 9781491922873 書籍だがその内容はウェブ上で閲覧できる Chapter 1. Elegant NumPy: The Foundation of Scientific Python
The Cancer Genome Atlas (TCGA)データベースを利用した研究
The Cancer Genome Atlas (TCGA)とは
The Cancer Genome Atlas (TCGA) provides researchers with unprecedented amounts of molecular data along with clinical and histopathological information (http:// cancergenome.nih.gov/). This data set has not only led to increases in our understanding of cancer (Ciriello et al., 2013; Hoadley et al., 2014), but its scale has also allowed for previously impossible projects such as a comprehensive cataloguing of the human transcriptome (Han et al., 2014; Iyer et al., 2015).
(OncoLnc: linking TCGA survival data to mRNAs, miRNAs, and lncRNAs Jordan Anaya)
- https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga
ツール
- Comprehensive Review of Web Servers and Bioinformatics Tools for Cancer Prognosis Analysis Front. Oncol., 05 February 2020 | https://doi.org/10.3389/fonc.2020.00068
R
論文
乳がん
- CIBERSORT analysis of TCGA and METABRIC identifies subgroups with better outcomes in triple negative breast cancer Kelly E. Craven, Yesim Gökmen-Polar & Sunil S. Badve Scientific Reports volume 11, Article number: 4691 (2021) Published: 25 February 2021
- Genomic Characteristics of Triple-Negative Breast Cancer Nominate Molecular Subtypes That Predict Chemotherapy Response Jihyun Kim, Doyeong Yu, Youngmee Kwon, Keun Seok Lee, Sung Hoon Sim, Sun-Young Kong, Eun Sook Lee, In Hae Park and Charny Park DOI: 10.1158/1541-7786.Molecular Cancer Research. MCR-19-0453 Published February 2020
- Integrative analysis of breast cancer profiles in TCGA by TNBC subgrouping reveals novel microRNA-specific clusters, including miR-17-92a, distinguishing basal-like 1 and basal-like 2 TNBC subtypes Karel Kalecky, Rebecca Modisette, Samantha Pena, Young-Rae Cho & Joseph Taube BMC Cancer volume 20, Article number: 141 (2020)
- Genomic and Transcriptomic Landscape of Triple-Negative Breast Cancers: Subtypes and Treatment Strategies (2019)
- Translational Oncology Volume 11, Issue 2, April 2018, Pages 311-329 Translational Oncology A Comprehensive Immunologic Portrait of Triple-Negative Breast Cancer
胃がん
- Exploring TCGA database for identification of potential prognostic genes in stomach adenocarcinoma Lin Zhou, Wei Huang, He-Fen Yu, Ya-Juan Feng & Xu Teng Cancer Cell International volume 20, Article number: 264 (2020) Published: 23 June 2020
肝がん
- Identification of key genes and pathways by bioinformatics analysis with TCGA RNA sequencing data in hepatocellular carcinoma Authors: Qiandong Zhu Yunpeng Sun Qingqing Zhou Qikuan He Haixin Qian View Affiliations Published online on: September 27, 2018 https://doi.org/10.3892/mco.2018.1728
参考
- Identification of Key Genes and Pathways in Triple-Negative Breast Cancer by Integrated Bioinformatics Analysis. Volume 2018 |Article ID 2760918 | https://doi.org/10.1155/2018/2760918 これはマイクロアレイデータの解析
内分泌疾患とは
細胞が何か物質を作り細胞外へ放出することを分泌（ぶんぴつ）と呼びます。分泌されたものが体外へ出る場合には、外分泌（がいぶんぴつ）、体内へ放出される場合には内分泌（ないぶんぴつ）と呼びます。体外は、文字通り体の外または、消化管などです。胃や腸の中というのは外界とつながっているという意味では「体外」と考えます。体内というのはもう少し詳しく言うと血流の中へ放出するものです。血流はもちろん体内にあります。
- 5分でわかる！内分泌腺と外分泌腺 高校生物基礎 トライイット
- 分泌（ウィキペディア）
内分泌というのは具体的にはホルモンが血中に放出されることです。ホルモンを作り血中へ放出する臓器のことを内分泌臓器と呼びます。
- 内分泌代謝とは 日本内分泌学会
内分泌代謝疾患とは
内分泌臓器でのホルモン分泌の異常（増加又は低下）、 あるいは、そのホルモンが作用する臓器においてホルモン受容体やホルモン情報伝達の障害がありホルモン作用の異常が起こった状態を内分泌代謝疾患と呼びます。
- 内分泌代謝とは 日本内分泌学会
歯周病の発生機序、病態
歯周病とは
- 歯周病は歯周ポケット（歯と歯肉との間にある隙間）に細菌が定着することから始まる
- 歯周ポケットが深くなると嫌気性環境ができあがり、歯周病の原因菌（歯周病細菌）のすみ家が完成
- 歯周ポケットに定着した細菌は菌体外物質（バイオフィルム）を作り増殖し、成熟してプラーク（歯垢）という見える形になる
- 歯周ポケット内で増殖した細菌は、多量の代謝産物を産生し、口臭の原因となる。
- LPSは細菌の外膜に存在する物質で内毒素として働く（外毒素は最近が分泌する物質）。内毒素は微量であれば細菌進入の手がかりとして生体の免疫細胞を活性化するので有用。多量であれば、炎症を引き起こし、障害性に働く。
（https://www.cc.okayama-u.ac.jp/~perio/clinics/Perio_11.pdf）
歯周病はプラーク中の歯周病原細菌により誘導される慢性炎症性疾患で，歯と歯肉の付着の喪失と歯槽骨の吸収を特徴とする。（http://www.perio.jp/member/award/file/science/2010-1.pdf）
英語
歯周病：gum disease; periodontal disease; periodontitis
歯肉炎：gingivitis (gum inflammation)
サイトカインとは
サイトカインはいろいろな細胞から産生され、比較的産生細胞の周囲の細胞に作用します。…歯周組織局所で産生されるサイトカインには、炎症を起こす方向に作用する（炎症性サイトカイン）としてIL-1、IL-6、IL-8、TNF-αがあります。炎症を抑える方向に作用する（抗炎症性サイトカイン）としてIL-4、IL-10があります。サイトカインは歯周病の発症と進行、そして全身疾患に大きい影響を与えています。（https://www.cc.okayama-u.ac.jp/~perio/clinics/Perio_11.pdf）
サイトカインを産生する細胞
内毒素の増加に対してマクロファージが、PGE２、IL-1、IL-6、IL-8、TNF-αを産生し、他の生体防御細胞を活性化します。活性化されたTリンパ球やBリンパ球は増殖し、IL-1、IL-6を産生します。そして、Bリンパ球は抗体を産生します。（https://www.cc.okayama-u.ac.jp/~perio/clinics/Perio_11.pdf）
上皮細胞と炎症性サイトカイン
上皮細胞は, 一般的に細菌の侵入に対して最前線に位置し, 物理的なバリアーとして機能している｡ 上皮細胞は, 細菌の付着 (侵入) に応答して抗菌ペプチド産生などの自然免疫機能を有する一方で, インターロイキン(IL)-1,IL-8,TNF-αなどの炎症性サイトカインを産生し, 炎症の惹起に積極的な役割を果たしている｡（https://core.ac.uk/download/pdf/144566417.pdf）
上皮間葉転換(Epithelial-mesenchymal transition、EMT)
EMTは上皮-間葉移行、上皮間葉転換ともよばれます。
上皮-間葉移行(Epithelial-mesenchymal transition、EMT)は、上皮細胞が間葉系細胞様に形態変化する現象であり、初期胚発生における原腸陥入、神経提細胞の運動や器官形成過程、特に心臓や腎臓での重要性がよく知られている。EMTは細胞の運動性や細胞外基質の蓄積をもたらすことから、最近EMTが癌の浸潤や転移、また臓器線維化や慢性炎症に重要であることが徐々に明らかとなってきている。(https://kaken.nii.ac.jp/ja/grant/KAKENHI-PROJECT-19659198/)
上皮間葉転換を引き起こすシグナル
EMTを誘導する主たるサイトカインとしてtransforming growth factor-β (TGF-β)が知られており（http://gakui.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/data/h22/126545/126545a.pdf）
歯周病の全身への影響
歯周病が増悪してくると、その影響は口腔内にとどまりません。口腔内で増殖した細菌は、気道を通じて直接気管や肺に移動します。また、歯周組織内に進入した細菌は、血行性に全身に移動します。歯周病の増悪によって量産されたサイトカインも、血行性に全身に移動します。これらの細菌やサイトカインは、他の疾患の増悪因子となります。肺炎、糖尿病、心疾患、低体重児出産といろいろなことに影響を及ぼします（https://www.cc.okayama-u.ac.jp/~perio/clinics/Perio_11.pdf）